在中国近代史上，蔡元培的名字是与北京大学联系在一起的。从1917年到1927年，蔡元培担任北京大学校长。这10年是蔡元培72年人生岁月中最辉煌的时期，他革新北大，开“学术”与“自由”之风，他主政的北京大学成为当时许多有为青年的梦想之地。
作为教育家的蔡元培为人熟知，但1936年9月22日，毛泽东在《致蔡元培》书中，却盛赞蔡元培是“光复会同盟会之民族领袖”。难道蔡元培还有我们不知的一面？
选择了一条教育救国的道路
1868年11月1日，蔡元培出生在浙江绍兴的笔飞巷。传说书圣王羲之也曾在这条巷子里居住过，因为有一次王羲之被人骗走了一副字，气恼之下将心爱的飞狐笔愤愤地掷在书案上，飞狐笔从案上跳起，穿破窗户，在巷中飞行了很长一段路，此后这条巷子就被称作“笔飞巷”了。所以，如果真的像传说中的那样，蔡元培与东晋的王羲之可算得上是“邻居”了。在这种深厚文化氛围中长大的蔡元培，有着古代中国知识分子的品行，即“忠孝仁义”。蔡元培11岁时，父亲去世，蔡元培的母亲周氏一个人拉扯三个孩子度日。蔡元培19岁时，母亲胃病加剧，服药很久也不见好转。蔡元培听说割臂肉入药，可以让母亲延寿12年，于是就瞒着家人，把自己左臂上的一小片肉割下来，为母亲做药疗病。
青少年时期的蔡元培十分酷爱读书，23岁时，他参加浙江乡试，中举人，24岁时赴北京会试，中进士，未及参加殿试。1892年春，再次晋京补行殿试，被录取为第二甲第三十四名进士，授翰林院庶吉士。同治皇帝、光绪皇帝的老师翁同稣曾对蔡元培的学问赞叹道：“蔡元培乃庚寅贡士，年少通经，文极古藻，隽材也。”1894年，蔡元培在北京应散馆考试，由庶吉士升补翰林院编修。
1889年蔡元培与王昭结婚，1896年11月，蔡元培的大儿子阿根在绍兴出生。在翰林院供职期间，二儿子“无忌”在北京出生。此时的蔡元培可谓是功成名就，家庭美满。他完全可以在仕途上飞黄腾达，但蔡元培并没有沿着这条路走下去。
1894年春，朝鲜爆发了东学党农民起义。6月初，朝鲜国王请求清政府派兵到朝鲜，帮助镇压起义。日本也趁机派兵在朝鲜。不久，朝鲜农民起义平息。清政府建议中日两国军队同时撤离朝鲜。然而，日本政府却继续增兵，人数远远超过清军。7月，日军占领朝鲜王宫，俘虏国王，扶植傀儡政权，并驱逐在朝清军。7月25日，日本海军突然向清军发起袭击，8月初，清政府被迫对日宣战，这就是近现代史上的中日甲午战争。战争的结果是清朝的北洋水师全军覆没，李鸿章代表清政府与日本签订了丧权辱国的《马关条约》，对日的巨额赔款和大片土地的割让，令举国上下震骇不已。
从甲午战争开始，蔡元培就非常关心战事的进展。当时朝野上下有主战、主和两派，蔡元培积极声援主战派，打击投降派，他与翰林院中一批有识之士聚集在一起共商良策，他还亲自执笔撰写了《与文廷武等奏请密联英德以御倭人折》的奏章。《马关条约》签订后，蔡元培极为悲愤，在其4月30日《日记》记述到：“一至于此，可为痛哭流涕长太息者也！”
《马关条约》的签订，深深刺痛了一批忧国忧民的中国知识分子。他们不能接受，泱泱大国竟败在一个曾事事效法我们，赢弱、落后的日本小国手里。当时中国的先进知识分子经过反思后，一致认为：中国之积弊首在政治体制上，它不仅不及西方各国，而且赶不上明治维新之后的日本。至于怎么去解决中国这些问题，当时最有代表性的是：以孙中山为代表的主张走革命的道路；以康有为、梁启超为代表的主张走改良主义的道路。而蔡元培当时更支持康有为、梁启超倡导的中国走改良主义的道路。1898年1月，康有为向光绪皇帝上书，提出变法的主张，光绪帝被康有为的言辞所震动，下令康有为等筹划变法。同年6月11日，光绪帝下“明国是诏”宣布变法。但是好景不长，变法很快就以失败告终。
