共产党员加入国民党、国共两党采取党内合作方式被共产国际认为是中国大革命唯一正确的道路。但陈独秀从一开始就反对共产党员加入国民党，1922年4月，他致信维经斯基提出了反对共产党员加入国民党的六点理由。但是在共产国际的压力下，经过1922年8月杭州西湖特别会议、1923年6月中共三大，陈独秀被迫接受了党内合作的方式。事实证明，陈独秀是有先见之明的，他为了与国民党右派进行斗争，以解除国民党对共产党的束缚，保持共产党的独立性，在共产党员加入国民党后又四次建议退出国民党。
邓泽如等国民党右派排共浪潮
1923年10月，鲍罗廷作为孙中山的政治顾问来到广州。按照联共（布）中央政治局的决定，鲍罗廷在中国工作的中心是扶助国民党，而不是帮助中国共产党发展。因此，1924年1月，在国民党一大召开前，鲍罗廷召集出席国民党一大的共产党员开会，给中国共产党今后的工作定下的基调是：“我们的总任务是从组织上扶植国民党”。中共中央总书记陈独秀对如何“扶植国民党”感到困惑，根据他对国民党的了解，要与国民党人一起工作而不引起国民党人的猜忌，不发生矛盾确实是一件很难的事情。陈独秀希望能够与国民党真诚地合作下去，为此要求加入国民党的共产党员要小心谨慎，生怕因共产党人的言行不慎而与国民党人发生纠纷。
然而，国民党内有一批人不愿意让共产党人加入国民党，对共产党人所参与的工作，要么抵制、要么横挑鼻子竖挑眼。特别是在1924年1月国民党一大后，一些反对国共合作的国民党右派逐渐聚集起来，结成团伙。如北京的石瑛，汉口的张秋白、刘成禹，上海的谢持、张继、叶楚伧，广州的邓泽如、冯自由等人，开始进行从国民党内排斥共产党人的活动，一些针对共产党人的所谓“检举案”不断被炮制出来。1924年3月，国民党右派冯自由、刘成禹等人最先制造出《警告李大钊等不得利用跨党机会以攘窃国民党党统案》，力图将共产党人排挤出国民党。从1924年春起，上海、北京、武汉、广州等地的国民党右派分子检举共产党人“违纪”事件越来越多，后来竟发展到有上百人联合署名。邓泽如等人不知通过什么关系，获取了中国社会主义青年团刊印的一些材料，自认为找到了对国民党不利的文字证据，便开始大做文章。6月18日，张继、谢持、邓泽如等以国民党中央监察委员名义向孙中山及国民党中央执行委员会提出“弹劾共产党”案，攻击共产党员加入国民党“其言论行动皆不忠实于本党，违反党义，破坏党德，确于本党之生存发展，有重大妨碍”，反对共产党员加入国民党。对此，中国共产党人进行了反击，陈独秀、恽代英等著文驳斥了他们的谬论。虽然7月7日国民党中央通过了《中国国民党关于党务宣言》，申明联共之原则，但并没有遏制国民党内排共浪潮。到1924年8月提案已达20多件，署名的国民党员达到2000多人。
陈独秀已经十分清楚地看到，国民党内大部分党员都不希望共产党人留在国民党内，这使得陈独秀感到十分为难。如果共产党提出退出国民党，就违反了共产国际的指示，如果容忍国民党的排共浪潮发展下去，共产党员就很难在国民党内开展工作，也谈不到保持独立性。于是，陈独秀对党内合作产生怀疑，认为党内合作关系无法坚持下去。1924年7月13日，陈独秀写信给维经斯基，报告了国民党中央执行委员会将在8月召开会议的消息，提出：“我们认为，对国民党的支持不能沿用以前的形式，我们应该有选择地采取行动。这就是说，我们不应该没有任何条件和限制地支持国民党，而只支持左派所掌握的某些活动方式，否则，我们就是在帮助我们的敌人，为自己收买反对派。”陈独秀的意思很明确，就是说既然国民党已经被右派所掌握，与其使国共矛盾激化升级，不如改变国共合作方式，因此，他首次提出共产党员退出国民党，将党内合作改为党外联合。
