关于陈独秀在五四运动中的地位和作用，毛泽东早在20世纪40年代就给予了充分的肯定，明确指出陈独秀是“五四运动的总司令”和“五四运动时期的总司令”，“他创造了党，有功劳”。然而，自1949年后的相当长一段时间内，由于陈独秀被扣上了“大叛徒”、“反革命”、“大特务”等莫须有的政治帽子，致使他在五四运动时期的历史功绩被抹杀，那段原本清晰的历史一度变得模糊和混乱起来。党的十一届三中全会以后，随着党的解放思想、实事求是思想路线在学界的贯彻和落实，“还原陈独秀”成为党史和近现代史研究中的一个热点。经过学界有识之士的不懈努力，陈独秀在五四时期“总司令”的历史地位终于得到还原。
1949-1978年：“五四无陈论”占据统治地位，陈独秀在五四运动中的地位被抹杀
1949年以前，陈独秀发动和领导了五四运动是非常清晰的历史事实。民主革命时期，虽然陈独秀被开除出党，并被认为犯了严重的“右倾投降主义错误”，但是党内对于他在五四运动中的地位和作用还是予以肯定的。上世纪40年代，毛泽东曾两次肯定陈独秀在五四运动和建党中的作用，一次是1942年3月30日，毛泽东在《如何学习中共党史》的讲话中说：“在五四运动里面，起领导作用的是一些进步的知识分子。大学教授虽然不上街，但是他们在其中奔走呼号，做了许多事情。陈独秀是五四运动的总司令。”另一次是1945年4月21日党的七大预备会上，毛泽东指出：陈独秀“是有过功劳的。他是五四运动时期的总司令，整个运动实际上是他领导的。那个时候有《新青年》杂志，是陈独秀主编的。被这个杂志和五四运动，警醒起来的人，后头有一部分进了共产党。这些人受陈独秀和他周围一群人的影响很大，可以说是由他们集合起来，这才成立了党。他创造了党，有功劳”。
然而，从1949年到1976年这段长达27年的时间里，由于政治斗争的需要，党的最高领导人在其著作、起草的文件、报告及讲话中，曾多次提到陈独秀，却做出了与民主革命时期截然不同的评价，不但再也不提陈独秀的功劳，反而把陈独秀看成是中国人民的敌人，看成是中共党内“著名的大叛徒”，犯了严重错误的“反面教员”和“不可救药、只能打倒的反革命分子”。陈独秀的历史功绩完全被抹煞了。党的最高领导人对陈独秀的这种错误的评价产生了不良的后果，它不仅直接影响着党内对陈独秀的政治评价，而且也影响着史学界对陈独秀的研究。很长一个时期内，史学界主流观点是把陈独秀作为一个反面人物对待的，而实事求是地研究陈独秀却被视为“异端”，甚至成为“险学”。上世纪60年代，一些从事五四运动和马克思主义在中国早期传播研究的学者，由于在具体论述中不能回避陈独秀的历史作用，纷纷遭到批判，如孙思白、丁守和、彭明、林茂生等，“文革”中更遭到“触及皮肉”的批斗，他们的“罪名”就是“为叛徒陈独秀翻案”。
这一时期，关于五四运动史的研究出现了“五四无陈论”的状况：台港学者强调胡适在新文化运动中的作用，大陆则推崇李大钊和鲁迅。1951年出版的华岗《五四运动史》说，“陈独秀在五四运动时期俨然以新文化运动的领袖自居，但实际上他是以一个革命的小资产阶级知识分子的资格登场的”，领导新文化运动的责任“不得不落在当时共产主义代表人物李大钊肩上，以及在当时以革命小资产阶级知识分子资格登场，但后来终于发展成为共产主义战士的鲁迅肩上”。20世纪五六十年代作为高校教科书普遍使用的《中国革命史讲义》，在写到五四新文化运动时，一般都不提陈独秀，而只提李大钊；有的仿照毛泽东的做法，再加一个“新文化运动的主将鲁迅”；讲建党前马克思主义的宣传，只讲李大钊和毛泽东，也不提陈独秀。就连一向追求客观公正的工具书——《辞海》，在关于“陈独秀条目”的介绍上也打上了那个时代的深刻烙印。1961年出版的《辞海》关于陈独秀条目是这样记述的：
