邓小平与刘华清是在1938年相识的，长期共同战斗、工作的实践，加深了他们彼此间的了解和信任。基于此，邓小平晚年在事关民族振兴大计的关键时刻，三次大力推荐刘华清，使其进入了党和国家的最高决策层，他们相互辅助，共同为加速中国军队现代化建设、为国家繁荣稳定做出了重要的贡献。
一荐：慧眼识人——七十岁老兵再披军装
1987年11月18日上午，海军司令员刘华清刚上班即接到军委通知：到景山后街邓小平同志住处开会。此前的半个多月，中国共产党召开了十三届一中全会。会前，邓小平向党中央提出了辞去中央政治局常委、中央政治局委员、中央顾问委员会主任等职务的请求。经过慎重讨论和研究，全会最终同意了邓小平的请求，但仍然选举他为中央军事委员会主席。接到会议通知后的刘华清猜想：此次会议或许是军委班子变动后，各大单位领导汇报一下情况吧。
这是一次小型会议。参加会议的还有军委常务副主席杨尚昆、总后勤部部长洪学智等人。大家落座后，邓小平指着刘华清和洪学智问：“他们两个人的命令下了没有？”
杨尚昆回答：“下了，都已经签了。”
“老帅们看了没有？”邓小平接着问。
“正在几个老帅那里传阅。”杨尚昆说。 邓小平旋即转过头对刘华清和洪学智说：“军委决定，调你们两个来，担任军委副秘书长。”
这一年，刘华清71岁。近年来，党政军都在强调领导干部年轻化，刘清华已做好了退休的思想准备，猛然听到这个消息，大感意外。邓小平似乎察觉到了刘华清的反应，就指着刘华清对大家说：“调他来，就是抓现代化，抓装备。”邓小平还说，新一届军委班子，将由主席、副主席、秘书长、副秘书长、军委委员以及总参谋长、总政治部主任、总后勤部长、国防部长组成。接下来，杨尚昆同志汇报了部队学习中共十三大文件的情况和部分大军区、军兵种干部的调整方案。讲到军队准备实行军衔制度问题时，杨尚昆说，这涉及到很多老干部，问题很大。邓小平听后态度坚决地指出：“这个问题不能拖。步子快点，要用制度来解决，有骂娘的让他骂去。军队减100万，军费控制，是我定的。现在机关太大，要减，从三总部做起。三总部机关构成不合理，要选些军长来当部长。有些人知识少、素质差，要调整。”稍停，他又特别强调：“从现在着手，两年内找一批年轻的干部接班。美国海军太平洋舰队司令四十多岁，黑格少将四十几岁当欧洲司令。论资排辈要打破，要选十来个对象培养，要快，要讲阶梯。军队不能在老人堆里打圈子。军队要年轻。”最后，邓小平语重心长地对刘华清说：“调你到军委来工作，就是考虑到军队要搞现代化，现在全军熟悉科研装备的就你了。调你来就是抓装备，抓现代化。”
听了邓小平的讲话，刘华清十分激动。在晚年的回忆录中，他这样写道：“我是第一次参加这种高层会议，简短、务实，加之小平同志那种高屋建瓴、举重若轻的领导风采，给我留下极深印象。坦率讲，我是七十出头的人，历阅过人间万象，也指挥过干军万马，但每次见到小平同志，都会从心底产生一种难以言喻的敬畏之感。我在做好退休准备的时候，却突然被委以重任，不由得百感交集。我很清楚，在一个平稳发展的国度里，像我们这种年纪的人不应该继续占据高位。但中国情况特殊，改革开放不久，社会变化急剧。经济和政治体制都需要在摸索中不断调整，社会也需要稳定。在这种情况下，老同志的威望和经验能起到其他人无法替代的作用。我同样清楚的是：小平同志对人民军队充满无限厚爱。他在考虑军队的接班人和长远建设。今后的工作方向已经明确，我别无选择，唯有埋头苦干，鞠躬尽瘁。”