1924年7月，在得知陈独秀因为国民党内排共浪潮压力过大，提出要改变国共合作方式后，鲍罗廷十分不安。他绝对不同意改变国共合作方式，因为国共合作方式的改变，意味着他在中国工作的失败，意味着违背斯大林要他全力扶持中国民族主义运动的指示。所以，他决定利用自己的影响力将身边的中共广州地委的思想统一起来。7月15日，在中共广州地委召开的会议上，鲍罗廷谈了自己对国民党的看法，对陈独秀退出国民党的主张提出了批评，最后通过了一个关于鲍罗廷报告的决议。决议反对陈独秀退出国民党的主张，指出：“会议认为，迄今为止国民党在自己的实际活动中还没有完全放弃第一次代表大会通过的行动纲领。现在还可以利用合法的方式在广大劳动群众中进行工作，以便深化国民革命运动，加强工农潮流，因此共产党人不应该退出国民党。会议认为，在准备可能退出国民党的问题上，我党实际上走上了一条不正确的道路，没有意识到自己在中国现时条件下应起的作用。”
陈独秀虽然对鲍罗廷直接操纵中共广州地委不满，但对他们的意见还是重视的，而且也考虑到国共合作刚开始起步，此时退出国民党确实为时尚早。于是，陈独秀暂时放弃了退出国民党的主张，确定了与国民党右派进行斗争的策略。7月21日，中共中央发出《中央通告第十五号》，就同国民党右派的斗争作出指示，陈独秀也在《向导》发表文章，斥责国民党右派破坏国共合作的行径。
戴季陶主义的出现和廖仲恺被害
1925年3月12日，孙中山在北京逝世。中共中央立即作出反应，3月15日，中共中央执行委员会致唁国民党中央执行委员会，对孙中山逝世表示哀悼，同一天还发表了《为孙中山之死告中国民众》，表示中国共产党对于国民党及其领导的民族解放运动，仍然给予支持。但是，自孙中山逝世后，国民党右派排共反共情绪日益高涨，国共关系再次面临严重考验。
1925年春，国民党右派理论家戴季陶在北京、上海等地发表演说，反对“阶级斗争”，反对国共合作。5月，戴季陶发表了《民生哲学系统表》，6月，又发表了《孙文主义之哲学的基础》、《国民革命与中国国民党》等小册子，攻击马克思主义，强调团体的独占性、排他性，提出参加国民党的共产党员必须放弃共产主义，“把三民主义认为唯一理论，把国民党认为唯一救国的政党”，去做一个单纯的国民党员，否则共产党就应退出国民党。小册子公开发行后，国民党右派拍手叫好，戴季陶主义也成为指导国民党右派反共的纲领。1925年8月，国民党右派在广州暗杀了坚决执行三大政策的国民党左派领袖廖仲恺，更进一步加剧了国民党右派的反共气焰。戴季陶主义的出现以及廖仲恺被害表明，国民党右派不仅在理论和组织上反对共产党，而且还企图消灭国民党左派。
形势的急剧变化使陈独秀感到巨大压力，为了研究对国民党的政策问题，陈独秀决定召开中央全会。1925年9月底至10月初，中共中央在北京召开了第四届中央执行委员会第二次扩大会议，陈独秀作了中央局报告，他在会上检讨了中央在认识国民党派别上的失误，对国民党左派、右派、反动派做出了新的界定，会议确定了对国民党的政策。在政治决议案委员会讨论国共合作问题时，陈独秀提议共产党员退出国民党。他说：“戴季陶的小册子不是他个人的偶然的事，乃是资产阶级希图巩固自己阶级的努力，以控制无产阶级而走向反动的表现，我们应该即时退出国民党而独立，始能保持自己的政治面目，领导群众，而不为国民党政策所牵制。”陈独秀的提议遭到共产国际代表维经斯基和中共中央其他负责同志的一致反对，陈独秀在会上也没能坚持自己的意见，退出国民党的建议被会议否决了。陈独秀虽然没有实现退出国民党的目的，但他继续领导了反击国民党右派的斗争。1925年10月，在陈独秀主持下中共中央在北京召开执行委员会扩大会议，专门讨论对戴季陶主义的认识问题。11月25日，中共中央发出《中央通告第六十五号》，要求全体党员同国民党右派进行斗争。陈独秀还在《向导》发表了《给戴季陶的一封信》，对戴季陶攻击共产党的言论进行批驳，沉重打击了国民党右派势力。 回击“中山舰事件”和“整理党务案”