陈独秀(1880-1942)字仲甫。安徽怀宁人，早年留学日本，1915年主编《新青年》杂志；1918年和李大钊创办《每周评论》，鼓吹新文化，宣传社会主义，和当时的各种反动思潮做斗争，成为五四前后的激进民主派，1920年在上海发起组织共产主义小组，1921年中国共产党成立，当了党的总书记。第一次国内革命战争后期，党内以他为代表的右倾机会主义思想，形成了投降主义路线，放弃对于农民群众、城市小资产阶级和中等资产阶级的领导，尤其放弃对于武装力量的领导权，使革命遭到失败。之后，对革命前途悲观失望，变成取消主义者，并和托洛茨基分子勾结，成立反党组织。1929年11月被开除出党。1942年死于四川江津。 这段文字对陈独秀在五四运动中的领导作用只字未提，而且从文中使用的“鼓吹”、“投降主义”、“勾结”、“反党”等字眼中，不难看出陈独秀是以一个反面人物的面貌出现的。不过，在那个“左”的思想泛滥的年代，一个政治运动紧接一个政治运动，稍有不慎便会成为被批判对象的政治气氛中，对很敏感的陈独秀能有如此记述已相当不容易了。
可以说，即使在史学界，“五四无陈论”也占据了绝对的统治地位，谁若提及陈独秀的功劳，就必将成为被讨伐和批判的对象。20世纪60年代初，学者孙思白试图对陈独秀在新文化运动中的作用与影响做出比较客观的评价，但随后就有人予以笔伐：“陈独秀的文化思想、方向，始终没有超出旧资产阶级启蒙哲学的范畴。他对社会和革命的认识，不是共产主义的宇宙观。硬要把陈独秀当作‘五四’新文化运动的旗手而加歌颂，这就歪曲了这一时期历史发展的真相。”甚至到1978年侯外庐主编的《中国近代哲学史》，仍认为当时中国文化革命的主将是鲁迅，陈独秀根本就无资格和鲁迅相提并论。
1978-1999年：打破陈独秀研究禁区，陈独秀在五四运动中的地位和作用受到关注
党的十一届三中全会重新确立了解放思想、实事求是的思想路线，在随后即1979年1月召开的中央理论工作务虚会上，不少同志提出了“历史研究要解放”，“历史是一门科学，研究历史一定要坚持历史唯物主义观点，尊重历史事实，讲实话，讲真话，不能按照某种现成结论，简单地服从一个现成政策。这个问题不解决，党史、军史永远写不出来。”在这种大背景下，学界掀起了一次陈独秀研究热潮，开始对陈独秀在五四时期的地位和作用问题进行拨乱反正。
1979年，为纪念五四运动60周年，国内学者举行了盛大的学术研讨会，发表了一批重要文章，提出应该肯定陈独秀在五四和建党时期的应有地位和作用。据不完全统计，1979年全年在《人民日报》、北京大学学报、复旦大学学报等公开出版物上发表陈独秀研究论文65篇，其中评价陈独秀在五四时期的地位和作用的文章有24篇，其他则主要集中在评论陈独秀在建党前后、新文化运动、《新青年》及文学革命等方面的贡献。学界的研究成果在同年修订的《辞海》中得到了体现，《辞海》1979年版本中对陈独秀条目做了明显的修订：“由于他在五四运动时期的名声，被选为党的总书记。”这里虽然尚未明确提及陈独秀在五四运动中的领导作用，但毕竟提及了陈独秀在五四运动时期的影响，这可以视为学界向长期盛行的“五四无陈论”的初次挑战。
1981年，老将军萧克在纪念建党60周年研讨会上严肃指出：“陈独秀问题，过去是禁区，现在是半禁区。说是半禁区，是不少人在若干方面接触了，但不全面，也不深入，大概有顾虑，”“不认真研究陈独秀，将来写党史会有片面性。不久前看纪录片《先驱者之歌》，就看不出五四时期的总司令和创党的最主要人物。在创党的镜头中，一出现就是李大钊。然而‘南陈北李’是合乎历史事实的定论。李大钊作为建党主要人物之一是对的，但陈独秀应属首位。”同年7月17日，《人民日报》在头版头条发表了毛泽东在1945年4月21日中共七大预备会议上的讲话，其中有一段谈到陈独秀。来自党内和官方的这股新风推动了学界在陈独秀研究上的进展。随后，有学者大胆地明确提出，“新文化运动是陈独秀通过创办《新青年》发动起来的，是在陈独秀号召下兴起的”；“陈独秀是通过在组织上领导新文化运动的主要阵地——《新青年》，而领导了全国的新文化运动”；“鲁迅当时是一位在新文化运动的‘主将’领导下，‘听将令’行事的优秀战士”。
