习仲勋与周恩来在1935年中央红军长征到达陕北时相识，在此后的数十年风雨历程中，经常受到周恩来的关心、教诲和伟大人格的熏陶，十分崇敬热爱周恩来。在国务院协助周恩来工作期间，年轻有为、德才兼备的他成为周恩来的得力助手，深得周恩来的赏识与称赞。在他遭受磨难时，周恩来同样对他悉心呵护，倾力相助。
战争年代就十分仰慕周恩来
1933年3月，习仲勋与刘志丹等同志创建了陕甘边区革命根据地。1934年11月，在陇东南梁荔园堡召开的陕甘边区工农兵代表大会上，年仅21岁的习仲勋当选为陕甘边区苏维埃政府主席。因他办事有板有眼，又谦虚问政，因而深得大家敬重。1935年春，陕北、陕甘边两块革命根据地在反“围剿”中连成一片，合并成立西北革命根据地，习仲勋为中共西北工委领导成员，并继续担任陕甘边区苏维埃政府主席。1935年9月，习仲勋和刘志丹等一大批领导干部在错误肃反中，被“左”倾路线的执行者关押在瓦窑堡的一个旧当铺里准备处死。中央红军到达陕北后，他们得以释放平反。
习仲勋被解除关押后，遵照中共中央指示，进入董必武任校长的中央党校学习，并担任训练班第三班班主任。1935年12月27日，习仲勋参加了中共中央在中央党校召开的党的活动分子会议，聆听了毛泽东作的《论反对日本帝国主义的策略》报告。正是在这次会议上，他第一次见到了仰慕已久的周恩来。45年后，习仲勋对初见周恩来时的情景仍记忆犹新：“中央红军到达陕北不久，我参加在瓦窑堡举行的一个会议，听毛泽东同志的报告。远远望见一个人，穿着一身红军的黑布棉军服，胸前飘着长长的络腮胡子，两道浓黑的剑眉下面是炯炯两眼，那智慧的光芒好像可以洞穿一切，令人肃然起敬，他就是周恩来同志。那时，他担任中央军委副主席，和毛泽东同志一起，领导红军胜利到达陕北。在陕甘宁一带有不少关于周恩来同志神话般的传说。我很早就知道他的一些革命事迹，内心十分仰慕。这次因为是听报告，没有机会和他接触。”
1936年1月，中共中央决定派习仲勋去关中特区担任领导工作。关中特区是党中央初到陕北时决定设立的一个行政区，下辖淳耀、赤水、永红、新正、新宁5县，新设县治包括了陕甘两省接壤的旬邑、淳化、耀县、宜君、正宁、宁县所属的部分平原和广大山区。这里人口较为稠密，经济条件、文化教育和群众生活条件较好。因为地处西北苏区的最南端，连接以“八百里秦川”著称的大关中，离陕西省会西安仅一百余华里，所以关中特区当时被誉为陕廿宁边区的“南大门”。
在习仲勋离开瓦窑堡赴关中工作前，周恩来在瓦窑堡住地专门约他谈话，对分派他去关中特区工作寄予厚望。周恩来亲切而又严肃地说：党派你去关中特区任苏维埃政府副主席、党团书记，任务是发动群众，扩大和巩固陕甘苏区，开展游击战，配合中央整个战略部署，威胁西安，迎接将要到来的抗日高潮。这是习仲勋第一次亲耳聆听周恩来的指示，觉得周恩来的每一句话语都是那样掷地有声，以致在数十年后谈及此事仍激动不已：“第一次和周恩来同志正式接触是在一九三六年二月，党派我到关中苏区去担任苏维埃政府副主席、党团书记。……恩来同志对敌情了如指掌，高瞻远瞩地制订战略部署，他那种卓越的军事才能，给我留下了极其深刻的印象。”
与总理长期共事获益良多
1952年9月，习仲勋由中共中央西北局书记调任中共中央宣传部部长兼政务院文化教育委员会副主任、党组书记。他主持制定的“整顿提高、重点发展、提高质量、稳步前进”16字方针，指导了建国初期的文教工作。1953年9月后，他历任政务院秘书长、国务院秘书长。1956年9月，在党的第八次全国代表大会上当选为中央委员。1959年4月任国务院副总理兼秘书长，在周恩来的直接领导下，参与国家重大方针、政策、法规的研究和制定，以及重要的国务活动和外交活动。期间，他主持制定了一系列规章、制度、条例，为规范国家机关活动做了大量深入细致的工作。在国务院协助周恩来工作长达10年的时间里，他兢兢业业，尽职尽责，受到周恩来的高度称赞。他后来回忆说：“从1952年由西北局调到国务院工作起，我在恩来同志亲自领导下工作了10年左右，朝夕相处，耳提面命，亲聆教诲，获益良多，是我一生中受到教育和帮助最多的时期。”
