1932年10月15日，上海租界中外警察发布了一则令国民党当局“欢欣鼓舞”的特大新闻——他们抓获了住在岳州路永兴里11号的中共大头目陈独秀。虽然此时陈独秀已被中共中央开除党籍，另成“托派”，但还是让蒋介石高兴万分，立即电令上海市长吴铁城将陈独秀押往南京。之后，陈独秀开始了漫长的监狱生活。从被捕的1932年10月15日至1937年8月23日出狱，陈独秀在狱中度过了1771天。在失去自由的日子里，陈独秀经历了一生中最为艰难的岁月。
自书《辩诉状》做法庭辩护
10月19日，陈独秀被转押南京。这一消息通过各大新闻媒体发布后，立即引起全国的关注。蔡元培、胡适、柏文蔚、章士钊、张耀曾、董康、郑毓秀以及北大师生、个人和团体纷纷奔走呼吁，多方面营救陈独秀。蒋介石不想违背众议，在详细询问了陈独秀与各地红军的交往情况后，决定免陈独秀一死，但必须以“危害民国罪”名义交由国民党江苏高等法院提出起诉。
1933年4月14日，江苏高等法院在江宁法院公开审理此案。由于陈独秀在国内享有的知名度，对他的审判格外引入注目。当时，法庭旁听席只能容纳百余人，但来自镇江、苏州、无锡、上海等地的新闻记者却有二百多人。审判庭的过道上、窗户外，挤满了前来旁听的人，他们都想亲眼目睹这位当年“五四”运动旗手的风采。
上午9时10分，审判长、推事、检察官以及被告律师等人就坐。审判长是江苏高等法院院长胡膳傅，推事张秉慈、林哲民，检察官朱倘、沈育仁，被告首席律师章士钊，其余四名律师是吴之屏、彭望邺、蒋豪士、刘祖望。9时20分，陈独秀由两名法警带上法庭，审判长准许让他坐在椅子上回答提问。那天陈独秀穿灰色棉袍，着棕色裤子，留有一寸长胡须，神态镇定自若。
9时30分，书记官宣布开庭，先由检察官宣读起诉书，然后审判长逐一审问，陈独秀用极短的词句回答。但当审判长问到：“你何以要打倒国民政府？”陈独秀回答：“这是事实，不否认。至于理由，可以分三点：1、现在国民党政府是‘刺刀政治’，不合民主政治原则；2、中国人已穷至极点，军阀官僚只知集中金钱，存放于帝国主义银行，人民则困苦到无饭吃，此为高丽亡国时的现象；3、全国人民主张抗日，政府则步步退让。十九路军在上海抵抗，政府不接济。至所谓长期抵抗，始终还是不抵抗。根据以上三点，人民即有反抗此违背民主主义与无民权实质政府之义务。”听了陈独秀的答辨，旁听席上的人纷纷赞叹道：“好一个陈独秀，仍不减当年‘拖二十四门大炮轰炸美国总统威尔逊’的英雄气概。”审判长只好摇铃让庭内保持肃静。第一次开庭在匆忙中结束。
4月15日第二次开庭。这次审判长没问更多的问题，陈独秀也没作更多的答辩，只是对前日审讯笔录作了核实。4月20日，法庭进行公开辩论。检查官朱倘对陈独秀的所谓“罪状”再次作了补充说明：“归纳被告的主张，共有四阶段：(1)组织团体(2)宣传(3)武装暴动(4)无产阶级专政。但是目前被告的行为尚处在第(2)和第(3)阶段之间。所以被告犯有危害民国紧急治罪法第六条及第二条第二款。”当审判长问陈独秀答不答辩时，陈独秀立即回答：“岂止是答辩，我要抗辩！”接着陈独秀说，“检察官先生控告我犯有危害民国罪，理由是因为我要推翻国民党和国民政府。但是我要郑重声明：我只承认反对国民党和国民政府，却不承认危害民国。