1925年11月，国民党右派分子谢持、邹鲁等人在北京西山碧云寺召开非法的国民党一届四中全会，通过《取消共产党在国民党中之党籍》等决议，诬陷共产党加入国民党的动机是“实图利用本党”，“发展共产党党势”，是“用寄生政策投入本党而又来推翻本党”，主张“清党反共”。陈独秀对西山会议派采取坚决斗争的方针，在陈独秀等共产党人的坚决要求下，国民党二大通过了《弹劾西山会议决议案》，宣布西山会议为违法，给西山会议派分子以不同的处分，打击了国民党右派分子。
然而，1926年3月20日，国民党新右派蒋介石突然宣布在广州实行紧急戒严，并派兵逮捕李之龙，监视和软禁大批共产党人，解除省港罢工委员会工人纠察队的武装，包围苏联领事馆，监视苏联顾问，制造了旨在打击中国共产党、反对苏俄及共产国际的“中山舰事件”。事件发生,Fa，毛泽东、周恩来、陈延年等共产党人主张对蒋介石坚决反击。在一片讨蒋声中，在广州的联共（布）中央政治局使团领导入布勃诺夫，深谙斯大林中国政策的核心，他知道如果事件处理不当，就可能导致国共关系破裂，斯大林的中国政策就会彻底破产，还会进一步影响到苏联在远东的利益。因此，他对事件总的指导思想是：“我们应当设法以自己受点损失和做出一定牺牲来挽回失去的信任和恢复以前的局面”，主张对蒋介石妥协让步，以维持国共合作。正由于布勃诺夫的退让，才使蒋介石轻而易举地达到了目的。3月底，布勃诺夫一行回国途中在上海停留时，陈独秀才从布勃诺夫的谈话中得以了解“中山舰事件”的有关情况，受布勃诺夫影响，陈独秀相信事件是孙文主义学会分子制造的，蒋介石只是上了他们的当。4月中旬，陈独秀收到陈延年关于“中山舰事件”的详细报告后，改变了以退让求团结的态度，在他的主持下，中共中央做出了反击蒋介石的决定．并派彭述之赴广州与鲍罗廷共同商讨实现计划的步骤，但由于鲍罗廷的反对，计划未能实施。
“中山舰事件”后，国民党右派分子的活动更加猖獗，国共关系再次面临严峻考验。面对种种矛盾和困难，陈独秀在给共产国际的报告中，陈述“个人的意见，主张由党内合作改为党外联盟，否则其势必不能执行自己的独立政策，获得民众的信任。”但陈独秀自己也清楚，究竟什么时候与国民党分手，不是他说了算的事，这还需要共产国际和斯大林的允许才行。
“中山舰事件”发生时，当时以塔斯社驻华记者身份在华活动的联共（布）党员穆辛于4月24日拟就一份《关于中共在广州的任务的提纲》，提纲的主旨是：蒋介石是国民党左派，一切对国民党左派团结不利的因素都应该排除，该提纲很快上报联共（布）中央。穆辛的提纲使联共（布）领导人感到了国共问题的复杂性，4月29日，联共（布）中央政治局会议就国共关系问题作出决议：国共破裂问题具有头等重要的政治意义，这种破裂是绝对不允许的，“必须实行让共产党留在国民党内的方针”。根据共产国际的电令，4月30日鲍罗廷与蒋介石会商了国共关系问题，蒋介石乘机提出整理党务，并限制共产党在国民党内活动的种种无理要求。鲍罗廷在未征求中共中央和陈独秀意见的情况下，对蒋介石的无理要求一一答应。对此，蒋介石感到满意。在广州的张国焘回忆说：“一切重要政治问题，都由蒋介石、张静江和鲍罗廷三巨头秘密会商进行。”
在中共中央和陈独秀对“整理党务案”一无所知的情况下，1926年5月15日，国民党二届二中全会在广州召开，会上蒋介石按照会前与鲍罗廷达成的协议，以“改善中国共产党与国民党的关系”为幌子，提出了全面限制中国共产党在国民党内活动的“整理党务案”。这一反共提案当然遭到与会中共大多数同志的反对，鲍罗廷却力劝中共代表张国焘、彭述之及中共广东区委负责人谭平山采取妥协态度。由于鲍罗廷的操纵，最终蒋介石整理党务办法被参加会议的中共代表及广东区委所接受。5月25日，国民党农民部长共产党员林祖涵、组织部长谭平山、宣传部代部长毛泽东被迫辞去他们的职务。在国民党二届二中全会闭幕后，在上海的陈独秀才了解到“整理党务案”的具体内容，他十分气愤，于1926年6月4日发表了《给蒋介石的一封信》，对蒋介石的阴谋进行揭露和批驳。同一天，中共中央在《向导》刊登了《中国共产党为时局及与国民党联合战线问题致中国国民党书》，公开表示不承认“整理党务案”，明确表示可能会改变国共两党目前的合作方式，称“本党与贵党合作之政策早经明白确定，盖此即联合战线之具体表现也，唯是合作之方式，或为党内合作，或为党外合作，原无固定之必要。”
