当几个大牌教授的科研经费腐败问题被披露之后，科研经费使用及高校的科研管理工作就被端到了公众的面前。其实，科研体制改革早已开始酝酿，一些重大科研计划正在开始调整实施管理方式，科技部已明确其司局不再承担国家科技计划项目评审和实施过程的具体管理工作，教育部开展了对75所直属高校的科研经费管理情况专项检查工作。可以说，高校科研管理改革已箭在弦上。那么，这一改革的重点在哪里呢？作者认为高校科研工作关键在于重建高校科研学术秩序，并提出具体重建的措施，具有一定的启发意义。
高校科研的成绩与问题
改革开放后特别是近十年来，我国科研工作的成绩十分显著，但问题同样突出，呈现出的局面是矛盾的，由矛盾引发的困惑也是多重的。具体来看，主要是以下几个方面：
一是全国科技投入以每年20%—30%的速度增长并越过占GDP2%的门槛，每年发表的论文数多年位居世界第二、被引用次数居世界第四，其中高校的贡献率都在80%以上。尽管如此，我们显然还不是创新型国家，科技转化率低，成果对社会的作用不高，高端论文出口转内销现象严重、国际合作的论文比例下降等情况为人诟病，2013年我国国际科技论文平均被引用每篇7.57次，低于世界平均水平的11.05次。
二是高校争取科研项目、经费，发表论文、获奖的冲动十足，显示出活力。但与此同时，科研工作重立项、轻过程，经费使用重物轻人，由此产生套用、挪用科研经费的“跑冒滴漏”现象严重。
三是高教界提倡专心治学、内涵发展、十年磨一剑。但现实运行中，成果评价数量化、资源分配行政化倾向严重，导致寻租现象、逐官现象增多。
当今的学术诱惑太多，“官”教授、“大”教授们有着太多的展现舞台：团队带头人、项目负责人、评审专家、各种称号、高峰论坛等。而“官”教授是成为“大”教授的捷径，虽然一个个“大师”著作等身，可回头望去：实验不是自己做的，文章不是自己写的，著作是挂名主编的，学术讲座是空洞的时髦话语。
造成上述成绩与问题相纠缠局面的原因，是对权力、金钱、学术三者无边界的“通吃”现象。权力、金钱、学术本是三种不同的东西，它们的运行规律不同。权力遵循效率原则，下级服从上级，以位置取胜;金钱遵循利益原则，价值规律起根本作用，以利润取胜；学术遵循平等原则，尊重知识发现优先权，以智力取胜。而现实的“通吃”构成了对学术的伤害，也是对现代社会分工原则的极大破坏。
根源在于我们的学术逻辑错误
当今高校的科研问题，已经不是光靠经费就能解决了的了，而与学术制度有关。而制度的基础，是逻辑思路的问题，涉及科研导向、用人文化、评价方式、经费用途等方面。
首先，是科研导向的逻辑问题。做研究是为了什么？是为了发表论文、取得知识发现权而赢得同行的承认，还是为了解决实际问题、推动社会发展和改进人民的生活品质。前者是学者的逻辑，后者是国家的逻辑，我们错在用学者的逻辑代替了国家的逻辑。写论文是大学科研的表象而非本质，是教师的需要而不是国家的需要。
其次，是用人逻辑的问题。高等学校看人准但用人不妥，导致大量人才偏离了学术发展轨迹。当前高校人才发展的潜规则是：各级领导重视和爱惜人才，因此“提拔”重用人才有所担当而成为“官”；在其位就要谋其政，由此人才潜移默化出“官气”；人才当然还要出成果，因此需要成立课题组，搭建队伍完成任务;那些还没有成为“人才”的学术人员，会有意无意加入到“官”教授的队伍。最后，“官”教授硕果累累而晋级为“大师”级人物，也有部分手下成长为新的“人才”。几家欢乐几家愁，也就因此而衍生出许多学术江湖恩怨，这也是为什么我们要开始“去行政化”。
第三，是评价逻辑的问题。学术界是以聪明才智取胜的地方，研究活动具有不确定性，真正的学术评价是同行的专业评价。可现在，我们的研究是计划性的，评价是可量化的，反映的是学术评价的外行性。一般而言，行政追求的是效率，标准清晰但结果可能模糊;而学者追求的是声誉，标准可能并不确切但结果却是明晰的。当前是以行政的逻辑代替了学者的逻辑，而行政必将导致量化，量化必然产生浮躁。更可悲的是，行政赋予作为一种外部承认，能够带来资源和声誉，学术界也由此开始追求起外部承认来，如各种称号、头衔、奖项、职位、荣誉，“标签”文化盛行。“标签”文化不会催发优秀的学术文化，而是为避免出问题一般会选择中等偏上水平的人和成果。因此，学术看上去虽然繁荣，但真正的创新却鲜见了。
第四，是项目管理的逻辑问题。项目经费使用重物轻人，成果重形式轻内容，一切看似合理却效果不好，因为这种方式的最大的受益者是相关负责人，助长了学术的“官本位”现象和资源的浪费现象。为什么呢？因为现在的许多项目从评审、立项到检查、验收都追求形式上的光亮，表格、文字材料、光盘声像等，非常烦琐。谁才能把这些事情做好呢？当然是有很多下属和助手的“官”教授更占优势。其实，学术人员更希望把经费和精力用在有实质需求的地方。
