1927年7月29日，正当南昌起义各项工作紧锣密鼓地准备之际，以周恩来为书记的前敌委员会突然收到张国焘自九江发来的两封密电。张国焘在密电中说：“暴动宜慎重，无论如何候我到再决定”。到底是怎么回事呢？这还得从南昌起义的酝酿和决策说起——
传达共产国际最新指示：阻挠起义发动
1927年7月20日，谭平山、李立三等人在九江会议上第一次提出南昌起义的，主张。24日，中央常委在获悉这一提议后立即召开会议，正式确定了在南昌举行武装起义的部署，并委派周恩来为领导南昌起义的前敌委员会书记，即刻前往南昌主持起义；同时，电告共产国际请求指示。
可是随后共产国际的复电，却让南昌起义能否举行充满了变数。7月26日，共产国际代表罗明纳兹在临时中央常务委员会会议上传达了共产国际关于南昌起义的复电，内容大致是：如果有成功的把握，暴动可举行；否则让共产党人辞去相应的军事工作来做政治工作。如果中国的同志坚持要发起南昌暴动的话，共产国际、联共（布）派来的加伦将军和其他军事顾问是不允许参加的。会议还决定派张国焘作为中央代表前去九江传达共产国际指示。
对这一任务，张国焘并不情愿。他在回忆录中写道：“我当时的心情异常尴尬。首先，我觉得现在要奉命去停止我赞成过的事，究竟有点不合适，再者我实不愿此时离开中央和不能参加中央扩大会议。”因此，当罗明纳兹在会上提议派张国焘去时，张国焘立即推辞道：“既然是送封信，那就不必派我去。何况中央扩大会议快要举行，如能不离开中央，还是不离开好。王一飞同志可以担负这一使命。”罗明纳兹着急道：“时间紧急，派去的人今晚就要动身，如何能找到一飞同志？即使找到他，让他了解使命，立刻启程，仓促间是不易做到的。”此时，瞿秋白、李维汉等都劝张国焘：“还是你去好，你去责任不单是送信，还要考察情况参与决定呢！”
就这样，张国焘带着一种极不情愿的情绪上路了。
7月27日早晨，张国焘赶到了九江。此时九江已经成了一个重要的中转站，大批共产党人和国民党左派人物都云集到这里。张国焘很快找到了恽代英、高语罕、贺昌等人，并立即举行会议，向他们传达中央常委会议精神，重新讨论南昌暴动的可行性问题。但是他的提议遭到与会同志的一致反对，大家都认为再无讨论的必要。其中反应最激烈的就是恽代英。恽代英说：“这有什么讨论的，早已经决定了！”张国焘反驳道：“为了慎重起见，为什么不可以讨论？”恽代英气愤地说道：“现在南昌暴动一切准备好了，忽然又来了国际指示，阻止我们的行动，我是誓死反对的！”并“威胁”张国焘说：“如果你再继续动摇人心，就要打倒你！”恽代英愤怒的表情、激烈的话语让张国焘为之变色。因为在他的印象中，恽代英一直是一位正直而有礼貌的人，素有“甘地”之称。
无奈之下，张国焘只好退一步，想待到南昌后再行讨论决定。于是，他向南昌前敌委员会连发了两封等他到南昌后再决定暴动的密电。
7月30日张国焘风尘仆仆赶到南昌，并要求立即召开紧急会议。会上，张国焘详细报告了26日中央常委会议的情形，提出如果有成功的把握，起义方可举行，否则不可动；起义最好争得张发奎的同意。但他的话立即激起大家的反对。李立三道：“什么都预备好了，现在还需讨论什么？！”周恩来也立即表态：“还是干！”张国焘见此情形说道：“共产国际的电令显然是不同意暴动。加伦将军也主张联合张发奎一起回师广东，张发奎仍有希望，最好推迟南昌暴动。”周恩来一听，气得狠狠地拍下桌子，愤怒道：“现在意思又如此，与中央派我来时不符，我辞职不干了，今天特别委员会我也不去出席了！”谭平山更是破口大骂张国焘“混蛋”。
周恩来愤而辞职的表示，使会议顿时陷入僵局，最终不欢而散。