陈独秀退出国民党的主张遭到共产国际和联共（布）中央坚决拒绝。鲍罗廷的意见是“原则上不退出，但必须以退出相威吓”，他认为蒋介石提出的条件是要限制共产党，目前蒋介石并不是要共产党退出，他还需要苏联援助以进行北伐。共产国际和联共（布）中央政治局召开了临时会议，会议认为：国共两党可能分离的问题，在紧急情况下可以考虑，但现在脱离国民党则完全不是希望发生的事。共产国际书记处书记布哈林在《真理报》上发表文章严厉批评中国共产党人有退出国民党的意见。为阻止中国共产党退出国民党，1926年6月，共产国际派维经斯基来华，主要是纠正陈独秀等人退出国民党的想法。
1926年7月12日至18日，中共中央在上海召开第四届中央执行委员会第三次扩大会议，着重讨论了国共关系问题。在会上，陈独秀与彭述之联合提出退出国民党的提案，他们认为：“只有摆脱国民党对中国共产党的控制，我们才能执行一项真正独立的领导工农的政策。”但是，提案没有得到通过。在维经斯基指导下，会议对陈独秀和彭述之进行了批评，指出：“如果有些同志认为共产党应当与国民党完全脱离组织上的关系，现在就要消灭这一各阶级联盟的政党，以为共产党已经就能独自领着无产阶级，使其他被压迫民众跟着他，来完成资产阶级的民权革命，那么，这种观点是完全不对的，完全看错了中国民族解放革命的远景。主张现在就与国民党脱离组织关系而仅仅和他合作的理由，其实和国民党右派及新右派要求共产派退出国民党的理由是一样的。”7月27日，维经斯基给共产国际执委会发去电报，汇报了会议的有关情况，他说，可能导致从组织上脱离国民党的极少数人的立场在会上受到了谴责，会议决定“留在国民党内，不监护左派，也不取代左派。”就这样，陈独秀退出国民党的要求再一次被否决。
反击蒋介石发动的反革命政变
1926年7月9日，国民革命军正式出师北伐，到1926年底，已控制了除江苏、浙江、安徽以外的南方各省。随着北伐的进行和军事实力的增强，蒋介石更加有恃无恐，决心同鲍罗廷和共产党决裂。1927年2月21日，蒋介石在南昌总部第十次纪念周上发表讲话，对共产党大肆攻击，宣布他要制裁“越轨的”共产党人。对蒋介石在南昌演讲中对共产党人的种种指责，陈独秀感到很是不平。为此，陈独秀起草了《中国共产党致中国国民党书》一文，对蒋介石表示不满。但斯大林和共产国际对蒋介石仍抱有幻想，希望他能够回心转意，至于国共关系，也认为有继续维持的必要。3月10日，联共（布）中央政治局会议给鲍罗廷、中共中央发来指示，认为“国民党和中国共产党绝对需要密切合作”。然而，一切善良的愿望和举措都无法将蒋介石从反革命的道路上拉回来，蒋介石已决心向共产党人开刀了。陈独秀对蒋介石叛变革命的行为有所警惕，3月25日，他召集了一次特委会议，阐述了准备与蒋介石进行斗争的思想，他还派彭述之去武汉向共产国际代表和中共中央委员提议攻打蒋介石，但没有得到回应，反而催促陈独秀去武汉解决问题。3月28日，联共（布）中央政治局给中共中央发来指示，告诫陈独秀“请你们务必千方百计避免与上海国民军及其长官发生冲突。”这使陈独秀左右为难，就在陈独秀犹豫不决之际，蒋介石加快了反共步伐。
