湘赣战役中的分歧
1949年5月22日，人民解放军第二野战军第四兵团解放南昌后，部队在南昌、丰城、临川地区进行短期的整训。5月26日，中央军委根据新的形势，命令第四兵团归人民解放军第四野战军指挥，参加对白崇禧的作战。这就是说，第四兵团司令员兼政治委员陈赓在第四野战军司令员林彪的领导下进行作战了。
在战争年代，为了战事的需要，把一个建制的部队划归或者暂时划归另一个建制的部队指挥是很正常的情况。比如为了增加解放大西北的兵力，中央军委就将华北野战军第十八、十九兵团划归第一野战军建制，接受彭德怀的指挥。
陈赓是黄埔第一期毕业生，而林彪是黄埔第四期毕业生，当林彪作为新生进校的时候，陈赓已经是黄埔第四期步兵科一团七连的连长了。也就是说，陈赓既是林彪的学长，又是林彪的上级。南昌起义时，陈赓是国民革命军第二军（军长是贺龙）第三师六团二营营长，林彪是第十一军（军长为朱晖日）二十五师七十三团三营七连连长。后来的情况逐渐发生了变化，红军长征时，林彪受到毛泽东的赏识，职务超过了陈赓。红军长征到达陕北时，陈赓在林彪任军团长的红一军团任师长。后来，陈赓曾向毛泽东和周恩来公开表示，不愿意在林彪手下工作。抗日战争爆发后，红军改编，陈赓旅成为刘伯承第一二九师中的铁旅。
现在，陈赓兵团要划归林彪指挥，陈赓接到命令，马上给四兵团的领导讲：“我们协同四野主力作战，一定要顾全大局，积极配合，不挑选任务，拣重担子挑。”
这时，桂系军阀白崇禧部正在湘赣边境组织防御，企图阻止我军向长沙、衡阳方向前进，迟滞我军向华南进军。从南昌地区赣江西岸撤退的桂系残部，继续在湘赣沿线残害人民，赣西地区的人民群众不断派代表请求我军渡过赣江西进，追歼残敌。
当时，四野的司令部在郑州，而陈赓的司令部则在南昌附近，二者相距2000余里。对于追歼白崇禧在华南地区的部队，林彪认为：“为切断白崇禧的退路并将其主力一举歼灭在湖南，拟在长沙衡阳地区发起新的百团大战。电令陈赓的四兵团于7月中旬渡过赣江，经宜春进入湖南醴陵、衡阳、株洲一线，与白崇禧主力决战。命四兵团的三个军为第一梯队，十八军为第二梯队。邓华的第十五兵团作为四兵团的右翼，沿浙赣线与四兵团南北齐头并进。”
林彪的作战命令下达时，陈赓正在南京开会，由四兵团副司令员郭天民召集各军军长研究作战方案。经过研究认为：实施林彪的作战计划，往西北方向运动，只能侧击白崇禧的尾巴。正值盛夏，部队因酷暑大量减员，如果再打疲劳战，对于下一步围歼白崇禧部队则力不从心。
陈赓从南京返回后，也认为林彪的作战计划不很妥当，让郭天民向林彪提出意见，建议林彪更改作战计划。林彪接到电报后，回电四兵团，坚持既定的作战方案。
陈赓由南昌回到兵团前线指挥部驻地樟树镇，正式向中央军委陈述了自己的意见。陈赓在电报中说：“白（指白崇禧）狡诈凶险，正面作战不易歼其主力。必须取大迂回、大包围的方式，而此次侧击行动，根本不是迂回，构不成对敌之包围。我部人马逾万，稍有动作，极易被敌发现。而一旦发觉，敌即火速退缩两广，于下仗极为不利。又，时值盛夏，北方兵多，水土不服，非战斗减员甚多。故建议：充分利用我兵团之有利态势，继续向南推进，搞大迂回，占广州，堵截敌向广东之逃路。”当然，陈赓在电报中也表示，部队正在待命，准备随时执行四野的作战计划。
陈赓把电报同时上报林彪和二野首长刘、邓。
毛泽东和中央军委看了陈赓发来的电报，肯定了陈赓的意见。
