1934年秋是决定干部长征去留的关键时候。项英、陈毅等人确因工作需要和患病、负伤等原因，被决定留在苏区。但是带有强烈宗派倾向的博古等人也人为地将他们认为有“右倾”错误、不执行中央路线的人都留在了苏区打游击，何叔衡、毛泽覃等人就属于这种情况。瞿秋白被留下的原因可能是以上多重原因的综合。从20岁起，瞿秋白就患上肺病，再加上同当时党中央某些负责人的矛盾，而给了“左”倾领导者以借口，最终被留在了苏区。从历史的另一个角度看，在中央红军主力长征的壮举备受歌颂之际，还应看到中央苏区留守部队为掩护红军主力集结突围所做出的重要贡献。在中央革命根据地坚持斗争且做了大量工作而英勇就义的瞿秋白，就是其中的代表之一。
去留关键时刻，瞿秋白无奈地说：“我服从组织的命令。”
1934年9月，中央红军在仓促中决定进行战略转移。被王明等人解除中央政治局委员职务已两年之久的瞿秋白奉命留守江西，任中央分局宣传部长。得知这一消息后，毛泽东曾两次找到博古要求带瞿秋白一起走，但都遭到拒绝。
瞿秋白放下整理好的行装，举起一年前在上海分别时杨之华送给他的酒杯，同李富春、蔡畅夫妇等人洒泪告别。中央红军出发那天，瞿秋白把自己的爱马交给了长征队伍中最年长的徐特立。第二天，当陈毅派人送他去追赶长征队伍时，瞿秋白无奈地说：“我服从组织的命令。”此时的中央苏区正面临着继第五次围剿之后更为猛烈的风雨，对于身体虚弱的瞿秋白而言，留下几乎意味着死亡。但是瞿秋白还是选择了服从。
1934年10月上旬，中央对中央根据地的斗争作了布置，成立了中共中央分局、中央政府办事处和中央军区，由项英任分局书记、军区司令员兼政委，陈毅为中央办事处主任，留在苏区继续坚持斗争。中央机关人员撤离后，中央政府的全套机构都被保留下来。为了迷惑敌人，对外没有公布成立了中央分局和中央政府办事处，各部门、各机关仍然保持原来的名称。留下来的各部门负责人则继续照常领导执行各部门的工作制度和任务。《红色中华》报仍然以中华苏维埃共和国中央政府机关报的名义正常出版。红军主力部队从中央苏区各防线撤离时，红二十四师、十几个独立团及其地方部队已经接过了防务任务，分北、东、西三路与国民党军队展开了顽强的阻击战。几十万“围剿”苏区的敌军，就这样被只有1.6万多人的苏区留守部队紧紧拖住，为中央红军集结、休整、补充赢得了时间，为红军主力转移突围起到了重要的掩护作用。
正是由于苏区党政军活动的正常开展，成功地迷惑了敌人，在中央红军撤离苏区后的十多天，国民党军一直以为中央党政军机关和红军主力还在苏区，不敢贸然进犯，只小心翼翼地一步一步向前推进。直到10月下旬，北路敌人占领宁都县城后，才得知红军主力已突围西进；11月中旬，蒋介石才彻底弄清红一方面军主力西移的战略意图。此时，中央红军撤离苏区已整整一个月。
中央苏区陷落前夕，瞿秋白在突围途中被俘
1935年2月，在敌强我弱的形势下，苏维埃中央分局、中央政府办事处等机关留守人员被层层包围在于都南部的狭小区域里。主力红军一时难以营救，留守人员只得化整为零，分批分期突围。于是，中央分局决定将分局和中央政府办事处的机关人员分派到各地各部队，进行分路突围。项英传达了中央分局的决定：瞿秋白、何叔衡、张亮和周月林转移到白区去搞地下工作。从福建、广东去香港，如在香港能接上党的关系，就留在香港；如在香港接不上关系就去上海。据周月林回忆说：“项英当时还说我从小在上海长大，又在上海搞过地下工作，比较熟悉，要我和他们一同去，他们也很欢迎我同去。”“现在有的文章只说瞿秋白肺病严重到上海去就医，不讲去白区搞地下工作，这是不全面的。就医固然是一个目的，但主要还是因为苏区形势紧张，让我们转移到白区去搞地下工作。”“一些文章笼统地讲我们四个人和邓子恢一起从瑞金出发，好像邓子恢也是准备去白区的。其实中央分局决定邓子恢去福建永定一带领导游击战争。他只是和我们一起出发，同行一段路，但不同一目的地。”