1927年4月12日，蒋介石在上海发动“四一二”反革命政变，开始“清党”并屠杀大批共产党人和革命群众。随后，广东、广西、江苏、浙江、福建、四川等省的国民党右派也相继举行反共政变。4月，陈独秀应催促来到武汉，在政治局会议上他说：我们和国民党的关系只有两条道路，不是我们放弃领导权，便是我们同他们决裂。但会议对他的意见默不作声。急剧变化的形势使陈独秀意识到中共五大必需紧急召开，以商讨挽救危局的办法。1927年4月27日至5月9日，中共五大在汉口召开，会上许多代表对中央妥协退让政策不满，进而批评了中央的错误，陈独秀迫于压力，怀着委屈和难言之隐，在会上作了自我批评，但会议并没有解决国共关系问题。5月，隶属武汉国民政府的夏斗寅、许克祥部发动反共政变。陈独秀又在政治局会议上两次建议退出国民党，最后一次他说：“武汉国民党已经跟着蒋介石走了，我们若不改变政策，也同样要走上蒋介石的道路。”当时只有两个人有反应，任弼时说：“是的呀。”周恩来说：“退出国民党后，工农运动是方便得多，可是军事运动大受损失了。”其余的人仍然默不作声。陈独秀同瞿秋白单独谈这个问题，瞿秋白回答说：“宁可让国民党开除我们，不可自己退出。”陈独秀又同鲍罗廷单独谈这个问题，鲍罗廷回答说：“你这个意见，我很赞成，但我知道莫斯科必不容许。”陈独秀又只好屈从了。
1927年5月18日至30日，共产国际为挽救中国革命，召开了共产国际执委会第八次全会讨论中国问题。斯大林和布哈林都认为，共产党之所以不能退出国民党，是因为共产党还没有达到能够单独领导中国资产阶级民主革命的程度，在目前还必须依靠国民党。斯大林还提出了“中国革命的国民党阶段”的概念，这意味着在整个资产阶级民主革命阶段，共产党必须同国民党保持党内合作。在此期间，是由共同参加一个革命联盟的两个政党共同领导革命，一直到资产阶级民主革命接近完全胜利的时候，即是到了“准备中国的十月革命的时期”，共产党人才应当“退出国民党”，而“成为中国新的革命的唯一领导者”。会议通过了关于中国问题的决议，决议认为，国民党的旗帜，即民族解放斗争的旗帜，决不能拱手让给这个斗争的背叛者，因此，应“坚决反对退出国民党”或“那种实质上必然导致退出国民党的立场”，现在提出“暂时不必退出国民党”的口号，同提出退出国民党的口号同样愚蠢。
5月末，鉴于中国革命的危机局势，共产国际执委会给中国共产党发来了五月紧急指示。6月7日，陈独秀在中共中央政治局会议上谈了对五月紧急指示的看法，他说：五月指示表明，莫斯科不了解中国的实际情况，然后，他逐条说明了无法执行紧急指示的理由。6月15日，陈独秀回电：“你们的指示是正确而重要的，我们表示完全同意；中国共产党设法要建立民主专政，但在短期内不可能实现。”实际上是拒绝了共产国际的五月来信。至此，国共党内合作已走到尽头，6月27日，中共中央政治局召开紧急会议，陈独秀在会上再次提出退出国民党，并征求鲍罗廷的意见。由于得不到多数人的支持，鲍罗廷也不赞同，退出国民党之说就销声匿迹了。既然不能退出国民党、与国民党分裂，那么共产党就只有继续退让了。7月3日，在鲍罗廷指导下，中共中央通过了《对国民党关系方面的退却纲领》，再次强调：“共产党人必须留在国民党内，帮助国民党在三项原则的基础上重新组织革命。”为推卸大革命失败的责任，斯大林和共产国际将所有过错全都推到了陈独秀和中共中央身上。7月8日，联共（布）中央政治局紧急会议通过了两项给中国共产党的指示，一是“共产党人必须示威性地退出国民政府”，但“退出国民政府不等于退出国民党”；二是中国共产党应秘密召开紧急会议，纠正党的领导所犯的错误。1927年7月12日，根据联共（布）中央指示，鲍罗廷向中共中央提议：陈独秀、谭平山去莫斯科与共产国际讨论中国问题，指定张国焘、张太雷、李维汉、李立三、周恩来组成临时中央常务委员会。此时，陈独秀感到无法工作下去，遂向党中央提出辞职，他在辞呈中说：“国际一面要我们执行自己的政策，一面又不许我们退出国民党，实在没有出路，我实在不能工作。”就这样，陈独秀离开了党的领导岗位，他要求共产党员退出国民党的意愿始终也没有实现。