7月16日，中央军委给二、四野的电报中明确指出：“和白部作战方法，无论在茶陵，在衡阳以南什么地方，在全州、桂林等地，或在他处，均不要采取近距离包围迂回办法，而应采取远距离包围迂回方法，方能掌握主动。”
7月17日，毛泽东又以中央军委的名义拟电，就“追击白匪之部署再致林彪”指出：陈赓三个军，十五兵团两个军统由陈赓率领经赣州、南雄、始兴南进，准备以三个月时间占领广州，十五兵团两个军协同华南分局所属武装力量及曾生纵队负责经营广东全省。陈赓率四兵团三个军担任深入广西寻歼桂系之南路军，由广州经肇庆向广西南部前进，协同由郴州、永州入桂之北路军，寻歼桂系于广西境内。
从7月中旬开始，按照大迂回、大包围的作战部署，四兵团向湘赣沿线挺进。8月上旬，部队配合四野兄弟部队，沿江西通往广东的公路并肩向赣南前进，准备解放敌人盘踞的广东省。
广州战役中的分歧
9月9日，中央军委下达向广东进军的命令。10月12日，毛泽东电令陈赓：如果查明广州一带敌人向广西地区逃窜，陈赓兵团即不停留地跟踪追击。10月14曰，广州解放，提前实现了毛泽东争取10月下旬占领广州的计划。陈赓命令十五军军长秦基伟：部队不进广州，继续向佛山追击。接着，陈赓又命令十四军军长李成芳，迅速占领三水，堵敌西逃。14日晚，十五军攻占佛山，继续追歼逃敌。15日拂晓，十四军攻占三水。
正当陈赓兵团疾速追歼逃敌的时候，林彪电令陈赓并直接下达命令给各军，主要内容是：如广州之敌逃窜，我不要追击。
陈赓认为此命令难以执行，立即让通信科长接通三个军长的电话说：“追击敌人总不会犯错误，仍按我们原部署执行，继续追歼逃敌。”
16日，十四军四十一、四十二师和十三军三十八师占领高要。十四军追歼敌三十九军一部，迫使敌-0三师4000余人起义，并查明了敌人主力向阳江方向逃窜的情况。
陈赓立即决定：由李成芳指挥十五军四十四、四十五师，十四军四十、四十一、四十二师和十三军三十八师，昼夜兼程向阳江追击，合围逃敌，并命十三军主力向茂名前进。
为避免林彪的干涉，陈赓兵团的追歼行动，一直没有向林彪报告真情。
17日深夜，陈赓收到毛泽东的电示，否定了林彪不许四兵团追击的命令。25日黄昏，四兵团对阳江之敌发起总攻，战至26日中午，全歼被围之敌近5万人。
粤桂大围歼中的分歧
经过广东战役，到1949年11月初，除了海南岛、雷州半岛南部及其他一些滨海地区外，广东全省大部解放，白崇禧集团退居广西老巢作最后的挣扎。
白崇禧此时的兵力有：第一兵团司令黄杰指挥的第十四、七十一、九十七三个军；第三兵团司令张淦指挥的第四十六、五十六两个军；第十一兵团司令鲁道源指挥的第五十八、一二五两个军；第十七兵团司令刘嘉树指挥的第一00、一0三两个军。此外还收编了余汉谋部流入广西的第七十、二十三、六十三、一0九四个军的残部。这样，白崇禧的兵力仍有正规军20万人，地方部队10余万人。
白崇禧在广西东北地区，构成了以桂林为中心，沿湘桂路和桂江南岸布防的防御体系，以黄杰和刘嘉树两个兵团集结于桂林及以北地区，阻止我军人桂；以鲁道源兵团集结于龙虎关、荔浦；以张淦、徐启明两兵团集结于恭城、阳朔地区，并准备向柳州、南宁撤退。
针对这种情况，中央军委决定以9个军、30个师共40万人及人民武装一部，发起广西战役，并由第四野战军统一指挥实施。