因为政府并非国家，反对政府，并非危害国家，比如满清政府，曾自认朝廷即是国家，北洋政府亦自认代表国家，但是孙中山、黄兴等，曾推倒满清，推倒北洋政府，如果推倒政府就是危害国家，那么国民党岂非已叛国两次。但是这句话谁都不能承认，因为满清政府和北洋政府根本不能算是国家。因此在理论上，反对国民党，反对国民政府，并不能就同于危害民国。”陈独秀顿了顿又继续辩诉：“我主张无产阶级专政，主张组织苏维埃政府，这也并不危害民国。有些人把苏维埃看成是洪水猛兽，这与同治、光绪年间，视铁路为洪水猛兽情形是一样的。我们主张组织苏维埃政府不为法律所容，但不能说法律所不赞同的东西就是叛国。如果法庭要对持不同思想主张的人加以判决，这不成了中世纪欧洲宗教式的法庭了吗？所以检察官先生对我的控告是站不住脚的，请法庭宣告我无罪释放。”陈独秀的抗辩掷地有声，法理清晰，引起旁听者的同情。
4月22日，陈独秀写了一份《辩诉状》，让友人带出监狱传抄和印发。陈独秀在《辩诉状》里痛快淋漓地怒斥国民党的黑暗统治。他写道：“国民党竭全国人民膏以养兵，拥全国军队以搜刮人民，杀戮异己。对日本侵占国土，始终节节退让，抵抗徒托空言，且制止人民抵抗，摧毁人民之组织，钳制人民之口舌，向帝国主义屈服，宁至全国沦亡，亦不容人有异词，家有异说。试问谁为‘叛国’？国民党政府以党部代替议会，以训政代替民权，以特别法（如危害民国紧急治罪法等）代替刑法；以军法逮捕、审判、枪杀普通人民；以刺刀削去了人民的自由权利，高居人民之上，斥人民为‘阿斗’与‘太甲’。试问谁为‘叛国’？”陈独秀大声疾呼：“我生平言论，无不光明磊落，无不可公告国人。我无罪！如果有罪，那就是罪在拥护中国民族利益！罪在拥护大多数劳苦人民！罪在得罪了国民党之缘故。我只有为民族、为民众忍受一切牺牲，以待天下后世之评判！”
陈独秀的《辩诉状》发表后，人们争相传看，一时间舆论一边倒地倒向了陈独秀一方，民众纷纷要求国民党政府顺应民意，判决陈独秀无罪释放。但是，江苏高等法院居然不顾舆论的呼声，“以文字为叛国之宣传”的罪名，判处陈独秀有期徒刑13年，褫夺公民权15年。在判决前，著名律师也是陈独秀的好友章士钊，为了从法理和事实上击败国民党法庭给陈独秀罗织的罪名，三到上海，四进苏州高等法院，五次会晤陈独秀本人，作了大量的调查工作。1933年4月20日，法庭第三次也是最后一次开庭，章士钆在庭上作了长达一个小时的万言辩护。章的辩护法理严谨，思路清晰，很能打动人。然而，法庭并未因章士钊的出色辩护而开释陈独秀，仍判陈独秀13年徒刑。章士钊对国民党这种无视法律尊严，任意贱踏神圣法律的做法怒不可遏。他起草了一份“辩护词”，与陈独秀自己写的《辩诉状》在社会上广为散发，引起轰动。这两份材料被亚东图书馆编为《陈案书状汇录》出版，上海沪江大学和苏州东吴大学（两所教会学校）还选为法律系教材。
狱中赠字有深意
陈独秀的字与他的文章一样，颇有章法。自被捕后，他的字就更值钱了，许多人向他要。陈独秀总是因人而写，有所选择，当然也有拒绝的。不过，每次陈独秀赠字，都不忘教人别忘国仇家恨。
陈独秀刚被捕时，暂押在国民党上海市公安局侦缉队。当天，侦缉队队长就向他要字，其态度可掬、笑脸盈盈。陈独秀望着这位身着便衣模样十分精明的“捕快”，略作思索挥笔写了“还我河山”和“先天下忧”两张条幅。意在告诫他这个拿枪杆子的人不要忘了自己的真正职责，不要忘了当前日本军队正大举进犯中国东三省，并向华北地区推进的现状。国破山河，勿忘国难。