重建科研学术秩序
制度是一种约束，更是一种激励。我国30多年的改革开放侧重了释放发展的活力，当前的依法治国则需要建章立制，用制度保障活力。高校科研管理要进行有效的改革，就必须重建科研学术秩序。那么，如何重建呢？
在学术方向上，科学研究要致力于解决社会发展问题。科学技术的重要性，其实已不用赘述。但是，多年来我们把科技水平等同于论文发表却产生很大问题。科学是发现、技术是创新，科学无国界、技术有壁垒，科学是技术的支撑、技术能促进科学的发展。技术关乎人民生活质量、社会发展和国家强盛，日本在“二战”后就是先经由技术立国战略，走向复兴，而后才开始实施科学技术立国战略的。加强对现实问题的研究，其实也是研究型大学成长的重要道路。如美国以著名的威斯康星思想为代表，把研究当作解决发展问题的重要手段，以高等教育的社会服务功能催发出了密集研究型大学。对于我国高校而言，社会对其有同样迫切的需要，就看高校如何调整思路走到这条道路上来。
在宏观管理上，增强高校自主使用项目经费的力度。本世纪初，瑞士有关方面决定加大对巴塞尔大学的经费支持，为此需要先评估其原有经费使用是否合理，于是请了独立的会计事务所进行审计，结论是：再没有其他的方式比学校现在的资金利用更有效的了。英国的科研拨款按学科评估但款到后学校可以打通使用，即所谓的“一揽子”拨款。按照英格兰拨款委员会的最新报告：英国的科研拨款是世界上最有效率的，其以占世界1%的人口和3%科研经费，发表了占世界7.9%的学术论文，引用率为11.8%。因此，我们需要增加学校自主使用经费的统筹权，更进一步说是真正落实高等学校依法自主办学的法人地位。
在内部治理上，加强学者共同体评价机制建设。同行评议制是被国外大学检验认可了的有助于创新的学术制度，有利于改变我国当前重“量”轻“质”的行政化评价方式。其实，大学在产生之初就是行会式的学者共同体，这即是“教授治校”的本来面目。后来，随着大学规模的扩大、职能的扩展，教授治校遇到困难。带来的新的问题是，大学在产生之初所具有的一个特征，你现在让它没了，那么现在的这个机构是否还能称之为“大学”？所以，我们需要务实地构建学者共同体的实现模式，使学术评价的实施从外行转向内行。如在院系层面设立有决策地位的教授会，在基层真实构建教授共同体的现实模式;高校内部可实行学院联邦制的学术治理模式，创造性实现党委领导下的校长负责制和校学术委员制衡院系的治理机制。
在拨款科目上，适时调整项目支出内容。目前，财政部对中央部门的预算核定方式为：基本支出预算加项目支出预算。一般而言，基本经费有相对稳定的标准，为了获得更多经费就需做项目的文章。结果是项目越来越多，成为工作的抓手，产生弊端。改革的方向一是把一些重要的项目支出及时转化为基本支出，这样既可以保证工作的重点，又不破坏高校的自主办学;二是停止那些已完成历史使命或过时的项目，根据新情况设置一些新的项目，保证项目的活力和对工作的推动。
在经费比例上，由对物的投入转向对人的投入。在一定的物质基础上，科研其实比的是人的智力、努力和创造力，在人文和社会科学领域更是如此，资金要投向最有效的地方。美国的科研经费设计，包含一部分的附加管理费和人员经费，管理费由学校掌管用于支付办公、公共设施利用甚至工勤人员工资等，人员费可支付科研人员及助手、研究生的部分工资，值得我们研究借鉴。
在项目设计上，加强非指向性科研基金建设。这其实是一种按成果进行资助和奖励的办法。对那些已取得一定创造性研究成果的全职学者，特别是高水平大学的年轻学者，在他们最需要支持、精力最旺盛和最有创造力的时候给予必要的资助。这样，既可以较大限度地激发他们的聪明才智和创新火花，开展高水平的研究工作;也可以抑制一些有身份的学者“跑”项目，挂名、转包、发包，低水平重复现象。同时，各种奖励可以学习诺贝尔奖的评选方式，以资深专家公开推荐的方式提名开展，减少学术寻租和过程烦琐的状况，这其实也是对推荐者和被推荐者学术声誉的双重检验。
在制度规范上，要确立明确的边界。当前，在高校教师的工资结构中，国家规定的基本工资部分所占比例不大，越是收入高的部门工资所占收入比例越小，这无形中加大了个人自筹收入的欲望。改革的办法一是加强学校组织行为，变国家统一的职称职务为本校的职称职务，学校对有关经费在合法合规的情况下有一定的自主使用权；二是明确政策边界，科研项目开支中哪些能用、哪些不能用必须十分清晰。既要充分调动人的积极性，保证学校的统筹权和科研人员的劳动付出，又要确保公私分明。而项目预算分割明晰的前提是政策清楚，因此需要加强对科研经费使用、管理的政策调研工作。同时，要坚决打击对科研经费的套用等腐败、违规现象。