依法治校是依法治国要求的具体化，也是我国大学治理与现代大学制度建设的必然要求。在当下的大学，由于受传统的行政化管理模式的影响和传统文化惯习的作用，我国的大学治理存在着无法可依、有法不依以及法治精神失位、法理意识偏颇以及执法主体模糊等诸多不正常现象。解决大学痼疾的根本，需要依靠法律，也需要依靠具有法律意识和依法治校的执法者，更需要对何谓法、如何依，何谓治、如何治等问题有一个结构性的认识。为此，有必要对依法治校的本质和要义进行简要的分析。
笔者认为，依法治校的本质是基于制度完善环境下的“理性治理”。虽然“理性含义的诸多历史沿用缺乏较为全面的代表意义”，即在不同的理论视角下，形成了诸如“工具理性”“价值理性”“科学理性”“认知理性”等多元意义的概念范畴。但作为如同康德所说的具有调节性作用的“理性”概念，其核心含义则主要是指“理智”，“理智是理性最基本的含义，是批判性、创造性和沉思性的统一，是用来认识、理解、比较、选择、推想和决断的能力，当今甚至有时称之为‘智能’”。换言之，理性即人类理智对待秩序、法则、公理、规范(简称秩范)的品性。大学借助理性手段，运用理性的思维进行有激情的学术独创性活动，在完成认识客观世界的基本使命的过程中，理性表现出各种必备的素质就构成了大学理性精神。
学者张学文认为，“在高等教育哲学思想史上，大学理性是人类的理性与非理性、理智与情感交融的产物与统一体，其哲学基础既根源于大学是人类追求理性秩序下学术知识与道德规范的普遍必然法则，又渊源于大学是人类自身精神制度化的产物与人文主义机构”。由此可以说明，理性在大学治理中所具有的特殊价值和意义，它可以促使大学在治理过程中走向理性的治理。而理性治理，正是大学依法治校的本质所在。
理性治理，依赖于对大学治理结构的理性认识。这种认识既有治理理念的理性认识，也有治理技术的理性认识;这种结构既包括大学外部的治理结构，也包括大学内部的治理结构。
从大学外部的治理结构来看，无论是十余年前的大学合并还是当下的大学转型，由于理性不足，导致了部分大学在发展过程中的偏颇和办学效益的低下。当然，这种缘由主要源于政府与大学关系的不十分和谐的界定所导致。随着政府与大学双边关系的解决，大学治理的着力点将主要转移到大学内部的结构关系方面，这也是本文为什么强调大学内部需要强化“依法治校”的原因所在。
从大学内部的治理结构来看，主要在于如何构建依法治校的立体框架。人们知道，大学是人类社会创造出的最复杂的组织机构之一。在知识经济时代，大学，尤其是研究型大学，不但是知识密集的“才智之城”，是吸引巨额资金活动的“新型经济中心”，还是具有“无限多样性”的“变化之城”;不但承担着诸如人才培养、科学研究、社会服务、文化传承等多种专业及社会职责，还要面对多种不同、有时甚至是矛盾和冲突的社会要求与期待。
因此，正如教育学者史静寰在《现代大学制度建设需要“根”“魂”和“骨架”》一文中所说，“现代大学制度与治理体系建设，虽然指向与内涵不同，但其基础和解决的核心问题是共同的：即面对急剧变化的社会环境，回应冲突和多元的利益要求，大学必须确立组织的合法性基础，明晰使命战略定位，形成有效运行机制”。
很显然，面对大学这一复杂的组织，构建完善的内部治理体系框架，需要依赖结构性的思维模式。所谓结构性的思维模式，就是把结构视为大学场域的根本性特征，并从大学治理的网络关系角度出发，研究大学治理和依法治校的认知方式。在结构性思维模式下，无论是大学行政组织还是学科组织，无论是学术生产的精英还是学术判准的执行者，在大学治理中，首先应审视自身的场域位置，明白自身所拥有的资本含量，然后才能依据并审视自身与场域中的其他主体之间形成的网络状态，构建出符合特定高校自身特色和气质的结构式治理框架。
结构性思维模式势必要求大学治理应具有开放式的结构框架，而欲如此，大学组织就需要从科层次的管理困境中走出来，加快构建依法治校新框架的步伐。马克斯·韦伯在《社会组织与经济组织理论》中构建的科层次管理体制，本是基于对企业和政府组织的研究范本而生成的结论，当它运用于大学治理场域时，科层次与学术性之间的冲突就成为不可避免。解决这一冲突的有效办法，只能依赖于大学组织自身尽快构建依法治校的结构性的制度体系。这就要求大学组织重新反思“依法治理大学”的管理实践中“法”的内涵、要义和成分，“依”的原则、依据和原理，“治”的主体、举措和步骤，“理”的路径、目标和效率，并由此出发，加快设计一个完整、完善、清晰的“依法治校”实践运作结构图。