1958年，周恩来率领党中央和国务院及各部委负责同志到北京十三陵水库工地参加劳动。习仲勋和周恩来分在一起运送石头和泥土。周恩来在前面拉车，习仲勋在后面推，他本想走快点，又怕累着周总理，不想总理的步子比他还快，车绳老是绷得紧紧的。在十三陵的5天，周总理每天坚持和大家一起劳动，歇息的时候，就亲切地和群众谈话，嘘寒问暖。1959年的一天，周恩来约习仲勋和他一起到国务院机关食堂吃饭。周恩来排队买了几个窝头和素炒白菜，便与机关干部们一道吃起来。他边吃边问干部食堂伙食的情况，还注意观察大家的脸色及健康状况。回来后，他对习仲勋说：“我们要关心群众生活，机关食堂的主食和副食都差，看上去每天热量是不够的，必须设法改善群众生活。”为此，周总理建议各单位都要建立自己的生产基地，种粮种菜、养猪养鸭等。遵照总理的指示，习仲勋马上要求国务院机关及其他政府部门和党组织，让全体干部每年轮流到本单位农场劳动一段时间，开展生产补充农副产品的不足。习仲勋回忆说，这对改善三年经济困难时期的生活起了很大作用。
在建国10周年的十大建筑规划中，筹建部门曾经计划盖国务院办公大楼。周恩来看到设计图纸后，征求习仲勋的意见。习仲勋说：“人民大会堂是人民代表开会讨论国家大事的地方，需要建筑。中南海这个地方，过去袁世凯、段祺瑞他们都办过公，我们拾掇一下就可以办公了，不一定要盖国务院办公大楼。如果要盖办公大楼，府右街一片民房都要拆掉。”周恩来马上说：“你的意见很好，和我想法一样，国务院不需要盖办公大楼。在我担任国务院总理期间，绝对不盖政府办公大楼！”于是，国务院办公大楼这项建筑计划被撤消了。
习仲勋常常听周恩来这样讲：作为一个领导者，切忌一言堂。一言堂多了很危险。一个好的领导，要善于坚持正确意见，也要善于听取别人正确的意见，还要有勇气放弃自己的错误意见；要善于说服别人接受自己的正确意见，也要敢于接受别人的正确意见。这就有了民主，自己就能兼听多听，兼听则明嘛。习仲勋长期在周恩来领导下工作，一个深刻的感觉是，每个人都可以在总理面前发表不同意见。周总理不喜欢唯唯诺诺的人，特别不高兴听这样的话：“总理的意见很正确，我完全拥护。”每当听到这样的话，他就会说：“谈话、开会就是要研究不同的意见，集中正确的意见。我希望你们谈一些不同的看法，不要老讲赞成、拥护的话。”
周恩来生活俭朴，严格要求自己，也给习仲勋留下了深刻的印象。周恩来身居高位，可始终保持着战争年代艰苦朴素的生活作风。周恩来经常工作到深夜，照例应该有一顿夜餐，但他不要，有时肚子饿了，就只有一杯清茶、几块饼干，权当夜餐。习仲勋感慨地说：“古今中外，哪有这样的好总理啊！”
患难岁月蒙总理悉心呵护
在一位真心实意关心下属的领导人手下工作是一种幸福。周恩来无微不至的关怀和帮助，令习仲勋终生难忘。他曾回忆，周恩来经常日以继夜地工作，却从不让习仲勋跟他一道熬夜。每逢假日，他自己照常工作，却总是让习仲勋休息。一个星期天，周恩来打电话找来习仲勋，语含抱歉地说：星期天也不能让你好好休息，因为有急件要处理，又把你找回来了。习仲勋回答说：我应该回来和总理一道工作。
在习仲勋遭受磨难的日子里，周恩来对他仍是关爱有加、悉心呵护。1962年夏，在中共八届十中全会上，习仲勋因所谓“《刘志丹》小说问题”，遭到康生诬陷。康生利用一些人提供的捕风捉影的材料，诬陷习仲勋“勾结”刘志丹的弟弟刘景范及妻子李建彤，授意他们炮制“反党小说”《刘志丹》为高岗翻案，称习仲勋是“挂帅人物”，是“反党大阴谋家、大野心家”。康生在会上还给毛泽东写了张条子：“利用小说反党是一大发明。”
这真是晴天霹雳，习仲勋百思不得其解。李建彤要写小说《刘志丹》，习仲勋原本是知道的，曾经多次劝过刘景范，希望他们不要写，并对李建彤表示“写对刘志丹同志的革命回忆录我是同意的”。后来，习仲勋听到中央宣传部一位负责同志赞扬李建彤的创作，刘志丹的老战友马锡五也多次劝他给予支持，刘景范甚至对他说：“陕北的领导干部死的死，坏的坏，《刘志丹》这本书，你不支持谁支持？”习仲勋因此改变了原来的态度，表示“你们一定要出版也可以嘛”。但习仲勋并没有向出版社讲过什么意见。在作者多次催促之下，他也只是粗略地翻了一下小说的初稿，而且还没有看完，后来发表的那些章节，他还根本没有看。事情的简单经过就是这样。