1987年11月21日，中共中央关于军委人事调整的决定正式发出：军委常务副主席杨尚昆兼任军委秘书长；洪学智、刘华清任军委副秘书长。同日，军委主席邓小平签署命令：任命济南军区政委迟浩田为总参谋长，任命北京军区政委杨白冰为总政治部主任，任命总后勤部副部长兼副政委赵南起为总后勤部部长。
就这样，刘华清在“古稀之年又换上了绿军装”。由于海军司令员人选一时没确定，他同时还负责海军的全面工作，直至翌年1月14日，副司令员张连忠任海军司令员的命令下达后，他才离开海军正式到军委上班。
调整后的军委班子，工作格局较过去有了较大改变。此前，军委副秘书长有4人，每个副秘书长具体主管一个方面的工作，这样的分工就会使副秘书长难以摆脱事务性的工作，丽调整后的班子，副秘书长只有两人，而且是专职，职责完全变了。副秘书长不再具体负责某一方面的事务性工作，主要职责就是为军委领导决策提供及时、准确的信息，以利他们能有更多的时间和精力去研究、思考全局性战略性的大问题。对此，在新军委班子调整后的首次军委会上，杨尚昆专门作了说明。他说：军委组成人员调整后，军委领导工作分两个层次，一是军委主席、副主席；一是军委秘书长、副秘书长。军委秘书长、副秘书长人数少，不分工。军委日常工作由杨尚昆、洪学智和刘华清三个人研究处理，对各总部、各军兵种起领导作用。两位副秘书长也可以主持开会，研究工作，听取各方面的意见，起协调三总部的作用。
当时，中国实行改革开放政策已近十年。军队改革工作虽取得了明显的成绩，但由于历史积累问题较多，加之受各方面条件的制约，面临的困难和问题仍然不少。谈到恢复军衔制、重新评授军衔的问题时，邓小平曾这样说过：“这是个得罪人的事情。我来得罪吧，不把这个矛盾交给新的军委主席。”“我们不解决这个问题，是交不了账的。这就是说，我们这些在部队生活了几十年的人，对部队是不好交代的。这是第一件大事。”其实何止军衔问题，体制编制调整、干部工作和人事制度改革等许多问题，处理起来都非常棘手。
刘华清了解部队实际，理解邓小平的想法。到军委工作伊始，便做了大量调查研究工作。在掌握全面情况的基础上，他与洪学智一起组织各大单位对军委《关于加快和深化军队改革的工作纲要》草案进行论证、调整，为部队深化改革、加快现代化建设步伐作出部署。随后，在邓小平等军委首长的领导下，抓了《中国人民解放军文职干部暂行条例》、《中华人民共和国中央军事委员会关于授予军队离休干部中国人民解放军功勋荣誉章的规定》、《中国人民解放军军官军衔条例（草案）》等一系列法规文件的贯彻落实，使军队干部管理工作开始走上规范化、制度化的轨道。与此同时，刘华清还按照分工，领导完成了南沙永暑礁海洋观测站建设工程；为保卫南沙，维护祖国的海洋权益，启动了西沙机场建设工程和研制飞机空中加油机工程等多项重大工作。
二荐：力排众议——唯一专职负责军委日常工作的人
1989年11月6日，中共十三届五中全会在北京召开。刘华清以中央顾问委员会委员的身份列席了会议。会议开幕的当天，全会印发了邓小平9月4日与中央政治局常委江泽民、李鹏、乔石、姚依林、宋平、李瑞环以及杨尚昆、万里等同志的谈话要点。中心内容是：邓小平主动提出辞去中央军委主席职务；提名江泽民任军委主席，杨尚昆兼副主席，刘华清任副主席，杨白冰任军委秘书长。