中央分局作出瞿秋白等人撤离中央苏区的决定后，命周月林先行出发，护送中央政府办事处的一担铅皮公文箱到瑞金武阳山区秘密埋藏。过了几天，瞿秋白等人到武阳山上的武阳区苏维埃政府驻地与周月林会合。瞿秋白出发时，中央分局已经收到了党中央在遵义召开政治局扩大会议的电报。瞿秋白把这个消息告诉了周月林。周月林说：“瞿秋白在把这一消息告诉我时，显得十分兴奋。他激动地说，毛主席是我们中央的领导人啦！”
二月的闽西，春寒料峭，夜里行路是相当艰苦的。瞿秋白身患严重的肺结核，常常咯血不止。有时实在疲乏不堪了，他就倚坐在路旁石头上休息一会儿。何叔衡年逾六十，行动比较缓慢。张亮（项英的妻子）怀孕六个多月，且是小脚，行走不便。按照中央分局书记项英的决定，瞿秋白、何叔衡、张亮等老弱病残的同志，由时任中共中央主席团成员、妇女部长的周月林率领，在一个护送队的护送下，向赣粤交界地区转移。
瞿秋白一行从武阳山出发走了一二天，到了福建省委驻地长汀四都山上，见到了省委负责人万永诚。省委已接到中央分局的电报，准备派人护送瞿秋白一行人出境。他们一起想出几种安全突围的办法。过了几天，万永诚拿来几只假面罩，按照第二个方案行事，即将瞿秋白等人乔装成红军的俘虏，为防外人认出，每人戴上不同颜色的面罩，由战士“押送”着，趁机突围。这样，即使遇见密探，也认不出是谁。没有更好的办法，瞿秋白表示同意。福建省委组织了护送队。周月林回忆：“现在有的文章讲护送队由二百多人组成。事实上没有这么多人，只一个连，不到一百人。”“约在二月二十日左右，我们从四都山出发，向永定方向进发。一路上，装出押送犯人的样子。一部分战士在前面开路，—部分战士在后头保卫，我们五个人在中间，戴着假面罩，每人后面有两个战士跟着。经过村子时，因队伍中有几个戴假面罩的，村民觉得很新奇，围观的人很多。我看这个行动方案并不好，更加显眼，惹人注意。”
为了避开敌人，瞿秋白一行人走的尽是山路。出发之前，省委还找了个年轻妇女做向导。带病的瞿秋白和年迈的何叔衡和大家—起在盘旋的山间小路上一个挨一个地走着，谁也不敢落后一步。何叔衡的心情比较坦然，有时也谈点别的事。他幽默地对瞿秋白说：“这是蛇走的路，也是你们文人作诗写文的好材料。”听说这是“蛇走的路”，周月林新奇地问何老“怎么会知道的”。何老回答说：“你看这弯弯曲曲的小路不像长蛇一样吗？”瞿秋白的心情显得沉重些，也比大家考虑得多，他看了一下周围的环境对何老说：“过去这_带都是我们的地方，往来都很安全，现在却成了敌人的了。路上的危险性是不小的。”
约在离开四都的第三天晚上，瞿秋白一行到了水口附近，必须从这里东渡汀江。半夜过后，瞿秋白等人甩掉了假面罩，相继过河。2月26日拂晓，他们到达长汀县濯田区水口镇小迳村附近。大家走累了，饥肠辘辘，就在这里休息吃饭，准备下午再走。但没想到这个决定，酿成了严重的后果。就在他们刚坐定时，突然遭到敌人的围击。护送队的战士们拼力抵抗，一面掩护，一面催促瞿秋白等人赶快上山。后面的敌人尾追不放，向山上紧逼。护送的战士向敌人射击，掩护他们从后山突围。大家双手抱着头，不顾一切地冒险从后山滚了下去。下山后，周月林往前走了一段路，为已脱离危险而暗暗庆幸。但她突然发现瞿秋白、何叔衡还没有跟上来，他们掉队了。周月林赶忙返身回去，边走边四处寻找，心里十分焦急，担心他俩已落敌手或遭不测。终于，周月林看到瞿秋白一个人艰难地走着。周月林回忆说：“一见到瞿秋白，我好像一块石头落了地，他一见到我，也高兴得不得了，连声叫我阿妹（他以前一直叫我月林，打这以后就叫我阿妹，显得十分亲热。）好好好，你来了，我心里正急得不得了。”后来，周月林又找到了张亮。但令人痛心的是，年老体弱的何叔衡滚落时掉进一个山洼里，被敌人发现后枪杀。