会后，李立三找到张国焘，告之起义一切都准备好了，不能再有任何改变或延误了，必须彻底放弃依靠张发奎的幻想；而且，获知暴动机密的人已经超过百人，起义再推迟，暴动计划随时可能泄露，届时情况更加危急。
31日，会议继续举行，争论仍未停止。正在此时，传来消息，张发奎偕同汪精卫、孙科等人已经到达庐山举行会议，而且颇有针对南昌的迹象。至此，张国焘不得不同意南昌起义的计划，起义得以顺利举行。
客观上来说，张国焘阻挠南昌起义发动的行为，不能完全归罪于他的主观故意。因为当时共产国际电报内容模棱两可，对南昌起义能否发动成功态度是有保留的。而且就其不允许俄军事顾问参加起义和不提供经费援助来看，无疑是暗示不赞成南昌起义，就连共产国际代表罗明纳兹也是这样认为的。因为中共当时并无单独领导武装斗争的经验，离开了俄军事顾问的指导，起义成功的把握不大。张国焘后来在回忆录中分析了共产国际来电的实质，“显然欲置身事外，不仅要俄人勿卷入反对国民党的旋涡，而且不肯暗中在经济上有任何支援，是要使南昌暴动陷入绝境，何况莫斯科还有阻止南昌起义的电令，将来南昌暴动失败了，我们还要负担违令蛮干的罪名。”张国焘这段话，有借共产国际、联共（布）为自己阻止南昌起义开脱之嫌，但是所说的也不无道理。
不管怎么说，当时张国焘对张发奎确实存有幻想，这一点他在后来给中央的信中也承认。而且张国焘主张推迟与张发奎分裂，认为暴动要慎重的态度，客观上阻挠了起义的如期举行，使得起义时间推迟至八月一日凌晨。
南征途中处境尴尬，南方局书记之职被更换
虽然张国焘最终赞成举行南昌起义，但是大家对他对暴动不够坚决，对张发奎存有幻想，阻挠起义的行为颇多微词。这让张国焘感到自己处境相当尴尬。他本想返回汉口向中央复命，可苦于起义后交通中断，难以成行。他自觉威信受损，情绪低落，除了照常参加前敌委员会议，基本上不管其他事情了。
起义胜利后，按照原定计划，部队分批撤离南昌，南下进军广东。张国焘担任农工委员会主席，当时农工委员会大约有40人，行军中主要负责安排住所、自行警戒等事宜。
9月下旬，起义部队进驻潮汕。此时，张太雷奉中共中央之命由香港赶到汕头接洽。他的到来，大家起初极为兴奋，以为是共产国际的救援来了，因为这时候部队弹药缺乏，亟需补充。但得知他的使命后，又大感失望。张太雷此行主要目又是什么呢？原来，八七会议确定了土地革命和武装反抗国民党反动派的总方针，还选举了新的中共中央临时政治局委员和决定成立南方局，由“恩来、太雷、彭湃、陈权、代英、黄平、国焘为中央之南方局，以国焘为书记，并在南方局之下组织一军事委员会，以恩来为主任，管理广东、广西、闽南及南萍一带特支。恩来等未到之前，由太雷、杨殷、黄平组织临时的南方局。临时南方局负责指导广东、广西等区域内之暴动及一切政治军事事宜。前敌委员会与临时南方局相遇之后，前敌委员会即可取消。”由于南方局的主要领导周恩来、张国焘、恽代英等人都在南昌起义南征途中，为了把这一系列新的决议和精神传达给正在南征途中的起义军，中共中央委派张太雷专程赶往广东。
从张太雷口中，张国焘得知自己已被降为中央政治局的候补委员。但让他更难堪的是，在成立南方局，任命他为南方局书记问题上，同志们普遍表现出异议。虽然张国焘一再表明并不根本反对暴动，但是大家对于他阻挠起义发动仍旧耿耿于怀。最后，大家改选张太雷为南方局书记，并将其挽留下来指导工作。
起义失败后遭批判，百口莫辩
10月初，南昌起义主力部队在潮汕地区遭到敌人围攻，很快失利。张国焘与李立三、贺昌等人乘坐一艘小渔船辗转到达香港，后经组织安排回到上海。自此，张国焘开始了近8个月的地下生活。他后来回忆，这段时期苦闷难耐，度日如年，而且还屡遭批判。