要点稿基本上是记录整理了邓小平的原话。邓小平说：“党要管军队，因为军队始终是党的。”“军队是党的军队，当然也是国家的军队。”“我们军队要成为一个听党的话的军队。我们的传统是军队不能搞集团，不能搞小圈子，不能权力集中在几个人身上，军队任何时候都要听中央的话，听党的话。选人也是要选听党的话的人。军队不能打自己的旗帜，所以既然变动军委主席，也要考虑军委组成人员和工作机构问题，连同我的问题一同解决比较好。我提议江泽民当军委主席。江泽民同志过去与军队联系少一些，但也不是没有联系，他当主席比较顺。”关于军委以后的工作，邓小平说：“主席要有助手，就是副主席、秘书长。有两三个助手，他这个主席就好当了。有事可以找人办，否则什么事情都要主席出面那受不了。军队工作也是很多的呀！尚昆这届不退，现在一下变动太多不好，稳定军队是很重要的。刘华清当副主席，杨白冰当秘书长。刘华清身体好，知识面比较宽，解放后一直搞国防工业，搞科技装备，在苏联还学了几年。他懂科学，搞卫星、导弹都参加过，是荣臻同志的主要助手。选这么个人当军委副主席，恐怕比只看资格好。我们军队中老干部四方面军的占大多数，这个副主席要是四方面军的。刘华清是四方面军的，某种程度上说是比较年轻力壮一点的，身体好，是能听党的话的。当然。听党的话的人多得很，但是他几个条件都具备，我比较倾向这次加一个副主席，搞一个新秘书长，作为泽民同志的主要助手。”
看了谈话要点，刘华清颇感意外。当初被委任军委副秘书长时，已经让他没想到了，这一次就更没思想准备了。可是谈话稿已经下发并传达，亲自去向邓小平说明自己的想法恐怕来不及了。于是他只好给邓小平办公室打电话：请向邓主席报告，我难以胜任。还是选别人好。然而邓小平办公室给他的回复是：邓主席已经定了，不会改变。
11月9日下午，全会通过了《关于同意邓小平同志辞去中共中央军事委员会主席职务的决定》，通过了中央政治局根据邓小平提议议定的中央军委人事安排：主席：江泽民；副主席：杨尚昆、刘华清；委员：杨白冰、秦基伟、迟浩田、赵南起。中央军委成员7人中，江泽民是中共中央总书记，杨尚昆是国家主席，杨白冰、秦基伟、迟浩田、赵南起分别兼任总政治部主任、国防部长、总参谋长、总后勤部部长，只有刘华清是专职做军委工作。军委新班子组成后，江泽民在首次会议上作了明确分工。他说，军队的事情要讲效率，不能延误时机，重大问题要提交中央常委会讨论，军委常务会议由刘华清主持。刘华清深深感到了责任的重大。他当即表示：要尽职尽责、努力工作，做好江主席的助手。有问题时，先向杨副主席请示，重大问题及时报告江主席。
刘华清主持军委日常工作后，受命承担了多项重大任务的领导工作。为了集中精力发展经济、强根固本，中央在改革开放初期一度在军队建设上采取了“忍耐”的方针，部队精简，军费没有大的增加。进入20世纪90年代以后，国内外形势都有了很大变化，军队建设怎么办？1990年3月17日，军委常务会议决定，要按照国家总体规划制定军队建设“八五”计划和十年规划。并决定，刘华清任规划领导小组组长，迟浩田、赵南起为副组长。刘华清遵照江泽民关于“要考虑加强国防建设的需要，也要考虑国家财力的可能”，“要把建设和改革结合起来”的指示精神，组织各总部、军队各大单位领导、专家，围绕创造和建设国家安全环境这一大目标，对新时期军队建设的目标、武器装备发展设想，以及国防工程和基本建设规模等一系列重大问题，进行了系统的讨论、研究和论证。在此基础上，制定了《中央军委关于“八五”期间军队建设计划纲要（草案）》。《纲要（草案）》经军委扩大会议讨论通过后，又以此为基础，制定了《“八五”期间军队体制编制调整精简总体方案》和《全军院校体制编制调整方案》。随后，《纲要》、《方案》按照计划有步骤地付诸实施，军队的整体面貌、战斗力构成都发生了很大的变化。