陈独秀给何应钦题的条幅是：“三军可夺帅也，匹夫不可夺志也”。在条幅里，陈独秀既表达了自己不愿受屈辱的想法，也是对身为军政部长何应钦的一种敬勉。据说何应钦对这张条幅十分满意，一直挂在他的办公室中，后来他离开大陆前往台湾时，也带上了这张字幅。
陈独秀获判刑后被关押在南京第一监狱——老虎桥监狱，他的许多故友时不时地前来看望。一天，著名画家刘海粟去监狱探望陈独秀。二人之交可称得上是忘年交了。陈独秀比刘海粟大20岁，但他们却如同龄朋友一样相交。刘海粟送给陈独秀一幅自己画的作品，陈独秀回赠刘一幅字，上题为：“行无愧作心常坦，身处艰难气若虹”。
在向陈独秀索字的人当中，也有人纯粹为了钱财的。有一位看守先后向陈要了两幅字，拿到赠字后立刻拿到外面卖高价。这件事被陈独秀知道了，当这位看守又厚着脸皮来要字时，陈断然拒绝。这位看守想利用职务之便向陈报复，无奈陈独秀是名人，连典狱长都得让他三分，所以这个看守不敢造次。不久．狱方把这名看守调离它处。
狱中大骂蒋介石独夫民贼
1936年12月12日，发生了震惊世界的“西安事变”。张学良和杨虎城两位将军扣押蒋介石的消息很快传到了陈独秀所在的监狱。已过知天命之年的陈独秀抑制不住内心的激动，对表弟说：“我生平滴酒不沾，今天为了国仇家恨，我要痛饮一杯！”他先斟满一杯酒，高举齐眉说：“大革命以来，为共产主义而牺牲的烈士们，你们的深仇大恨有人给报了，请受奠一杯！”说罢把酒洒在地上。接着，他斟了第二杯，未开口早巳泪湿衣襟，呜咽地说：“延年啊乔年，为父的为你俩酹此一杯！”表弟见过陈独秀大笑，也见过他大怒，但从未见过他流泪，更未见过他哭得如此伤心，如此动情，如此悲切！一时不知怎么劝好。过了好一会，陈独秀才低缓地说：“人非草木，孰能无情。延年、乔年是我六七个孩子中最有出息的两个，可惜‘壮志未酬身先卒’，竞走在了我前面。”
陈延年与陈乔年是陈独秀十分疼爱和看重的两个孩子，他们继承了父亲的革命精神，与陈独秀一道参与到革命工作中。他们父子三人的性格都非常刚烈，对革命事业有着执着的信念。在思想发生分歧时，陈延年和陈乔年兄弟二人能够辨清形势，坚定立场。大革命后期，陈独秀犯了妥协退让的机会主义错误，陈延年曾在广东区委会上公开地说，“我和老头子是父子关系，但我是共产党员，我坚决反对他的右倾机会主义错误”。陈乔年也曾经当面批评陈独秀：“你过去执行的路线和政策是右倾机会主义的，你现在对中国社会性质等问题的看法也是错误的。”大革命失败后，陈独秀被解除了党内领导职务，在上海一秘密住所闲住，秘书黄玢然陪伴左右。在那段白色恐怖最严重、也是陈独秀最心灰意冷的日子里，陈乔年尽量抽出时间领着爱人史静仪去看望陈独秀。有时，父子俩仍免不了争执几句，但更多的是陈乔年对陈独秀的宽慰、劝解。陈独秀嘴上说：“儿子竟教训起老子来了！”实际上，陈乔年夫妇每次去看他，他心里总是十分高兴的，只不过不轻易流露出来罢了。