10月15日，张太雷在南方局省委联席会议上，率先向张国焘发难。在谈到南昌起义的情况时，张太雷说：“当时秋白把南昌的决议由浔带到汉口，中央已决定对张发奎的态度，如张不与汪精卫联络则到东江之后始解决之，否则在浔便解决他。故赞成南昌的决定，并派恩来去主持，同时国际亦决定要干，内容详细我虽不知，但决定要干我是知道的。后中央又派国焘去，意思是要他去鼓动同志更坚决执行中央的政策，不料国焘假传圣旨，说国际不主张干，他亦极力反对干，此时反而平山主张动，成为拥护新政策的一个人，国焘这不仅损失个人的信仰，而且是损失中央的威信，因为他是中央派去的。故此次国焘的行动，实应受处分。”
张太雷的报告刊登在第七期的《中央通讯》上，张国焘看到之后，立即意识到这是对他极为不利的一个信号。如果中央临时政治局接受了张太雷的建议，那么他必然会受到处分。因此，他立即写信给中央为自己辩护，澄清事实。张国焘在信中详细叙述了自己前往南昌参加起义前后几段事实。特别是对于是否假传圣旨这一关键内容，他详述道：“七月二十六日下午四时，中央常委开会，加伦将军主张如张发奎赞成回粤，可与之共同回粤。与张共同回粤有两个好处，兵力达三万人，易于打破朱培德、钱大钧阻碍；如推迟与张的分化，将来还可更多分化张的一部分势力。随后，共产国际代表罗明纳兹传达的国际来电内容是：如暴动毫无胜利希望，则不如不进行暴动，张发奎军中同志尽行退出，派往农民中工作。”张国焘认为，从电报内容和会议讨论来看，共产国际代表和中央的倾向是尽量争取张发奎，推迟起义。因此，对于张太雷指责自己假传圣旨，他认为“张太雷同志的报告，不是记忆错误或传闻失真，便有点故人人罪了。若说我假传圣旨，我是不心服的。”
但是，无论张国焘怎样为自己辩护，从1927年11月14日护大会议上对张国焘所作的处分决定看，中央还是完全否定了张国焘的辩解。会议对张国焘的处分为：
张国焘同志受中央常委委托赴南昌指导暴动，但国焘同志到九江南昌后不执行中央命令，反怀疑暴动主张，甚至反对暴动，南昌事变以后主张联络张发奎，并反对没收一切土地的政纲，这些违抗中央政策和派其往前敌指导使命之结果，反给前敌同志以更坏更右的影响，前委亦因之更加动摇。国焘同志应开除临时政治局候补委员，中央执行委员会委员资格。
同时，中共中央在《中央通讯》第13期上发表了回复张国焘的信，内容全文是：
国焘同志这信中所提各点，本次扩大会议的议决案都可以答复。至于国焘同志的错误之主要点，政治纪律议决案已经说得很明白，事实的经过是：——国际上电报说：“如毫无胜利的机会，则可不举行南昌暴动。”这无异乎说：“除非毫无胜利机会，否则南昌暴动是应举行的。”中央常委曾讨论这一问题，大家认为即在汉口亦可见着必有胜利机会，故派国焘同志去前敌，以坚决前敌之发动，这是在汉口的事实。当时出席或参加常委的同志（维汉、太雷、秋白……）都证明的。国焘到前敌去，却因为自己对于张发奎有妥协动摇倾向，而表示怀疑举行暴动的言动，这是在前敌的同志（恩来、立三……）都证明的。事实是如此，国焘同志信的主要意思，可以用这种事实答复。
从上述中央对张国焘作出的处分和对张国焘来信的答复内容看，张国焘阻挠起义的事实似已成定论。但张国焘对此并非心悦诚服，反而多次批评指责以瞿秋白为首的中央及各项政策。不过，张国焘的意见和批评大都被当做机会主义的见解而被无视或拒绝，其本人甚至被瞿秋白等视为反中央的首脑，其住所也被视为是机会主义者的俱乐部。这使得张国焘感到极为郁闷，竟产生了另行组织“工农党”的念头。
在莫斯科“六大”上，澄清“不白之冤”
1928年3月，共产国际同意中共“六大”在莫斯科召开。张国焘作为共产国际直接邀请的代表，前往莫斯科参会。为了使得中共“六大”顺利召开，统一中共代表混乱的思想。6月14至15日，共产国际负责人布哈林，召集瞿秋白、周恩来、张国焘等部分代表举行了“政治谈话会”，就中国革命的性质、任务和当前革命形势，以及党在今后的路线、方针、政策等问题发表意见。