长期做装备科研工作的实践，使刘华清对世界军事科学发展形势和中国军队武器装备存在的问题、差距了如指掌。他曾说：“在军委工作期间，军队的装备发展，一直是悬在我心里的重大问题。”主持军委日常工作后，刘华清始终把发展高新技术，用最先进、最现代化的武器装备武装军队作为军队装备建设的指导方针。他十分重视军事科研队伍建设，不失时机地部署军事装备的科研任务和目标，同时注意学习、借鉴发达国家先进的科学技术。为了开展与苏联的军事合作，1990年5月31日至6月14日，刘华清率军事代表团访问了苏联，并与苏联政府签订了《中华人民共和国政府和苏维埃社会主义共和国联盟政府关于军事技术合作的协定》、《中苏政府间军事技术合作委员会第一次会议纪要》等文件，为新形势下军事技术引进奠定了基础。1991年12月苏联解体后，俄罗斯继承了苏联的大部分资金，也承担了一切条约、债务方面的责任。中苏原先议定的合作项目俄罗斯不仅依约履行，还逐步扩大了合作项目。实践证明，我军与俄罗斯的军事技术合作对中国军队的武器装备更新和军事技术发展发挥了重要作用。
1991年前后，苏联解体、东欧剧变，给中国人民造成了巨大的心理冲击，军队官兵中也有不小的反应。刘华清按照中央的战略部署，从抓党的建设人手，加强官兵思想政治工作，使全军部队始终保持思想稳定和高昂的战斗精神。邓小平对刘华清在这期间的工作给予充分肯定，认为他负责的几个方面工作，措施方法得力、对头，是成功、有效的。
三荐：深谋远虑——写给中央政治局的一封信
邓小平从军委主席职务上退下来后，仍然密切关注着国家改革开放的方向，关注着国家政治、经济的发展，关注着中国的社会稳定和长治久安。为此，他始终重视军队上层人事的调整和新时期部队的建设。中共十四大召开之前的1992年10月6日，邓小平给中央政治局写了一封信，集中谈了自己对中央军委工作的想法和关于人事安排的建议。在信中，邓小平首先讲了对新一届军委领导班子的设想：他建议刘华清以军委副主席的身份进入政治局，并增加张震为军委副主席。他说：“今后主要由刘华清、张震两位同志在江泽民同志领导下主管军委的日常工作。据我了解，刘华清、张震同志最熟悉军队。将来挑选接班人的工作，需要熟悉军队的人来承担责任。”“要在全军范围内选拔一批40岁到50岁的人，放到一定的岗上进行培养。”“军队要保持团结一致，保持老红军的本色，这点十分重要。”
中央政治局完全同意邓小平的意见。10月19日，十四届一中全会选出了新一届中央政治局。刘华清被选为中央政治局委员、常委。从此，刘华清进入了党的最高决策层。是年，中国人民解放军已经走过了65年的光辉岁月。久经战争烽火的开国将领们大都先后退出了军事舞台，刘华清与张震是全军官兵中仅有的两位红军时期入伍的在役军人。邓小平在会见新一届军委领导时，曾语重心长地叮嘱他们：“一定协助江泽民同志，用三年左右的时间把我军各级领导班子调整好、建设好，保证各级领导班子要掌握在忠于党的路线的同志手中。”“这几年的任务，主要就是做这件事，选择接班人。”“选拔干部、选拔人才，只要选得好，我们的事业就大有希望。”刘华清明白，这是邓小平最关心的问题，也是他作为党的第二代领导核心对接任者最后的政治嘱托。在晚年的回忆录中，刘华清曾回忆说：“回想主持军委日常工作的这几年，我花精力最多、下工夫最大的还是干部工作、军事斗争准备和发展装备三个方面。”
