红军长征中左右两路军的指挥权控制问题是红军历史上非常特殊的现象，也是导致一、四方面军在北上还是南下产生严重分歧的重要原因之一。
错综复杂的指挥系统 长征中一、四两个方面军会师后，按照张国焘的要求，两军在混编后分左右两路军北上。当时一方面军的一军由林彪、聂荣臻率领为全军打前站。右路军居中，由徐向前、陈昌浩组成的前敌总指挥部率领一方面军的三军和四方面军的四军、三十军组成。中共中央、中央军委和军委纵队随右路军行动。朱德、张国焘的红军总司令部率一方面军的五军、九军、三十二军和四方面军的三十一军、三十三军组成左路军殿后。由于时间的匆忙和问题的敏感，两军会合后对军队的指挥权缺乏必要的磨合和深入的讨论，在没有达成共识的情况下就匆匆上路了，结果就给两军的合作和团结留下了严重隐患。
当时左右两路军这一特殊的混编建制决定了指挥系统非常复杂。当时共有五套权威的指挥系统：
一是新“三入团”。这是在第四次渡赤水前夕取代博古、周恩来和李德“三入团”全权指挥军事的新三人小组，由周恩来为组长，毛泽东与王稼祥为组员，但实际指挥者是毛泽东。目前权威的党史专著对新三入团的作用是这样描述的：“在战争环境中，这是中央最重要的领导机构。”
二是军事委员会。1935年6月29日改组后的中革军委主席是朱德，副主席是张国焘、周恩来和王稼祥。按规矩说，朱德应该具有最高指挥权，但事实上却不是。吕黎平回忆说：“朱德没有参加中哭三人军事指挥小组是不够妥当的，从红军的组织指挥系统上也说不通。”
三是红军总司令部。1935年7月18日，中革军委转发苏维埃中央政府命令：“一、四方面军会合后，一切军队均由中国工农红军总司令、总政委直接统率指挥。”当时朱德是总司令，张国焘是总政委，参谋长是刘伯承。按照红军有关规定，“红军的一切行动，作战命令、管理与训练指示等，没有中革军委主席、红军总司令的签署，是没有效力的。”但实际上真正掌握军权的是中革军委副主席、红军总政委张国焘。
四是前敌总指挥部。1935年7月21日以四方面军总部为基础成立，全称是中国工农红军前敌总指挥部，负责指挥在前线作战的一切部队。总指挥和政委分别由徐向前和陈昌浩担任，实际由陈昌浩指挥。在中央单独北上，徐向前回忆陈昌浩的表现时说：“他是政治委员，有最后决定权，假如他感情用事，下决心打，我是很难阻止的。”
五是一方面军总部。1935年8月6日的沙窝会议在任命陈昌浩为政治局委员、红军副总政委兼总政治部主任的同时，恢复撤销不久的一方面军总部，周恩来任司令员兼政治委员。周恩来是新三人小组的组长，按遵义会议的决议，“恩来同志是党内委托的对于指挥军事上下最后决心的负责者”。
由于五套权威系统的同时存在，使得左右两路军的指挥出现了红军历史上前所未有的复杂局面。
新“三人团”此时似乎无声无息地失去了指挥权威，因为从当时的实际情况看，新“三入团”没有得到张国焘的认可，因此无法指挥四方面军。这就使得毛泽东在指挥系统中除了周恩来军事指挥“帮助者”的正式头衔已没有任何职务，但在事实上毛泽东已经从“帮助者”成了指导者。
中革军委文件规定应该是最高军事机构。在军委主席朱德与第一副主席张国焘担任红军总司令和总政委后，从道理上说其重心也就移到了红军总司令部，但事实上并非如此。按照当时规定，政治委员掌握军事指挥权，因此朱德实际上成了摆式。张国焘发布作战命令时，总是不忘把朱德的名头放在前面，但真正作主的却是张国焘。
表面上看，红军总司令部不仅统率左路军，还能号令全军，当然包括左路军中的红一方面军部队、军委纵队和徐向前、陈昌浩统率的右路军。但事实上却不是，这个司令部并不能指挥一方面军。
前敌总指挥部是右路军的统率机关，自然也能够指挥右路军中的一方面军部队。中央军委和一方面军总部作为右路军的组成部分，似乎也得受制于前敌总指挥部，但事实上却不是。陈昌浩岂能指挥中央军委。
一方面军总部在名称上是一方面军的总司令部，但吕黎平说：“红一方面军总部则是党中央的指挥机关，因而也是全国红军的最高统率部。”因此能够号令全军，当然包括红军总司令部与前敌总指挥部。但事实上也同样不是。一方面军总部只能指挥一方面军。 如此复杂的指挥系统直接导致了指挥班子的复杂。
错综复杂的人事安排
由于张国焘既反对中央的北上决策又公开要求掌控军权，使得中央不得不有所警惕