11月5日，林彪下令发起广西战役。当日，陈赓兵团向廉江和信宜以北开进。与此同时，二野五兵团解放了贵阳。白崇禧见向云贵逃跑已不可能，准备乘我北路未动，西路距其尚远之时，集中主力，吃掉陈赓兵团向廉江方向突出的第十三军，打开逃向海南岛和越南的退路。
11月11日清晨，白崇禧电令黄杰，除留一部分警戒外，速率第四十六、七十一、九十七、十四军主力，向柳州、南宁一线秘密集结。电令徐启明，率部火速沿湘桂路节节抗退，破坏交通线，把沿途五公里范围变成无人区。电令刘嘉树南撤，抢占白色，以策应南线作战。白崇禧又命令张淦，速率部向博白、陆川一线秘密集结，准备歼灭南线的人民解放军，夺取雷州半岛，掩护主力向海南岛转进。为了迷惑林彪，他又电令鲁道源兵团，准备在岑溪以东佯攻，掩护“南线攻势”行动。
林彪发现白崇禧调整部署后，决定诱敌至桂南集结后再行围歼。11月16日，林彪向各兵团下达了在粤桂边界地区歼灭白军主力的命令。18日，四野北路兵团展开全线攻击，于22日解放了桂林。此时，白崇禧在南宁急令张淦率第三兵团向玉林、北流线赶进，令鲁道源第十一兵团主力向容县附近集结，进行佯攻，以配合张淦的行动。11月23日，鲁道源率先向我东路兵团第四十三军发起佯攻。林彪听说东线第四十三军遭到敌攻击的消息，误以为白军主力改变了主攻方向，急忙电令陈赓兵团，留十三军三十九师在廉江阻敌向雷州半岛方向进攻，调第十三、十四、十五三个军北上，围歼鲁道源兵团。
陈赓和郭天民都不同意林彪的这个部署。他们认为，白崇禧的目标肯定是雷州半岛，如果此时把四兵团主力北调，白崇禧趁机大兵冲压下来，在此处仅留一个师是堵不住敌人的。即使全歼了鲁道源兵团，也会使白崇禧军队的大部溜掉。不如留下兵团主力堵住白崇禧的退路，待四野主力赶上后，使鲁道源兵团和白军主力都变成瓮中之鳖。当即，陈赓致电林彪，建议改变原计划，但林彪回电说：“我决心已下，不能更改，命令各军按计划立即出动，歼灭鲁道源兵团。”
四兵团副司令员郭天民看了林彪的回电，立即给中央军委发电，陈述四兵团的意见。陈赓看了郭天民起草的电文，说：“老郭，你这个稿子完全是批评性的，我们还是用建议的语气，我来写吧。”
陈赓在电文中说：我军必须牢牢控制住雷州半岛，如被敌所占据，势必从海上逃跑更加容易。建议我兵团占据廉江，控制沿海出口，完全截断敌人海上的逃路，如原计划不能改变，可否“用四十三军及十一军合歼敌一二五军及五十八军，而以十四军、十三军钳制敌三兵团及粤敌，以确保廉江。
11月24日，毛泽东复电，指示四兵团“仍照陈赓前提部署……”同日，毛泽东又致电林彪、陈赓：“白崇禧于23日令其所部十六个师向廉江、茂名之线攻击，这是歼灭敌人的好机会。为此，陈赓所率十三、十四、十五、四十三四个军，除一个军由罗定、容县之线迂回敌之侧背外，主力不要深入广西境内，即在廉江、化县、茂名、信宜之线布防，置重点于左翼，即廉江、化县地区，待敌来攻，而歼灭之。桂林方面之我军迅速分散数路南下，攻敌侧背，置重点于左翼，即宾州（今宾阳）、贵县、玉林之线。白军主力既确定向雷州半岛逃窜，程子华兵团即应分路南下，第一步向白色、南宁之线；第二步向龙州、南宁之线攻进，以期尽歼逃敌于龙州海防国境线上。”
林彪见电后，只好修改了原定计划，调整了作战部署。
12月14日，历时34天的广西战役结束。此次战役全歼“华中军政长官公署”总部及直属部队三个兵团部，12个军部，25个师另15个团，歼敌两个兵团和10个师的大部，共17万多人。