周月林三人穿过一片桦树林，隐藏在一间塌了顶的土屋里。周月林对瞿秋白和张亮说：“你俩走不动了，让我出去侦察。千万别出声，有事轻轻拍一下手。”她蹑手蹑脚，潜入了茂密的草丛里，仔细地观察山上山下的动静。一会儿，瞿秋白和张亮也先后走过来。瞿秋白虚弱无力，立脚不稳，摔了一跤，正巧撞在身旁的小树上。小树剧烈地晃动惊动了刚登上山顶的敌人，于是立即冲下山包围了草丛，三个人不幸被俘。敌营长马上派了几个士兵，将他们押往水田镇。敌人见瞿秋白等人病的病，怀孕的怀孕，并没有太注意他们。再加上急于“清剿”其它红军队伍，所以当晚都没有审讯。就这样，瞿秋白他们趁着这个机会，偷偷商量如何应付敌人的审讯。
瞿秋白要求周月林一口咬定叫陈秀英，是被红军抓去的护士；让张亮改名为周莲玉，佯装是香菇商行的老板娘；而他自己则叫林琪祥，原系上海大学学生，后至同济大学学医，因为有病去上杭疗养，途中被红军抓去。翌日，敌营长审讯时，没有从三人的口供中发现破绽，便将他们押往上杭县保安14团团部。周月林和张亮被关在一起，瞿秋白与同时被俘的红军战士关在一起。敌人又审讯了几次，口供依然，便信以为真了。3月9日，瞿秋白以“林琪祥”的名字写信，通过周建人转给鲁迅、杨之华，请他们设法营救。
敌人派多人劝降，翟秋白大义凛然
瞿秋白等人被俘不久，情况突然恶化。4月10日，福建省委书记万永诚在武平县大禾梅子坝被敌重兵包围，激战中不幸牺牲。万永诚的妻子被国民党第八师俘获，在严刑逼供时，这个女人供出了瞿秋白三人被俘的事。被重赏通缉了11年的瞿秋白终于“落网”，这对国民党无疑是个天大的喜讯。八师师长陶峙岳立即报告了国民党驻闽绥靖公署主任、东路军总指挥蒋鼎文。蒋鼎文觉得事关重大，马上电令驻长汀县的国民党第36师师长宋希濂和驻龙岩的第二绥靖区司令李默庵，要他们查明后立即上报。
保安团14团团长钟绍葵很快从被俘人员中找到文质彬彬的瞿秋白和仅有的两位女性周月林、张亮。钟绍葵抓获了瞿秋白等“中共要犯”，急于邀功请赏，于4月下旬，先将瞿秋白押往长汀，交给原本相识瞿秋白的宋希濂，再将周月林和张亮两人，一起押在龙岩。周月林和张亮始终守口如瓶，没有供出瞿秋白的情况。最后，国民党当局以“共匪顽固分子”的罪名，分别判处她俩各10年徒刑。直到1937年国共合作抗日形势转变，才幸运地在周恩来、董必武等人的努力奔走下，被国民党释放。
瞿秋白则经受了敌人的刑讯逼供、软禁厚待等各种诱降招数，但他始终没有给敌人任何他们想要的东西。长期监禁不能战胜瞿秋白的坚强意志，这一点，敌人是看到了。但是，这样一位声望卓著、中外闻名、受到人民爱戴的人物，对敌人还是具有诱惑力的。而且，他们估计瞿秋白无论如何坚强，到了这身陷囹圄，山穷水尽的时候，也会软化屈膝的。在瞿秋白身份被认明后，军统特务机关即奉蒋介石之命，电令军统在闽西的部属协助三十六师军法处审讯瞿秋白。随后，又从南京派员到长汀，诱迫瞿秋白投降，都被拒绝。
