1946年5月18日东北民主联军撤出四平后，10月，司令员林彪带领前线指挥所进驻双城堡，直到1948年9月30日，即辽沈战役开始后18天，东北野战军司政机关组成的辽沈战役前线指挥所离开整整两年时间，林彪在双城堡。指挥大小无数战斗，逐渐扭转了东北战场的被动局面，使东北民主联军由弱到强，发展到数十万。
日本投降后，当李运昌率冀察热辽八路军、罗荣桓率山东八路军、黄克诚率苏北新四军三师，三路人马挺进东北时，还在去山东根据地途中的林彪，8月24日在河南濮阳接到中共中央电报，让他转赴东北。他日夜兼程，于10月初到达沈阳。这时，中共东北局已在沈阳成立了东北人民自治军总部，林彪出任东北人民自治军总司令。由于形势紧张，林彪于11月19日从沈阳赶到锦州，指挥那里的部队行动。11月22日，林彪在锦州向中央建议：“应准备放弃锦州，以及锦州以北二三百里，让敌拉长分散届，再选弱点突击……”
11月25日，蒋介石在美国帮助下，海运两个军在秦皇岛登陆，攻占山海关后，即在锦州与我展开激战。林彪于当天放弃锦州，撤向辽西腹地。锦州失守，形势开始严峻。这时，林彪在阜新召开了一次营以上干部会议，会上他提出“等”、“忍”、“狠”的作战指导方针和三条战术原则，即“一点两面”、“三三制”、“不打主观主义仗”。
1946年2月，林彪在法库按这一原则指挥了秀水河子战役，以7个团的兵力，消灭了国民党一个整团和两个营，一举振奋了士气，毛泽东闻之给予高度评价。
辽西阻击战失利后，1946年3月13日国民党军攻占沈阳。3月26日，东北局得知苏军即将撤军，为了抢占中长路要冲紧急制定了《东北大会战部署》，将决战地点定在四平。四平地处松辽平原中部，是铁路交通枢纽，具有重要战略意义。东北民主联军于3月18日占领四平后，林彪就防守问题向中央和东北局谈了自己的看法：“在蒋介石继续增兵东北的情况下，我固守四平和夺取长春的可能性，和东北和平迅速实现的可能性均不大。因此，我军方针似应以消灭敌人为主，而不以保卫城市，以免被迫作战，其结果既不能保卫城市，又损失了力量。故我意目前方针以应脱离被迫作战，采取主动进攻。”言下之意，占领四平和固守四平没有多大意义，且是极为困难的。5月，国民党军以二十几万美式机械化部队强攻四平，当主阵地塔子山即将失守时，林彪坚持不住了。但毛泽东仍严令林彪坚守。林彪遵命向毛泽东表示：“我守军决战至最后一人。”
5月18日，主阵地塔子山失守，部队已伤亡到8000人，林彪决定撤出四平。他拟发了告四平全军电文，命令部队撤出了四平。5月23日，中央再令林彪撤出四平后“坚守公主岭”，如不能坚守，应坚守长春。然而这时，林彪的部队已经被打散，很难再组织起有效的防御了。林彪指挥部队向松花江以北撤退的同时，自己带“前指”向九台、吉林撤退。撤到一个小村庄棋盘街时，敌人又追了上来，最后撤到吉林以北的舒兰。在舒兰，林彪给东北局发去电报，说他不准备去哈尔滨，要到伊春、双阳打游击去。6月1日，他又给中央发电报，建议如果敌人还要向北进攻，则放弃哈尔滨。6月2日，林彪接到东北局致电中央并告林彪的电报：“我军自四平街、长春撤退后，完全处于被动。因此，下了很大决心：我们准备放弃哈尔滨，争取摆脱被动，休整部队，部署各地区独立去坚守局面。”6月3日，毛泽东在给东北局和林彪电报中作了明确答复和指示：“同意你们放弃哈尔滨之准备……”