在日常工作中，刘华清始终坚持把选拔、评议干部作为军委常务会议的主要议题，把考核、识别干部作为下基层时的重要任务。在深入调查、考察基础上，刘华清组织制定了《关于加强军以上领导班子建设的三年规划》，并按照《规划》对三总部和各大单位领导班子陆续进行了调整，改善了班子结构．提高了领导干部的文化水平、整体素质；批转了总政治部《关于加强军队高中级干部管理的意见》，使新形势下高中级干部管理有章可循，赏罚有据，用人不公的现象得到遏制；在加强对高中级干部管理的同时，先后作出了《关于发扬优良传统，加强廉政建设的决定》、《关于贯彻党的十四届四中全会精神，进一步加强军队党的建设的决定》，颁发了新的《政治工作条例》和《军队基层建设纲要》、《关于贯彻党的十四届六中全会精神，加强军队精神文明建设的意见》等，使部队政治工作更加扎实有效，确保军队的优良传统、老红军的本色在新形势下得以继承和发扬。
1992年12月9日，刘华清外出视察部队回到北京后，看到了江泽民于3日晚写给他和张震的一封信。信中，江泽民谈了对国际形势的看法，要求刘华清和张震按照邓小平同志的指示，注意观察研究，充分估计国际斗争的复杂性。对军队武器装备发展，提出要有符合实际的“杀手锏”。随信，还附了邓小平谈话的要点。邓小平的谈话不长，中心思想是抓住机遇，发展武器装备。这是刘华清考虑已久的问题。他曾多次在会议上强调：“要使我们的国防力量强大起来，就必须依靠发展高新技术，用最先进、最现代化的武器装备武装军队。”此后几年里，他不仅按照中央政治局常委会的决定，承担了“要在本世纪末或下世纪初把中国的载人飞船送上天”的任务，而且时常深入科研部门直至相关工厂，与科研、工程人员共商现代化武器装备发展大计，指导新型飞机、战舰等装备的研制和生产。在不长的时间里，多种高科技含量的武器装备先后投入使用，使军队实际战斗能力得到有效提高。
高新技术的迅猛发展，使武器装备、战争样式发生了根本改变。进入20世纪90年代后，第二次世界大战后形成的两极格局完全被打破，国际政治形势也更加复杂。基于这一现实，刘华清遵照江泽民关于要研究新形势下如何贯彻“积极防御”战略方针，做好军事斗争准备的指示精神，对如何应付突发局面，打赢现代化技术特别是高技术条件下的局部战争，进行了深入研究。
在1993年召开的军委扩大会议上，刘华清通过对国际政治形势和现代战争特点的分析，提出了军队工作中需要把握的六项原则：一、注重质量建设；二、突出重点；三、加强综合配套；四、积极稳妥地进行调整改革；五、坚持长期建设、分步实施；六、实行军民兼容、平战结合。他提出：“在战备建设方面，应该加强对情况的掌握和研究，制定完善的作战预案。有重点地发展先进武器装备，改革军事训练，提高后勤应急综合保障能力。深化军事科学研究，在这几个方面落实，以求新的突破。”在这种理念的指导下。各总部密切协同，强化部队的军事训练，先后组织陆、海、空三军在东南沿海方向成功地进行了多次军事演习。这些演习不仅提高了部队现代化作战能力，同时有力地打击了“台独”势力的嚣张气焰，震慑了敌对势力的侵略阴谋，维护了国家主权和海洋权益。
1997年2月19日，邓小平在北京逝世。9月，中共十五大召开，选出了新一届中央委员和中央领导机构。刘华清作为中国共产党第一代军人，即红军战士代表完成了继往开来的历史使命，光荣地退出军委领导岗位。这年，刘华清81岁高龄，在军委领导岗位上整整工作了10年。这10年里，他肩负着党和人民的重托，作为邓小平、江泽民的主要助手，为中国人民解放军优良传统作风的传承，为中国人民解放军革命化、现代化、正规化建设作出了杰出贡献。