不久，在胡耀邦的指导下，党史权威部门组织撰写《关于陈独秀一生活动的评价》，开始澄清陈独秀的历史是非。1984年初，陈独秀的一位后人向中央提出恢复陈独秀党籍问题，中央书记处专门开会讨论这个问题，认为不应当恢复陈的党籍，但指示中央党史研究室写一篇评价陈独秀一生的文章，澄清陈独秀过去的历史是非，使这个党的重要历史人物得以恢复其本来面目。在胡绳和郑惠的指导下，王洪模起草形成了2万多字的送审稿，上报胡耀邦、胡乔木。11月23日，胡耀邦召集了一个小会，胡乔木、胡绳、郑必坚、郑惠参加，专门讨论陈独秀稿。胡耀邦主张写陈独秀这样对革命有过很大贡献的历史人物，“要像鲁迅写章太炎那样，有一种深远的历史眼光，采取厚道公正的写法，这样才能正确地评价前人，深刻吸取历史教训，坚持马克思主义的实事求是的精神”。经过多次修改，《关于陈独秀一生活动的评价》终于在1985年9月出版的《中国社会科学》杂志发表，对推动陈独秀的科学研究和公正评价起了首推作用。
1989年纪念五四运动70周年之际，学界在北京党史学会的支持下，召开了首次全国性的陈独秀学术研讨会，重点研讨了陈独秀作为中共创始人及思想政治家的历史地位，进一步肯定了陈独秀对五四运动的重要贡献。同年9月，任建树所著《陈独秀传（上）》、唐宝林所著《陈独秀传（下）》由上海人民出版社出版，在社会产生了极大的影响。书中针对陈独秀在五四运动中的作为写道：“伟大的五四运动之所以由北京大学学生首先发起，正因为北大是当时新文化运动的中心地。中心地里的中心人物便是陈独秀。”同年修订出版的《辞海》也吸收了学界的研究成果，对陈独秀条目作了比较全面和公正的介绍，明确指出陈独秀“积极提倡民主与科学，提倡文学革命，反对封建的旧思想、旧文化、旧礼教，是五四新文化运动主要领导人之一……在上海成立第一个共产主义小组，并发起成立中国共产党”，对他的历史功绩记述明确而具体，还特别点明他“是五四新文化运动主要领导人之一”和“发起成立中国共产党”，他对中国共产党的诞生与发展做出了不可磨灭的历史贡献。值得一提的是，1989年《辞海》修订本在陈独秀条目中，还首次刊发了陈独秀白描画像。按照惯例，历史上十分重要的人物，才能享受如此殊荣，这就根本改变了一度盛行的“五四无陈论”。
此后，一些党史学者开始明确地提出陈独秀是“五四新文化运动的领袖”。1991年，著名党史专家廖盖隆在为青年学者王学勤主编的《中国革命和中国共产党》所作序言中指出，“总看陈独秀的一生”，“他作为五四新文化运动的领袖，作为共产党的主要创设人之一和党的早期领袖，是站在时代潮流的前列指导时代前进的，他的历史功绩是十分光辉的。他的战斗民主主义和社会主义的论著，是他留给中国人民的一份珍贵的精神财富”；“总观他的一生，他的历史功绩是第一位的．，他的错误是第二位的。他确实有点像俄国的普列汉诺夫。我们应当宣传陈独秀的历史功绩，确认他是中国革命史上的杰出人物，永远纪念他”。
1999年五四运动80周年时，中央权威部门首次提出《中国共产党历史》中要把陈独秀作为“主要人物”来写。纪念五四运动80周年再次推动了学界关于陈独秀在五四运动中作用和地位问题的认识。同年3月底4月初，中央党史研究室召开了《中国共产党历史》“大革命部分(1923-1927)”修改稿讨论会，中国社会科学院近代史所唐宝林研究员应邀参加会议，他呼吁应当把陈独秀作为正面人物来写，引起了较大的反响。时任中央党史研究室副主任的石仲泉在会上郑重提出：“关于陈独秀问题，现在要把他当做‘主角’来写。”这是新中国成立50周年来，党史权威部门首次明确指出陈独秀是“主要人物”。