国民党军占领四平以后，沿中长路向北猛进，很快攻占长春、德惠、吉林，控制了松花江以南广大地区。由于林彪大踏步北撤，在我党政军中引起很大震动，在东北广大民众中也产生了消极影响，各敌对势力也借机一哄而起，我党我军进入了最困难、最危险的时期。而林彪之所以从山海关、锦州、四平、长春一退再退，主要还是手头无兵。在撤退的路上，他为此气哼哼地说；这是打得什么仗，窝囊透了。虽然林彪大踏步北撤，但杜聿明也因与我军血战1个月，在占领四平、长春、德惠、吉林之后，失去继续北进的能力，且因战线延长，部队分散，占领区不巩固，粮草接济困难，不得不与我谈判，双方达成自6月7日起休战15天的协议。这样一来，东北民主联军也有了喘息时机，得以进行战略部署、训练、扩充军备、沿江布防。15天后，国民党军由于北调兵力不足，又提出休战延长到9月23日。
6月16日，中共中央作出东北局主要领导分工的决定，林彪为东北局书记、东北民主联军司令员兼政治委员；彭真、罗荣桓、陈云为副书记兼副政治委员。6月下旬，林彪从舒兰到达五常，然后赶到哈尔滨。7月3日，东北局在哈尔滨召开扩大会议，林彪在会上说：“今天，我们在东北还没有根据地，还没有家，如果我们没有家，没有房子，就好比流浪者，漂来漂去的二流子，遇到狂风暴雨就会无家可归，无房子可住，就会被狂风吹掉，被暴雨淋死，遇到严寒冬天就会冻死饿死……死无葬身之地。”此次东北局扩大会议作出了《东北的形式与任务》的决议，在军事上确定了东北民主联军的作战原则。决定在敌强我弱的条件下，我军的作战原则不在于城市和要点一时的得失，而是力求消灭敌人。为此，应采取诱敌深入，待敌分散，以优势兵力各个消灭敌人的方针。
9月23日，蒋介石撕毁东北“停战令”，倾其全力向我南满根据地进攻，以期先解决南满之忧，再北上将我军压缩在北满消灭，实现占领全东北的目的。 根据东北局主要领导分工和“七七”决议确定的军事原则，林彪到前线指挥作战。
到1946年9月下旬，东北战场态势已经明朗，南满将成为主要战场。林彪决定将前指移向战区，他选择了距第二松花江70公里、位于中长铁路线上的一座古城双城堡。双城堡是哈尔滨的南大门，相距50公里。10月，林彪带领由司政机关少数人组成的前线指挥所进入双城堡，在县城东北部选择了一处民国年间建造的两栋房子，一栋是三合院，一栋是四合院，两院相邻，面积1100平方米，有35间房子。这里远离县城中心，人口稀少，不太惹眼。双城堡建立民主政权较早，敌对势力较弱，且背靠后方哈尔滨，交通便利，作为指挥机关环境适合。
林彪进驻双城堡后，首先召开军事会议，部署兵力准备在南满与敌决战。为了加强对南满党政军的领导，又将陈云、肖劲光派往南满。12月27日，郑洞国坐镇通化指挥8个师10万人，向我临江地区发起进攻。陈云、肖劲光指挥部队奋起抗击，形势十分严峻。林彪在双城堡前指召开主力部队师以上干部会议，决定以3个主力纵队、9个步兵师，越过第二松花江，策应南满我军作战。林彪在会上对师长们说：“过江后，要与敌人展开‘硬拼战’的新战术，集中优势兵力，实行‘一点两面’战术，以死打硬拼精神，拼掉敌人一部分。”会后，林彪发电报给陈云、肖劲光，告之北满主力将过江配合作战。
