2016年3月27日，湖畔大学在杭州举行了第二届开学典礼。包括姚劲波、吴国平、贾国龙、霍启文等三十九位企业家在内的第二批湖畔新生，开启了为期三年的湖畔之旅。这场开学典礼，再次让湖畔大学成为焦点。
湖畔大学前身为马云名下私人会所江南会，由马云、冯仑、郭广昌、史玉柱、沈国军、钱颖一、蔡洪滨、邵晓锋这八名著名企业家和学者共同发起创办。它坚持公益性和非营利性，旨在培养拥有新商业文明时代企业家精神的新一代企业家。
湖畔大学由马云担任第一任校长，郭广昌、史玉柱、冯仑等知名企业家担任校董。这大概是当前中国入学门槛最高的一所大学，无论校长、校董、老师、学生，皆是经常出现在媒体报道中的商业明星。
很多人好奇马云办个大学为什么要跟湖畔扯上关系，马云解释道：湖畔大学这个名字是因为创业时，他的公寓小区叫湖畔花园，阿里巴巴和淘宝都在那诞生。
湖畔大学自2015年1月创办以来，对学员的挑选极其严格，它不是想进就能进的。2016年湖畔大学更是首创了保荐人制度，报名者必须有三位推荐人，且至少有一位是湖畔大学指定推荐人，指定推荐人则包括校董、保荐人和往期校友。保荐人由校董提名并投票产生。
每位保荐人每年可推荐五名符合条件的学员参加报名，并保荐一位直接进入面试。同时，保荐人还是湖畔大学学员最后面试的主要面试官。
如何才能进入湖畔大学呢？有学员总结出两点：首先，要有企业家精神；其次，别跟马云要签名。
第二届湖畔大学对入学者设置了一些硬性指标：个人必须至少有三年创业经验；公司必须有三十名以上员工、纳税三年、有三千万营业额。而这些硬性指标只是一个报名门槛。
第二届湖畔大学的明星学员李晨说：“湖畔真的挺难考，跟参加超级女声一样，很残酷，初试、复试、校董面试，从几千人到几百人，从几百人到七十个人，最后只有三十九人被录取。”这也说明，最后的筛选，还有一些更高的门槛在里面。
还有一个有意思的故事，也是湖畔大学的学员听马云自己讲述的。湖畔大学面试时，有一位面试者一进去就非常高兴地跑过来找马云要签名，马云当时就很不高兴，最后这个人也没有通过面试。这位学员总结说，不是说马云不喜欢那个人，而是说这个细节可能决定了你的眼光和视野。
相较于其他大学，湖畔大学的老师都是实干家。与其他商学院不同，湖畔大学教大家如何避免错误，学习别人是怎么面对失败的。它通过一批成功的老一辈创业者，把他们创业的经验和理念，尤其是作为一个创始人的身份碰到的问题，分享给大家，这是比较实用的一种模式。马云说，湖畔大学跟其他商学院不一样，湖畔大学不是培养企业家怎么创业，而是希望让企业能够活得更久。
“湖畔大学的重点不是招收多少学生，如果它能够在五年内教育两百位学员就已经很了不起了，要想通过两百名学员把口碑和品牌做好，学员的选择就非常关键，湖畔大学的口碑和影响力比什么都要重要。”马云表示，“希望在湖畔形成一种文化，让每个企业活长、活久，中国企业活到三十年以上的非常少，而这个大学的愿景就是做三百年。”