虽然支持“戊戌变法”的行为，但是蔡元培并没有投身到这场运动中去。那段时间，他都是在自己的书斋中度过的。蔡元培所读的书，大多数是西方书籍的中文译本或曰文书籍，他想要从这些书中寻找到使中国富强起来的“药方”。对此，蔡元培曾说：“西方书价昂贵，其要者日本皆有译本，通日文即可博览西方书籍。且西文（英、法、德等文），非三五年不能通，日文则可以半年为限，较简易也。”从1898年3月起，蔡元培开始学习日文。通过阅读、思考，蔡元培认为：“康党所以失败，由于不先培养革新之人才，而欲以少数人弋取政权，排斥顽旧，不能不情见势绌。”（《蔡元培自传》，见《蔡元培学术文化随笔》中国青年出版社1996年7月第1版，第282页）由此可见，蔡元培并不看好康、梁选择的通过变法维新达到强国的做法。经过深入思考后，蔡元培实际上选择了通过教育树人达到强国的道路。1898年9月，蔡元培携眷出京，经上海、杭州，返抵家乡绍兴，结束了他4年半的翰林生涯。当时，绍兴有不少人造谣说蔡元培是康梁同党，蔡元培是回乡避难的。蔡元培对自己回乡的原因曾做出过明确的解释，就是“北京政府，无可希望。故抛弃京职，而愿委身于教育云。”
教育与革命之间的徘徊
随着西学东渐之风兴起，绍兴也新办起了一所中西学堂，其创办人是蔡元培的故交徐树兰。徐树兰考中过举人，担任过知府，后因母亲病故而回归故里，不再入仕为官。起初，他致力于地方公益事业，曾遨蔡元培在他家校订书籍。而这所中西学堂是用公款设立的，徐树兰兼任校董。长久以来，徐树兰非常欣赏蔡元培深厚的国学功底，所以蔡元培一回到绍兴就被徐延聘到学堂作监督，监督也就是今天的校长一职，蔡元培也希望在这一方热土上大展教育宏图，培养出一批又一批的英才，但后来的结果让蔡元培非常失望。
绍兴中西学堂的规模不算很大，属于新式学校，学校依据学生的学习程度分为三斋，这三斋相当于后来的小学、初中和高中。课程开设有旧学和西学，但大部分属文科，如中国文学、经书及各种历史；西学主要是外语及自然科学。蔡元培任校长后，进行了一些改革，增开了日语课程。但是，当时的中西学堂表面是新式学校，其内部新旧之争十分激烈。学堂的教员也明显分为新旧两派，新派教员提倡民权、女权，宣传物竞天择的进化论思想；旧派教员宣传的依然是尊君卑民、重男轻女的思想。新派教员人多，加上又有蔡元培的支持，声势超过了旧派。一些教员就向校董徐树兰打小报告，进谗言，要求将蔡元培赶出学堂。徐树兰受到蛊惑，时常教训蔡元培。最终，蔡元培忍无可忍，在中西学堂任职不满一年就被迫辞职。
从绍兴中西学堂辞职后不久，绍兴附近的嵊县剡山书院聘请蔡元培去作院长。这所书院是一所旧式学校，蔡元培应聘后，开始充实新学，对书院进行改革。这期间，蔡元培多次作演讲，大力提倡科学，号召学生根据个人的兴趣爱好选择研究方向。蔡元培在书院任职不到一年，就因办学经费困难、改革难以进行而再次辞职。此后，蔡元培曾与人去临安、余杭等地为绍兴的侨农创立了一所小学，后又筹划在杭州将某旧式书院改为师范学校，皆因遭到旧势力的阻挠，没能成功。