不管国民党政府派来什么样的官位居高、巧舌如簧的说客，瞿秋白都慷慨陈辞，说得满室敌特失色动颜，无话可答。当晚，三十六师为王杰夫等说客们饯行。席间，王杰夫哀叹地说：“我们不能做到使瞿秋白为我们所用，这就说明我们工作的失败。”三十六师师长宋希濂说：“我们做了不知多少倍工作，南京军委会也派了专员来，他们办理这样的案子很有经验，结果也是无功而返。”又说：“要瞿秋白为我们国民党所用，实在等于作梦。他在师部还不放弃马克思主义宣传，我们师部有些人对他看法就不正确。他多在师部一天，我就不放心一天。万一有个差错我将如何向委员长交待？”
囚禁瞿秋白的国民党师长宋希濂也不止一次前来劝降。面对这个自己昔日在上海大学教书时的学生，瞿秋白把与宋希濂的谈话变成了一次关于共产主义在中国是否行得通的辩论，而辩论最终以宋希濂的无言以对收场。就在对瞿秋白行刑的前5天，国民党还继续派员游说。他们的条件似乎颇为照顾瞿秋白的面子：不必发表反共声明和自首书，只要答应到南京政府下属机构去担任翻译即可。瞿秋白说：“人爱自己的历史，比鸟爱自己的翅膀更厉害，请勿撕破我的历史！”
国民党统治者看无论如何也不能招降瞿秋白，便恼羞成怒地宣布杀掉瞿秋白。其实，早在6月2日，蒋介石就从武昌行营给蒋鼎文发了一道密令：“龙溪绥署蒋主任：寒已法电悉。成密。瞿匪秋白即在闽就地枪决，照相呈验。中正。冬行息字印。”只是因为陈立夫遣人对瞿秋白劝降，所以拖迟了行刑的时间。王杰夫等人一走，蒋鼎文、李默庵于6月15日、16日、17日连电催促三十六师迅速执行蒋介石对瞿秋白的处决令。6月17日夜，三十六师参谋长向贤矩如往常一样来到瞿秋白的囚室。但这一次，他不是索供，也不是求诗。他是奉命把蒋介石的处决密令暗示给瞿秋白。
牺牲就义前，瞿秋白镇静地说：“今后我要大休息了。”
6月18日，是瞿秋白就义的日子。
这一天，三十六师师部兵卫严密，一派萧杀之气。早晨八点，三十六师特务连连长走进囚室，向瞿秋白出示枪决命令。瞿秋白正在伏案挥笔书写绝笔诗：“夕阳明灭乱山中，落叶寒泉听不穷。已忍伶俜十年事，心持半偈万缘空。”他镇静地说：“人生有小休息，有大休息，今后我要大休息了。”接着，他把诗写完，并附跋语，末署“秋白绝笔”字样。
宋希濂说：九时二十分左右，瞿秋白在蒋先启的陪伴下走出房间，仰面向站在堂屋里的这些军官们扫视了一下，神态自若，缓步从容地走出了大门。他坦然正其衣履，到中山公园凉亭前拍照。今天我们还可以从这幅珍贵的遗照上看到瞿秋白最后的风采。他上身着黑色中式对襟衫，下身穿白布抵膝短裤，黑线袜，黑布鞋。背着两手，昂首直立，恬淡闲静之中流露出一股庄严肃穆的气慨。
刑场是长汀西门外罗汉岭下蛇王官养济院右侧的一片草坪，距中山公园两华里多。倘是怕死的人，不要说步行两华里，就是二十米也无法走，恐怕要被人拖行的。瞿秋白手挟香烟，顾盼自如，缓缓而行。沿途唱《国际歌》，并唱《红军歌》，呼“中国共产党万岁”，“中国革命胜利万岁”，“共产主义万岁”口号。大概是多年养成的习惯，《国际歌》是他用纯熟的俄语唱的。临场监刑的伪三十六师政训处长蒋先启原是留俄学生。他清楚地听到了“英特纳雄奈尔”的歌词。到达刑场后，瞿秋白盘膝坐在草坪上，对刽子手微笑点头说：“此地很好！”随即饮弹洒血，从容就义。年仅36岁。
当日中午，宋希濂向李默庵电告：“青密。瞿匪秋白已于本日上午十时遵令执行枪决。除将该匪照片及处理经过各情另外呈报外，谨先电闻。职宋希濂叩。巧午印。”下午，瞿秋白遗骸葬于福建长汀罗汉岭盘龙岗。
瞿秋白牺牲的消息登报后，与他引为知己的鲁迅木然呆坐，低头不语。几个月后，鲁迅抱病将瞿秋白译著编纂成集。
抗战爆发后，有人向毛泽东讲述了瞿秋白殉难的经过。毛泽东曾经神色凝重、深为惋惜地感慨说：“如果他不牺牲，现在来领导延安的文艺工作多好。”