此时的东北，气温已降到零下三十度。1947年1月5日，林彪趁国民党军进攻临江后方空虚之机，在双城堡指挥北满主力，越过松花江突然出现在长春、吉林以北广大地区，向敌要点其塔木、城子街、靠山屯挥戈横扫，开始了东北战场著名的“三下江南”作战。一下江南胜利结束后，2月21日，杜聿明再犯临江，林彪指挥主力第二次跨越松花江，全歼城子街残敌2500余人；随即围攻德惠，但因在战斗具体部署上未能贯彻集中优势兵力于一点的原则，攻城战斗进展迟缓，见敌援兵将至，林彪只好指挥部队从德惠外围撤出。3月7日，林彪第三次指挥主力三下江南，歼敌88师全部。这时，因松花江开始解冻，林彪于是指挥部队返回松花江北，结束了三下江南的作战。但杜聿明不甘心失败，重整旗鼓后，又第四次进犯临江，无奈已是强弩之末了。“三下江南”、“四保临江”，是林彪进驻双城堡3个月期间，与国民党军争夺战略主动权规模最大的一次军事行动，消灭敌有生力量6.4万余人，收复城市11座，极大地削弱了敌人有生力量，动摇了敌人士气，使东北民主联军由被动转为主动，使东北局势发生了有利我军的变化。
1个月后，林彪在双城堡召开师以上干部会议，说：“准备战争的过程已经基本结束，现在是使用力量的时候了。过去，我们提出的作战方针是‘等、忍、狠’，现在是狠的时候了，要狠狠地消灭敌人，收复与扩大解放区……”两个月后，东北民主联军前指在双城堡发出政治动员令：号召广大指战员从现在起，要向外线大规模作战，立即发起夏季攻势。
5月13日，林彪在双城堡指挥东北民主联军，从长春以西、吉林以东、郑家屯以北、通化西北、冀察热辽5个方向展开攻势，集中优势兵力，以攻击怀德为起点，切断沈阳、长春敌人之间战略联系，孤立长春，夺取四平。
夏季攻势三战四平，是林彪最大一个难题。在双城堡作战室，林彪反复掂量将围歼四平的任务交给谁，最后下决心交给一纵司令员李天佑和副司令员李作鹏，并任命李天佑为四平前线总指挥。6月4日夏季攻势打响，林彪在双城堡三合院里坐镇指挥。夏季攻势历时50天，歼敌8.3万人，收复城市42座，横扫黑土地三千里。然而，夏季攻势在三战四平指挥上，林彪也留下了戎马生涯的一记败笔。三战四平在民主联军强大攻势下，陈明仁落荒而逃，参谋长刘亚楼建议追歼，林彪未作表示。当刘亚楼又以用两个纵队攻取四平与敌兵力对比优势不大，应改为3个纵队攻取的建议提醒林彪时，林彪看了一眼刘亚楼说，我看没有必要。
林彪未听取参谋长意见；也未采纳有战争经验前线作战指挥员的建议，果断地在双城堡作战室发出了对四平总攻的命令。战斗进行到第六天的时候，林彪见四平还未攻下，心里有些急了。他命令李天佑不惜重大伤亡一万人，也要坚决拿下四平。到了第七天的时候，攻城前线总指挥李天佑将已经丧失战斗力的一纵队撤出战斗，邓华的六纵虽然伤亡过大，但未停止向城内攻击。这时，在双城堡三合院一夜未眠的林彪见四平久攻不下，站在军用地图前焦急的走来走去，他回头问刘亚楼：如果一两天拿不下四平怎么办？刘亚楼说：陈明仁已经弃城逃跑，我们没有追歼，已经丧失良机。现在，我军还有足够力量和时间给四平守军最后一击。林彪尽管征求刘亚楼的意见，但却未采纳刘亚楼的意见，反而说：垒不下四平，我军将陷于被动，趁敌还未合围快撤。于是，30日晨，林彪在双城堡作战室下达了撤出四平的命令。三战四平，与只有两万敌军的陈明仁血战10天，却没有彻底摧毁敌四平防御体系，付出了1.3万人的重大伤亡，第三次在四平交锋又功亏一篑。
三战四平结束后，一个被俘的敌团长告诉解放军：“贵军进攻四平街时，城区已被贵军占领了五分之三；五分之二还为陈明仁所占有。此时蒋军已弹尽粮绝，如果解放军在怀德歼灭陈明仁的八十八师届长驱直入，四平唾手可得，但你们撤出了四平。”