1901年8月，蔡元培应聘为上海南洋公学特班总教习，南洋公学即今天上海交通大学的前身。清末民初，江苏、浙江、福建、广东等沿海各省统称为“南洋”，学校因办在上海故称“南洋公学”。南洋公学创办于1896年12月，由清大理寺少卿盛宣怀奏请获准设立。由盛宣怀掌控下的招商、电报两局岁捐银十万两为经费，于1897年4月8日开学，公学分为师范、外院（相当于附属小学）、中院（中学）、上院（大学），1901年又增设特班。蔡元培任南洋公学特班总教习期间，除了教课，还负责管理学生，他根据特班的章程，开设了政治、法律、外交、财政、教育、经济、哲学、文学、伦理及各门自然科学，学生可自选一、二门。蔡元培要求学生每天写读书札记交给他批改，每月做命题作文一篇。他还经常召两三学生谈话，交流学习心得及对时事的感想。全班学生42人，都可轮到。学员黄炎培对此曾回忆说：“入室则图书满架，吾师长日伏案于其间，无疾言，无愠色，无倦容，皆大悦服”。蔡元培还利用课余时间教学生如何自学国文，还要求学生学说普通话。蔡元培十分注重对学生进行爱国主义教育，提倡民权说，启发学生关心国家大事，增强学生的民主意识。
南洋公学虽然是一所新式学校，其内部也存在激烈的新旧之争，旧派不仅在教学方面守旧，在管理方面也使用一套旧的规矩，遭到学生的抵制。在蔡元培没有来南洋公学前，教员吴稚晖曾因支持学生成立卫学会，要求师生同理校务，而与校方发生冲突，结果学校开除了十余名学生，吴也愤而辞职。此后，旧派人物的气焰更加嚣张，中院第三班的教习郭振瀛禁止学生阅读一切新书，压制学生思想言论自由，他经常在课堂上向学生宣扬《东华录》中清“圣祖”“武功”之类的陈腐内容，学生对此十分不满。
1902年11月14日，旧派教员郭振瀛上课时，发现自己的座位上有一只洗净的墨水瓶，认为这是学生有意捉弄他，大发雷霆，臭骂学生。为了惩戒学生，学校未经查明就开除了无辜的学生伍正钧，引起了其所在班全班学生的反对。经过与校长申辩、力争，全班学生集体退学以示抗议。校长居然宣布开除全班学生，引起了全校学生的公愤。学生们自行推出代表，请求校方收回成命，校长不允。一时间，全校罢课，学生找公学总办交涉，并直接到盛宣怀处请愿。在请愿无效的情况下，决定全体退学。
此时的蔡元培受公学美国督办的指派与学生进行对话，蔡元培十分同情学生，他不愿意看到学生在学无所成的情况下，就离校各奔东西。他一方面劝学生给他点时间与当局进行力争，另一方面蔡元培劝说学生不要散去，大家一起组织一个学校，完成各自的学业。经蔡元培的耐心说服，学生同意暂缓行动，于是，蔡元培前去拜见公学督办盛宣怀，而盛却以“别有要事”推辞不见，蔡元培几经交涉后，仍无成效。于是，全体学生打好行装，集体来到大操场，等候最后的答复。到了答复时间，学生仍然不见回音。于是，全校学生就以班级为序，高呼“祖国万岁”的口号，秩序井然地走出了南洋公学，最后统计共有145名学生退学。蔡元培也对学校的做法失望之极，就在学生退学的同时，也向学校辞了职。
受维新思潮的影响，全国各大中城市纷纷办起新式学堂，但在实际办学中却遇到了许许多多的问题，其中，教材短缺是最棘手的问题。为解决这个问题，1902年4月15日，蔡元培与上海教育界中一些有影响的人物在上海发起成立了中国教育会。中国教育会成立后，设立了教育、出版、实业三个部，编印教科书，出版教育报，兼办工厂、企业、公司等。当然，创办中国教育会还有更深一层的目的，就是通过教育，使青年人走上革命的道路。中国教育会的章程中明确该会的宗旨是：“以教育中国男女青年，开发其智识而增进其国家观念，以为他日恢复国权基础为目的”。（见李新主编的《中华民国史》）
