在高等教育迅速发展的今天，我国高校经费来源已经从原来仅为财政拨款发展为现在的财政拨款、学费、教育基金、社会捐赠、校办产业上交、科研经费、银行贷款等七种渠道。随着高校经费来源的多样化，高校的经费管理关系也日趋复杂，由原来单纯的高校与教育管理部门之间的纵向管理和管理关系发展为高校与教育管理部门、高校与高校、高校与个人、高校与国内单位、高校与国外机构等纵横交错的财务关系。在这种情势下，近年来我国高校经费使用过程中频频发生腐败案件，甚至形成腐败“生态链”，给高校经费监管敲响了警钟。为适应高校当前的经费管理和财务运行错综复杂的现实，加强对经费使用的监管，完善高校教育经费使用监督机制很有必要。
健全高校经费使用监管体系。完善高校教育经费使用监督机制，首先要从宏观上健全高校经费使用监管体系。我国目前虽然已初步构建了包括内部监管、审计监管、纪检监管等方式在内的高校经费使用监管体系，但是仍然存在原则化、滞后化等缺点，亟待构建高校经费使用全过程的、规范化的、常态化的监管体系。要健全监管机构，完善从中央到地方的立体化监管体系。目前教育部已经设立了教育经费监管中心，但在地方尚未有专门的教育经费监管机构。可依据高校的管理特点，设立省一级的高校经费使用监管机构，以方便对本区域内高校经费使用进行直接监管;要明确监管对象和内容，明确高校经费使用的监管不仅仅是对经费使用结果的监管，而是对经费使用全过程的监管，包括经费的预算、管理、效益等，都属于高校经费使用的监管对象和内容;要创新监管方式和手段，总结各地监管方式和手段的成功经验，借鉴发达国家高校经费使用监管方式与手段，提高监管方式的有效性和监管手段的可行性;要完善监管立法体系，改变目前高校经费使用监管法律法规中的流程化、建议化、原则化等软性规定，增强监管立法的强制化、责任化和精细化，为高校经费使用监管提供切实的法律依据。
充分发挥教育部门的指导和监督作用。落实高校经费使用巡视制度，使其蕴含的业务指导、财务检查、经验推广和解决问题等功能充分发挥，侧重从基础工作、制度构建等角度帮助高校规范经费使用行为，提升经费监管水平;建立高校重大项目资金全过程监督检查机制，不断完善对高校资金往来情况进行常态化、规范化监测和评估的办法，及时发现问题，提前做好应对预案，加强经费使用监管；构建以支出效益为目标的常态化、制度化的高校经费使用全面评价机制，并将财政拨款、工作考核等与评价结果挂钩，真正发挥监管对规范管理的促进作用。
加强审计和纪检监察部门的外部专业监管。近年来我国查处的大量高校经费使用腐败案件中有不少都是由审计部门或纪检监察部门发现的。因此，高校教育经费使用的监管也应当继续借助外部专业监管力量。实施独立的外部全程跟踪审计，在完善高校全面预算管理制度的基础上，对银行信用贷款、财政资金拨款、科研经费、学费、BOT项目融资等各类经费的使用情况，由独立的国家审计机关或由国家审计机关委托的社会中介组织全程跟踪进行审计，及时警告可能或已经出现的风险或问题;纪检监察部门依法履行监管职责，纪检监察部门应当明确其在高校经费使用监管中的职责，依法监管高校经费的审批、来源、使用等，并加强监管高校职能部门及其相关人员，对出现的违规违纪和高校经费腐败现象坚决予以查处和严惩。
推进高校经费信息公开，主动接受社会监督。高校对学校经费来源、年度预决算等信息进行公开，既是法定义务，也是推进高等教育改革、遏制高校腐败的关键。理想状态下高校应该把所有经费开支公之于众，接受社会监督、质疑，让高校教育经费使用和管理工作始终在阳光下运行。在教育部《高等学校信息公开办法》和《关于做好高等学校财务信息公开工作的通知》的基础上，进一步完善高校经费信息公开的具体规定和执行细则，明确高校主动进行经费信息公开的责任，进一步扩大向社会公开经费信息的范围，完善高校经费信息公开的具体方式方法；优化高校经费信息统计监测公告制度，构建国家和地方高校经费信息统计监测公告体系，将高校年度经费使用情况、绩效评价和考核结果的统计情况及时进行公开，接受社会监督，充分发挥经费统计监测公告的作用；健全高校经费信息公开问责机制，建立全国人大(针对全国重点高等院校)、地方人大(针对地方高等院校)的问责机制，追究各类高校不公开信息、违规使用经费等问题。
加强专业化建设，提升内部经费监管能力。高校经费管理工作是一项专业性比较强的财务管理工作，必须通过专业化的机构和人员才能真正做好本职工作。要推动全面实施高校总会计师制度。改革开放以来，我国共下达20项相关文件或政策，建议或要求高校设立总会计师，但实际上设立总会计师岗位的高校寥寥无几，亟待从实践上推动全面实施高校总会计师制度。建议由教育部和高校联合进行招聘高校总会计师，高校从其对教育规律熟悉的程度上来衡量这位专业化人才是否适合本校，教育部从专业资质上把握受聘人员的专业化能力。要提高高校财务管理队伍的整体素质。不仅要推动各级各类高校配备合格财会、内部审计机构和人员，还要探索建立制度化、规范化的财务人员培训制度，加强财务人员在职培训。