红军总司令部。1935年7月18日，中央任命张国焘接替周恩来担任红军总政委、于是，红军总司令部朱德是总司令，张国焘是总政委，刘伯承是参谋长。按照红军的规定，参谋长负责军队的机要工作，其中就包括情报的搜集和汇总。长征前夕，军委为加强保密工作发布了《中央革命军事委员会关于转移中的文电处理和保管办法》，规定：“红军各部队的机要工作实行集中统一管理，电台一律由参谋长掌握。”掌握了机要工作和电台也就是掌握了信息权，因此红军长征中参谋长的地位是非常重要的。但张国焘命令总部通讯局局长宋侃夫：“有电报直接交给我，不送参谋长，也不要给别人。”不仅切断了朱德、刘伯承与中央的联系，还架空了刘伯承作为参谋长的关键职责。
各军的指挥班子。1935年7月20日，中央对各军的干部职务进行了重要调整。一方面军各军的军长、政委和参谋长的原有人选不变，四方．面军各军的参谋长全部由一方面军的人员担任：三军的两位师长张宗逊和李天佑分别担任了网军和三十军的参谋长，五军团的参谋长陈伯均、一军团的师长李聚奎和军委干部团的营长李荣分别担任了九军、三十一军和三十三军的参谋长。由于参谋长的地位重要，因此《朱德传》评论说：“这些干部的调配，对加强四方面军的军事工作、政治工作，特别是后来对抵制张国焘的分裂活动，发挥了重要作用。”
前敌总指挥部。据叶剑英回忆：“红一、四方面军会师后，张国焘提出，让叶剑英同志来当参谋长。毛主席和周恩来商量同意，我就去了。早在北伐的时候，我和张国焘就认识了。”张国焘架空了左路军的参谋长刘伯承，却举荐早已熟识的叶剑英出任右路军参谋长，其目的显然是要全面控制前敌总指挥部。理解了这层背景，也就理解了陈昌浩对叶剑英的信任，也就理解了毛泽东为何如此称赞叶剑英，以及周恩来的“疾风知劲草，板荡识诚臣”的深刻含义。另据沙窝会议后调到陈昌浩为主任的总政治部去当副-丰任的杨尚昆回忆，临走前毛泽东曾找他谈话，要他这个陈昌浩中山大学的老同学，利用老关系去做“牛皮糖”。杨尚昆说自己“茅塞顿开”，于是“我这个‘牛皮糖’就天天到陈昌浩那里去坐坐，一是了解一点动向，二是搞点烟抽。”其实所谓“搞点烟抽”是虚，“了解一点动向”才是实。沙窝会议后两军的矛盾激化，杨尚昆当时带着一百多名干部到陈昌浩那里报到。所谓“牛皮糖”，自然就是要紧紧地粘住陈昌浩，而且“了解”的“动向”肯定不少，否则决不会随后与叶剑英一起被张国焘公开宣布“免职查办”，名字还放在叶剑英的前面。
错综复杂的机要部门
左右两路军指挥班子的复杂还体现在机要人员的安排方面，因为离开了机要人员，指挥班子是无法运作的。
长征前夕，《中央革命军事委员会关于转移中的文电处理和保管办法》规定“机要科与作战室随首长行动”。因此，机要科与作战室的人员对首长的意图和行动都了解得非常透彻。前敌总指挥部7月21日成立，中央在7月22日就向红军总部和红四方面军各军派出了机要人员，尤其对前敌总指挥部的机要人员更是作了精心安排。照吕黎平的说法是，“这次调动给我的印象十分深刻”，因为周恩来亲自到作战科来与吕黎平谈话。吕黎平还认为，“周恩来这个时候亲自抓一批干部的调动问题，还有着不寻常的意义。”这一回忆起码说明了两个重要问题：一是当时调往红军总部与四方面军各军的干部由周恩来亲自负责；二是把一个普通的机要员调往前敌总指挥部尚缺科长的作战科任副科长，竟然要由周恩来亲自谈话，其本身的意义就非同寻常。吕黎平回忆说：“机要科的收报，先登记来电时间号码，译出后，要首长亲阅的电报直接送首长阅。”然而，“我和陈茂生知道情况十分紧急，决定将密电先交给叶剑英参谋长。我俩马上到会议室，把叶参谋长请出来，当面把电报交给了他。”作为前敌总指挥部的两名普通机要人员竟然在情况紧急时知道该把电报交给谁和不交给谁，还敢冒杀头的危险联手前往，足见他俩的职责决非是单纯的机要人员。吕黎平逝世后，《人民日报》说他“曾与张国焘分裂红军的阴谋作了坚决斗争，并在斗争中发挥了特殊作用。”
指挥系统、指挥班子和机要人员的错综复杂，主要是张国焘自持武力要挟中央的结果，也是中央为顾全大局对张国焘作出的妥协。但是，这种特殊现象所隐含的危险平衡显然是脆弱的，也是无法持久的。只要张国焘继续得寸进尺，这种平衡就会即刻破坏，中央决不会容忍张国焘力图实现的全面控制，理解了这点，也就理解了中央为何在危险的平衡即将被破坏时不得不单独北上的根本原因。