陈延年和陈乔年的相继牺牲对陈独秀的打击太大了。陈延年是1927年6月26日被捕的，刚开始并未暴露身份。上海亚东图书馆经理汪孟邹是陈独秀的世交，欲设法营救，并请胡适帮忙。胡适天真地将此事告诉了吴稚晖，以为他会帮忙。没想到此时的吴稚晖已成了铁心反共的国民党右派，早把当年与陈独秀的友情抛到脑后。吴稚晖听到此消息，惊喜若狂地说：“好了，好了，老陈（指陈独秀）没有用，小陈可怕；捉到小陈，天下从此可以太平了。”他给上海警备司令杨虎发了一封“贺函”，称“今日闻尊处捕获陈独秀之子延年，不觉称快，先生真天人，如此巨憝就逮，佩贺之至。陈延年恃智肆恶，过于其父百倍。定要严惩不贷。”7月4日，敌人就将陈延年枪决。行刑前，刽子手喝令陈延年跪下，他不予理会，刽子手上前用强力将他按下。当刽子手刚松手欲挥刀砍下时，陈延年又突然跃起，刽子手扑了个空。敌人恼羞成怒，狂叫着一拥而上，再次将延年强按在地，用乱刀将他砍死。
陈乔年是1928年2月16日被捕的。起初，敌人也没有发觉他的真实身份。与他一同被捕的周之楚也没有暴露身份。按照狱中党组织的计划，由周之楚来顶替陈乔年的身份，以周的牺牲来保全陈乔年的生命。但是没想到周的父亲是华侨大商人，他在国外得知儿子被捕的消息后，便赶回国内托人营救。结果，敌人不仅弄清了周之楚的真实姓名、身份，连陈乔年的身份也被查清了。陈乔年在狱中受尽了酷刑，但他一字不吐。同年6月6日，陈年在上海龙华枫林桥畔英勇就义。
在相隔不到一年的时间里，陈独秀先后失去两位爱子，这无疑给他带来了巨大的打击。他把这一切都归咎蒋介石的独裁政府，所以当闻听“西安事变”爆发后，陈独秀的第一个反应就是欣喜若狂。他对表弟濮清泉说：“我看蒋介石这个独夫民贼，此次难逃活命。东方国家的军事政变，很少不杀人的。”
“愿意重新回党工作”未果
七七事变后，中华民族抗日战争全面爆发。1937年8月13日，日本侵略者进攻上海，抗战局势进一步恶化。日本人的飞机开始飞临南京的上空轰炸，陈独秀所在监狱被炸弹击中，房屋坍塌，他躲在桌下，幸免遇难。同年8月，中共代表团周恩来、博古、叶剑英等人来南京与国民党谈判，共商抗日大计，其中一项内容就是向蒋介石当面提出释放政治犯。与此同时，南京金陵女子大学中文系主任陈钟凡（原北大学生）得知陈独秀所在监狱被炸消息后，与社会名流胡适、张伯苓等商议联合保释陈独秀。国民党当局表示同意，但条件是除了人保之外，还需陈本人具“悔过书”。陈独秀听了大怒，说：“我宁愿炸死狱中，也不悔过，我有什么好悔过的？附有任何条件的释放我都不接受，包括人保。我要求无条件出狱。”
8月21日，国民党司法院院长迫于社会压力，给国民政府主席林森呈递了一个“请将陈独秀减刑”的公文，内称：“该犯人监以来，已逾三载，近以时局严重，爱国情殷，益深自悔悟，似宜宥其既往，籍策将来。拟请钧府依法宣告，将该犯陈独秀原处刑期，减为执行有期徒刑三年，以示宽大。”当天，国民政府就将呈文批复给司法院，表示同意。同时，司法院向司法行政部部长王用宾发出“训令”，让其开释陈独秀。8月23日中午，陈独秀出狱。
8月25日，陈独秀针对国民党司法院所谓的开释理由给《申报》编辑写了一份书面声明，表示：“鄙人辛苦狱中，于今五载。兹读政府明令，谓我‘爱国情殷，深自悔陪’。爱国诚未敢自夸，悔悟则不知所指。我本无罪，悔悟失其对象；罗织冤狱，悔悟应属他人。”因种种原因，这一声明当年未能在报上登载。