总的看来，这一时期史学届在“历史研究要解放”的呼声中，对陈独秀在五四运动中的作用进行了研究，逐步还原了其领导者的地位，根本打破了长期盛行的“五四无陈论”局面，但是，仍有少数人提出五四运动的“总司令”应是李大钊。
进入新世纪：研究取得重大进展，陈独秀五四运动“总司令”的地位得到还原
进入21世纪，全面还原陈独秀的研究更加走向深入，虽然在某些问题上仍有很大的敏感性，但是这些都妨碍不了把陈独秀作为正面人物来对待。在这种相对宽松的氛围中，关于陈独秀“总司令”的地位，从学界到权威部门，已经成为一种不需言明的共识。
2001年，为庆祝中国共产党成立80周年，《北京青年报》刊发文章《陈独秀：五四运动总司令》；7月，电视连续剧《日出东方》播出，前13集集中讲述了陈独秀是五四运动的总司令，是马克思主义的传播者，是党的主要创始人，是作为正面形象来塑造的。
2002年中央权威部门修订的新版《中国共产党历史》（上卷），充分肯定陈独秀在五四运动中的作用。对此，书中的两段表述具有代表性。一段是书中第37页：“陈独秀、李大钊、胡适等新文化运动的倡导者荟萃北大，《新青年》杂志也由上海迁到北京，在北京大学形成了一个以《新青年》编辑部为核心的新文化阵营，使新文化运动得以迅猛发展。”另一段是书中第54页：“陈独秀、李大钊等在报刊上发表文章，同许多社团组织和进步青年密切联系，积极指导和推动运动的发展，成为这一运动的著名领袖人物。以陈独秀、李大钊为代表的一批具有初步共产主义思想的知识分子，很快成为中国共产党组织的发起人。”对于陈独秀在五四时期的地位，新版党史虽然没有明确使用“总司令”，但是使用了“著名领袖人物”，实际上已肯定了陈独秀的领导地位，而且他的名字排在李大钊之前，这是陈独秀在五四运动中的作用和地位得到还原的权威证明。
此外，党内一些理论家在谈及陈独秀时，也明确地称其为“五四运动的总司令”。已故著名党史专家龚育之，在2002年出版的《党史札记》《讲科学反迷信是党的传统：五四时期》一文中就指出，“‘五四运动的总司令’、后来成为建党初期领导人的陈独秀，就是一位用科学反对迷信的冲锋陷阵的战士。……陈独秀主持的《新青年》杂志，成了新文化运动的司令部，也是提倡科学反对迷信的指挥所”。
特别值得一提的是，五四运动90周年之时，《北京日报》于2009年3月23日刊发了著名党史专家、中国现代史学会会长郭德宏的长篇宏文《怎样理解毛泽东说的“五四运动的总司令”》，以翔实的史料和有说服力的论证，从5个方面，即由陈独秀发起的新文化运动，为五四运动奠定了思想基础；陈独秀和《新青年》杂志，为五四运动培育出了一大批骨干力量；陈独秀是五四运动的思想指导者和精神领袖，在很多问题上具体指导了运动的进行；陈独秀是马克思主义的积极传播者，培养出了一大批中国早期的马克思主义者；陈独秀是中国共产党的最主要的创始人，把一大批先进的中国人带进了中国共产党——具体论述了毛泽东关于“陈独秀是五四运动的总司令”的评价是符合历史事实的，并进一步评价了陈独秀在建党中的地位，郑重提出“仅说陈独秀是中国共产党的创始人之一”是不够的，应该是“党的最主要的创始人”，在“南陈北李”中，陈独秀的功劳大于李大钊。这篇出自党史专家之手、刊于首都党报的为陈独秀“总司令”问题正名的文章，不但恢复了陈独秀领导和发动五四运动的历史真相，彻底还原了陈独秀五四运动总司令的历史地位，而且随着互联网的广泛传播，“陈独秀是五四运动的总司令”进入寻常百姓的视野，为越来越多的人所认识。