然而在这次全会上，康生欺骗和煽动一些人向习仲勋发动攻击，各种莫须有罪名一齐向他袭来。在出席全会的同志一时间无法了解事实真相的情况下，习仲勋也需要时间仔细思考对他的指责，于是他向周恩来请假，说：“我最好不再参加会议，让我好好想想问题，花点时间准备一下，检查我的错误。”
有口难辩的习仲勋，回到家后陷入极端苦恼之中。这时，周恩来打来电话请他过去谈话。习仲勋赶过去时，看到副总理兼外长陈毅也在场。他们说，他们不仅仅是代表他们自己，而且也是代表党中央和毛主席找他谈话。性格奔放的陈毅元帅宽慰习仲勋说：“我犯的错误比你大，改了就好，要努力振作起来。”周总理也对他说：“党中央和毛主席对你是信任的，让你代表政府做了许多工作，即使出了《刘志丹》小说这个问题，错了就改嘛。”周总理握着习仲勋的手，语重心长地说：“我们还是好朋友，千万不要有一念之差。”习仲勋感动得泪流满面，他深深领会周总理最后这句话的意思，说道：“总理，您放心，这点我还不会。我准备回农村去做个农民，革命也不是为了当官，种地同样可以革命。”
可周总理还是不放心，他让习仲勋的秘书派车把习仲勋的妻子齐心接回家来。齐心一到家，周总理马上和她通电话，要她请几天假留在家里陪丈夫，并叮嘱她一定要防备习仲勋有一念之差。
习仲勋被免职后日子很难过。到了1965年底，他终于被分配到河南洛阳矿山机器厂任副厂长。可好景不长，“文革”风暴席卷全国。这时康生已经当上了中央文革小组的“顾问”，他又开始向习仲勋下毒手了。1967年1月4日，习仲勋被从洛阳揪到西安批斗。当时，周恩来的处境也十分困难，但仍对习仲勋十分牵挂，想方设法保护他。看到习仲勋在西安被揪斗的照片后，甩恩来批评说：“我们都不知道，你们为什么随便把习仲勋抓到西安！”又指着照片说：“这样，文化革命就变成武化革命，这是给文化大革命抹黑，也是给我们国家脸上抹黑。”当西安的群众代表问对习仲勋如何处理时，周恩来严肃地说：“你们抓了一个习伸勋，以为如获至宝，那是一个刺猬！”接着，周恩来下令对习仲勋实行军事管制，实际上是把习仲勋保护了起来。但是，康生不肯放过习仲勋，阴谋把习仲勋揪到延安、兰州去批斗，最终被周恩来制止了。习仲勋连遭批斗，身体渐渐有些支持不住，不得不给周恩来写信，告诉总理：“我的反面作用起完了，现在只是陪别人挨批挨斗”。1968年1月3日，周恩来采取特殊保护的方式，派飞机把习仲勋从西安接回北京，交给卫戍区监护。
然而，监护中的岁月也是非常难熬的，林彪、“四人帮”一伙想方设法折磨习伸勋。他被关进只有七八平方米的小房子里，每天两次散步，不允许出去，只能在小屋里转圈子。他被断绝了与外界的一切联系，甚至连直系亲属也见不到。可有一天，专案组的人把他带到市里某个地方，他猛地看见已经7年未曾见面的妻子齐心和孩子们坐在那里，这时一个孩子亲热地叫他爸爸。他一时愣住了。听齐心一说，他才知道那是自己最小的儿子。当年他离开家时，最小的儿子才8岁，现在已是个16岁的小伙子了。一时间他感慨万千。当齐心告诉他，这次批准家属前来探望的是周恩来时，习仲勋再也控制不住自己的感情，眼泪扑簌簌地掉了下来。齐心带着孩子在外边处境艰难，连住处都成问题，不得已向周总理提了出来。周恩来马上批示予以解决，而且大大超出了她的请求，这对在监护中的习仲勋来说．无疑是巨大的安慰和鼓舞。
习仲勋被审查、关押、监护前后长达16年之久，但他始终保持坚定的共产主义信念。江青集团垮台后，他被党中央派到广东担任党政重要职务。党的十一届三中全会后，他得以彻底平反，所谓“《刘志丹》小说问题”完全是康生捏造陷害。1979年4月8日习仲勋在《人民日报》发表《永远难忘的怀念》一文，深切缅怀周恩来总理。他说：“敬爱的周恩来总理离开我们已经三年多了。在这三年多里，想起在总理领导下工作的日子，想起总理为革命和建设建树的丰功伟绩，想起总理通宵达旦地为人民操劳，我就深切怀念，心潮澎湃。我总觉得总理没有离开我们，总理的革命精神，总理的崇高品质，总理的音容笑貌，总理的光辉形象，无时无刻不萦绕在我的脑海之中。”