四平失利届，7月2日，在双城堡”前指”召开了主力纵队司令员、参谋长会议，总结三战四平经验教训。会上有点冷场，没人发言，后来有两位纵队司令员发了言，语气偏激，但未讲到点子上。林彪坐在那里一言不发，但当罗荣桓、刘亚楼发言讲到他们也应承担责任时，林彪才站起来，嘴唇有点颤微，脸色发白，声音低沉地说：“不要你们负责任，四平没打下来，责任完全在我……”最后，会议总结认为，四平失利，主要是轻敌、急躁、兵力没有集中使用，敌情没有弄清，丧失战机也是主要原因，未涉及林彪主观上一些因素。
尽管四平没有拿下，但从1946年10月林彪进入双城堡，经过三下江南、四保临江，以及历时50天的夏季攻势，东北民主联军势如破竹，改变了东北战场的被动局面，夏季攻势是一个转折点，国共两党争夺东北的胜券，已经操纵在共产党手上。新华社在评论东北战场的变化时说：“毫无疑问，东北民主联军组织者、训练者和指挥者们，在这一年中，对中国人民解放事业建立了不可磨灭的功勋。但是，这个变化的最深刻的根源，确如林彪将军所说，主要的应归功于群众。”夏季攻势结束后，东北民主联军又发起秋季攻势，也是50天，歼敌69789名。随后，又发起冬季攻势，历时90天，歼敌156383名，其中正规军94063名。
夏秋冬三次攻势结束后，国共两党争夺东北的大局已定。这时，东北民主联军已经改为东北人民解放军，民主联军总部机关改为东北军区兼东北野战军领导机关，在双城堡的“前指”也冠以东北野战军“前指”。伟大的转折，迎来了充满希望的春天。在双城堡三合院里的东北野战军“前指”的指挥者们，心情是愉快的，因为他们正在迎着去年撤退的地方前进。林彪这时没有离开双城堡，还住在东北角上那座三合院里。林彪不习惯睡东北大炕，而是睡在他从延安带来的一张军用折叠行军床上。战争期间他的生活用品也很简单，一床军用棉被，一条半新不旧的毛毯，以及一件冬天穿的军大衣，这三件物品陪伴他在双城堡度过了两个寒暑。
林彪在双城堡的两年，吃饭也很简单，当时部队分大、中、小灶，林彪每餐吃的都是粗粮素菜，搞不清是哪个灶，不过黄豆他是离不开的。一次炊事员给他做了一碗红烧肉，他对炊事员说：“以后不要做了，战争时期部队还达不到吃肉的条件，战士吃不到，也不要做给我吃。”
林彪在双城堡的两年间很少离开作战室和他的办公室，经常召开作战会议，和“前指”几位主要领导研究作战问题。曾经到过双城堡的领导除了东北局的彭真、高岗、陈云外，再就是部队的几位高级指撵员，如肖劲光、朱瑞、陈光、周保中。另外，林彪在双城堡基本上没有接待过私人来访，只有一次例外，就是1947年秋，孙维世从苏联学习回国经过哈尔滨，来双城堡看望他，林彪予以了热情接待。两人谈了一上午，并一起吃了午饭，然后林彪叫工作人员将孙送到火车站，用“前指”专列将她送回哈尔滨。孙维世走时，林彪亲自将她送到大门口。
林彪带“前指”进驻双城堡是绝对保密的，内部纪律十分严格。“前指”人员绝大部分来自南方，东北人较少。“前指”规定不许在院内会客，不许家属、朋友、战友来探视，除了叶群来过一两次，其他领导家属都没来过。上世纪40年代，双城堡的老百姓只知道杨靖宇、周保中、李兆麟等东北抗联将士，不知道林彪；对住在大院里的部队，只知道是“八路军”，不知道是什么官。
林彪在双城堡指挥的最后一次战役是辽沈战役。1948年8月29日，东北军区和东北野战军正式分开，林彪为东北军区司令员兼政治委员、东北野战军司令员，罗荣桓为东北军区第一副政治委员、东北野战军政治委员。1948年9月12日，东北野战军由司政机关组成辽沈前线指挥所，林彪在双城堡指挥辽沈战役17天后，于9月30日率“前指”离开住了两年的双城堡。当时我在新华社组成的辽沈战役前线报道组，也随“前指”离开了双城堡。