蔡元培把南洋公学墨水瓶事件集体退学的学生，带到中国教育会，为了满足学生们所提“五日之限”办起学校的要求，蔡元培千方百计地为办学募款。经过多方努力，1902年11月26日，爱国学社在上海泥城桥福源里正式开学，这样一来，退学学生就有了继续学习的机会。爱国学社建立之初，共有学员55人。学社由蔡元培担任总理，吴稚晖任学监。后来，因反清而亡命日本的章太炎回到了上海，蔡元培聘请章太炎作学社的教员。由于爱国学社的学生是因抗拒专制压迫而入爱国学社的，所以，蔡元培对他们实行社员自治，社员以“联”为单位，每“联”二三十人，由学生自由组合，凡学社大事，多由学联开会决议，再交由主持者执行。受爱国学社模式的影响，全国各地学校相继发生退学风潮，来爱国学社求学的人员日益增多。
爱国学社开办期间，主要做了两件有影响的大事：一是张园演说。张园是当时上海市中心区域的一个公园，演说活动由蔡元培、吴稚晖两人发起，他们既是主持者，也是主讲人。1903年上半年，他们举行了多次演讲和集会，爱国学社与爱国女校的学生同时参加，声势浩大。二是参与主办《苏报》。1899年《苏报》创办于上海，是当时一份宣传革命思想的进步报刊。1903年夏，《苏报》支持中国教育会和爱国学社的活动，聘请章士钊为主笔，蔡元培、章太炎为撰稿人，使该报宣传革命思想的特色更鲜明。1903年6月29日，清政府勾结上海公共租界工部局，查封了《苏报》，逮捕了章太炎、邹容等6人，吴稚晖、章士钊避走海外，蔡元培去了青岛，爱国学社也因之解散。
创建光复会
1904年秋，蔡元培与黄兴、陶成章在上海会晤，共商起义具体事宜，并议定在1904年11月16日共同起事，由黄兴负责首先在“湘鄂两省同时并举”起事，陶成章负责发动以“闽浙两省为后援”。可到了起义的时间，湘鄂方面却没有任何动静，浙江方面也不敢贸然行事，事后才知湖南起义因事机泄漏而流产。
后来，在蔡元培积极组织下，很多旅沪绍兴同乡都参加了暗杀团（暗杀团源于东京留日学生发起组织的拒俄义勇队，后改名国民教育会，因遭到清政府的压制，就由公开转入秘密活动，其主要负责人有黄兴、杨笃生等人）。为了配合长沙起义，加强浙江革命党人的联系，蔡元培等人商议，决定在暗杀团的基础上改组扩大成立一个新组织。当时还在狱中的章太炎也积极写信给蔡元培，商议创建工作。经过短时间紧张的筹备，1904年11月，光复会在上海成立，蔡元培被选为会长，陶成章为副会长，光复会以“光复汉族，还我河山，以身许国，功成身退”16个字为宗旨。1905年7月30日，中国同盟会在日本东京成立，光复会的多数成员又加入同盟会。同年10月27日，蔡元培经何海樵介绍秘密加入同盟会，不久黄兴从东京回到上海，并带来了孙中山的委任书，正式委任蔡元培为中国同盟会上海分会会长。随后，蔡元培又介绍黄炎培等人加入同盟会。这就是为什么毛泽东会在《致蔡元培》书中，称蔡元培是“光复会同盟会之民族领袖”的原因，其实这也是毛泽东对蔡元培在辛亥革命中的历史功绩的充分肯定。
1907年5月，蔡元培远赴德国留学，继续寻找他教育救国的良方。辛亥革命爆发后，蔡元培结束了在德国长达4年半的留学生涯，于1911年11月，回到上海。1912年1月，蔡元培以同盟会元老的身份，在南京出任中华民国临时政府教育总长一职。