张国焘认为这是一个干载难逢的好机会，终于可以将自己长期的不满和憋闷一吐为快。于是，他在“政治谈话会”上一口气讲了3个小时。在谈到党内在大革命失败后出现的盲动主义错误时，张国焘指斥了中共临时中央和共产国际代表罗明纳兹。在发言中，张国焘重申自己在南昌起义中，阻止暴动的举动是为了遵守纪律，是在不折不扣地转达共产国际的意旨，而不是什么假传圣旨。他当面问布哈林共产国际究竟有无拍发阻止南昌暴动的电令，还质问瞿秋白为什么颠倒黑白说他假传圣旨。最后，张国焘用一句“这就是我这个被指为反共产国际的人的真实意见”，结束了自己这番激烈的发言。张国焘对自己这次发言极为满意，他后来回忆道：“我这篇演说，虽没有预先拟好底稿，确是理直气壮一气呵成的。所有到会者，无论赞成与否，都认为是一篇中共反对派的代表作。”
6月18日至7月11日，中国共产党第六次全国代表大会在莫斯科郊外的一座庄园里正式召开。会上，瞿秋白代表第五届中央委员会向大会作政治报告。这份报告约3.3万字，共讲了9个小时。对此，张国焘甚为不满，他在瞿秋白报告结束前插话道：“你一个人讲了九个小时，七七八八讲了一大批。”之后，大会开始进行对政治报告的分组讨论。张国焘第一个发言，就中国革命的世界意义、性质、阶段及其前途，过去的教训，八七会议后对时局的估量和我党的政策，对于革命形势的估量和我们的任务与中心工作等四个方面发表了自己的看法。在发言中，张国焘再次澄清南昌起义中他“反对暴动”和“假传圣旨”一事。他详述道：“在我去南昌那一天，我们曾开过一次会议，在这次会议上，罗明纳兹说：共产国际来了一个电报，内容是说，南昌暴动若无胜利的希望，则不如叫我们同志退出军队，送他们到农村中去。加伦报告说：他早上会见张发奎，张发奎已经同意他的军事计划，就是他的军队不再东进，停留在南浔路一带，逐渐向广东进发。因此，加伦主张我们同张发奎一同到广州，到广州后再行与张发奎分化。同张发奎到广州有二利：1．军力较大，可以击破敌人军队，实际到达广州；2．经过两个月的工作再在广州分化，我们可以多分他张发奎一部分军队。因此，他的结论是，到广州后再和张发奎分化。他们两人说完话后，大家都没有发言，罗明纳兹也没有表示不赞成加伦的意见，他要我到南昌去送信。我当时不肯去，后来秋白、维汉说这件事关系重要，还是你去一趟吧，我就是奉这个使命去南昌的。”
在张国焘发言的过程中，有人问他去南昌的任务是否是传达送信，张国焘断然回答说：“我去南昌当然不是专去送信，是去参加讨论是否在南昌暴动的，岂有中央委员专去送信的道理。”
从整个发言来看，张国焘夹杂有浓厚的个人情绪。他把自己所遭受的处分和不公，归结到中央临时政治局负责人瞿秋白身上。在整个会议期间，他多次指责瞿秋白，并与之发生激烈争论。这严重影响了会议的正常秩序，遭到大家的批评。邓中夏在发言中指出两人说话的态度都有欠缺的地方，特别是张国焘演说的态度完全是攻击的形式，没有正确地，反拿些零碎的事件来批评，有“在朝在野”的神气。二人的争论也引起了布哈林的不满，他甚至在大会上威胁道：“就是你们这两个大知识分子在吵架，再吵就把工人干部提拔起来代替你们。”
但是不管方式如何，从效果上来看，张国焘在中共“六大”上的辩驳对澄清自己，摆脱“机会主义”的帽子作用不小。会上，张国焘再次当选为中央委员，并在随后召开的六届一中全会上被选为中央政治局委员。这充分说明，张国焘扭转了自己的边缘位置，重新进入了中共中央核心领导层。至此，张国焘因南昌起义蒙受的“不白之冤”及为此展开的一系列争辩暂时告一段落。