陈独秀出狱后，蒋介石即派说客向陈独秀游说，企图拉拢他，均遭拒绝。先是派胡适拉陈独秀入“国防参议会”，与蒋委员长共议国是。陈独秀明确告诉胡适：“蒋介石杀了我许多同志，还杀了我两个儿子，我和他不共戴天。现在大敌当前，国共合作，既然国家需要他合作抗日，我不反对他就是了。”接着，蒋介石又派亲信朱家骅去拉拢陈独秀，要陈“组织一个新共党”，并以供给“十万元”经费和国民参政会“5个名额”作诱饵。陈独秀不为所动，坚决不干。蒋又想请陈出任国民党政府劳动部长，也遭到拒绝，并斥蒋是“异想天开”。
陈独秀出狱后曾多次表示“愿意重新回党工作”，并派出他的私人代表罗汉与中共驻南京、武汉、西安办事处的代表博古、叶剑英、李克农、林伯渠等人接触，洽谈陈回党工作事宜。中央根据陈独秀的意愿，以毛泽东、张闻天两人的名义复电，提出接受陈回党内工作的三项条件：（一）公开放弃并坚决反对托派的全部理论和行动，并公开声明同托派组织脱离关系，承认自己过去加入托派之错误；（二）公开表示拥护抗日民族统一战线；（三）在实际行动中表示这种拥护的诚意。对后二条陈表示没有异议，对第一条不愿作出承诺，他认为自1932年入狱后，他已自动与托派脱离了一切关系，因而用不着再发表什么声明。
博古曾对身边工作人员说过：陈独秀在文化史上有不可磨灭的功绩，在党的历史上也有别人不可超越的地位。他如能重新回党工作将是一件大好事，但还需做很多工作。党内能和他谈得拢的人不多。我博古的资历太浅，我出面和他谈，他不一定买我的账。润之也不行，他俩的性格都太硬，最合适的人选莫过于周恩来。但周恩来现在不在南京，只好等一段时间。
恰在此时，风云突变。刚从莫斯科回国不久的王明，在一次政治局会议上声色俱厉地说，我们和什么人都可以合作抗日，只有托派是例外，斯大林正在雷厉风行地反对托派，而我们却要联络托派，那还了得。陈独秀不仅是托派，而且是“杀人犯”、“汉奸”、“领取日本津贴的日本间谍”。康生也跟着起哄，造谣说：“1931年，九一八事变，日本帝国主义占领了我们的东三省，同时，上海的日本侦探机关，经过亲日派唐有壬的介绍，与陈独秀、彭述之、罗汉等所组织的托匪‘中央’进行了共同合作的谈判。当时唐有壬代表日本侦探机关，陈独秀、罗汉代表托匪的组织。谈判的结果是：托洛茨基匪徒‘不阻碍日本侵略中国’，而日本给陈独秀的‘托匪中央’每月300元的津贴，待有成效后再增加之。这一卖国的谈判确定了，日本津贴由陈独秀托匪中央的组织部长罗汉领取了，于是中国的托匪徒和托洛茨基匪首，在日寇的指示下在各方面扮演着不同的角色，就大唱其帮助日本侵略中国的双簧戏。”康生的言论引起社会舆论大哗。许多社会知名人士纷纷出来为陈独秀辩诬。1938年3月16日，傅汝霖、高一涵等九人写信给《大公报》，称“此事殊出乎情理之外，独秀先生平生事业早为国人所共见，在此次抗战中之言纪行动，亦全国所周知，汉奸匪徒之头衔可加于独秀先生，则人人亦可任意加诸异己……为正义，为友谊，均难缄默，特此代为表白，凡独秀先生海内外之知友及全国公正人士，谅有同感也”。
尽管有许多善良的人们站出来为陈独秀鸣不平，但悲剧已经造成。王明、康生的蛮横无理最终无情地割断了这位离党多年的老战士“回党工作”的情愫。从此，他就像一只断线的风筝，在凄风苦雨中任意漂泊，度过他潦倒的残年。
1938年7月，陈独秀与逃难的人流从武汉来到重庆，后落脚在江津县郊鹤山坪。
陈独秀的晚年生活窘迫，精神郁闷，每当落日晚霞悄哨褪去，在疏星淡月下，爱妻潘兰珍都会搀扶着陈独秀来到村东头，他常常凝望着远处竹林杂舍之上袅袅飘起的炊烟，背后留下两个孤寂怆凉的身影……