从1940年至1949年，任弼时担任中共中央秘书长一职，在这个岗位上，他兢兢业业工作了整整十年。正如刘少奇在任弼时的追悼会上所说：“任弼时同志是一个模范的职业革命家，模范的共产党员和中国共产党最好的领导者之一。”
建章立制，为新中国的机构制度建设打下基础
任弼时注重制度建设，讲究工作效率。他经常告诫身边的同志：“要提高工作效率，没有一套规章制度是不行的。一定要结合我们的情况，建立一套有利于我们工作开展的规章制度。”
1940年3月，任弼时结束了在共产国际近两年的工作，与周恩来、邓颖超等人一起回到延安。不久，他被委任为中共中央秘书长，负责党中央书记处的日常工作。此后，任弼时先后担任了中共中央办公厅主任、中央书记处书记等职，但中共中央秘书长的职务一直没有卸任，直至1949年因病休养。
任弼时回到延安时，中共中央搬到延安已有三年多的时间，但是中央各个单位一直都没有得到很好地整合，中央直属机关，如组织部、宣传部、统战部、西北局在蓝家坪，由中央负责人各自负责一方面，由于每个负责人都有自己的工作方式，所以各个部门也都有自己的工作时间表和工作模式，部门之间没有统一性和协调性，甚至连必要的收发制度也没有，送出去的文件和物品找不到下落的情况时有发生；供给制度也不健全。中央没有统一的办事机构和上下协调、紧密的工作制度，这严重影响了党中央的工作效率。
针对这种杂乱无章的现状，任弼时上任伊始就把调整机构、理顺关系、干部定位、建立各种规章制度作为自己的首要任务。首先，他建立起党中央的办公机构一中央办公厅，自兼主任，调中央组织部副部长李富春任副主任。李富春具有极强的行政管理能力，是任弼时的好帮手。中央办公厅下设秘书、行政、警卫三个处，各处职责明确。接着，任弼时还制定了～整套工作和行政制度，明确了各个部门之间的相互关系。不仅如此，他还将各种制度细化为日常工作的具体制度，如收发制度、会客制度、财会制度、文件管理制度、档案保管制度、干部供给制度等。在任弼时的指导下，中央办公机构逐步走上正轨。随后，任弼时又开始整顿中央所属各部委的工作，将中央直属机关集中到杨家岭办公，使各部委的工作实现正规化。
任弼时还帮助整顿西北党组织的领导机构。过去，陕甘宁边区有个边区党委，还有个和边区党委平行的西北工作委员会，机构重叠，不利于工作开展。任弼时认为这种情况必须改变，经中央研究决定由他负责领导，将这两个平行的机构合并为中央西北局。
任弼时的这些具有开拓性的工作，确保了党中央工作科学、高效的运转。他的秘书师哲评价说：“工作正规化克服了议而不决，决而不行，行而不果的拖拉疲塌现象，改变了自由散漫、各自为政、无人负责、本位主义、游击习气等作风，大大提高了工作效率。”对任弼时的工作，党中央和毛泽东十分赞赏。
以身作则，注重发挥领导干部的先锋模范作用
任弼时是党中央的重要领导人，他严于律己，以身作则，中央每作出一项重大决策，他都以满腔的热忱，率先垂范，用实际行动影响与带动全党。
从1941年开始，在日本侵略者的残酷扫荡和国民党顽固派的严密封锁下，敌后抗日根据地和陕甘宁边区陷入极端的困难时期。面对严峻的形势，毛泽东发出“自己动手、丰衣足食”的伟大号召，领导边区军民开展大生产运动。任弼时积极响应毛主席的号召，和战士们一道，在杨家岭开了一块地。地整好了，可是没有菜种，大家发起愁来。任弼时不动声色，从挎包里拿出一个小布包来，大家打开一看，都高兴地笑起来。原来这包里都是任弼时由太行山带回来的辣椒、茄子、黄瓜、萝卜、白菜等菜种。一次，任弼时见到王震，询问三五九旅在南泥湾开展大生产运动的情况届，表示自己想学纺线。他收到王震送来的手摇纺车后，像女同志一样盘腿而坐，勤学苦练，很快掌握了要领，他纺的线又匀又细。1943年3月，任弼时和周恩来一起参加了中央书记处在杨家岭举行的军民纺线比赛。在参加比赛的两百名干部群众里，他纺的线被评为第一名，他和周恩来纺的线还被送到生产成果展览会去展览。
“精兵简政”是抗日战争进入最艰苦阶段中国共产党采取的一项英明措施。任弼时既是“精兵简政”决策的制定者，又是决策的贯彻者。任弼时认为“精兵”首先要从领导做起。1942年12月中央精兵简政指示下达后，任弼时即在杨家岭中央大礼堂召开了中直机关秘书处长会议，他提出三条要求：第一，各机关要减少一部分秘书与工作人员，减下的人员一律充实到中下层；第二，领导干部要“有升有降”，把德才兼备的领导干部调到中下层任职，把不称职的干部从领导岗位上撤下来；第三，每个领导干部要承担几项主要秘书业务工作，既当指挥员又当战斗员。那种只会动口不会动手的官僚主义者是不应留在领导岗位的。会后，任弼时率先垂范，亲自负责文电处理、机要保密和会务；李富春负责行政事务和财务工作，各处长为助手。
调整政策，充分调动广大干部群众的积极性
任弼时十分强调制定正确政策的重要性。在大生产运动中，除了自己带头以外，他考虑最多的是如何通过调整政策来调动广大干部、战士的生产积极性。
一次，有个外号叫“小胖子”的勤务员，在公务之余，割草卖给机关，用赚来的钱给自己添置衣物。有人将这件事报告给了任弼时，并要求处分这位勤务员。任弼时问：“为什么？”告密人说：“为什么？参加革命就是为了解放天下的穷苦人，怎么能为自己捞好处？况且，整个延安的军队与机关还没有一个人像他这样捞外快。”任弼时没有马上回答，心里却想：这倒是个好办法。如果把延安的机关工作人员、战士都组织起来，利用工余时间搞些副业，既可以增加社会财富，又能增加收入、改善生活，何乐而不为呢？后来，根据任弼时的提议，中央作出决定：发动机关、学校、部队开展多门路的副业生产，如种菜、养猪，纺线、织布、搞运输等，生产所得提成一部分归各单位所有，剩下的自己自由支配。这一政策的出台，大大调动了各方面的生产积极性，机关、学校、部队都行动起来，千方百计地组织生产活动。当时，杨家岭的中直机关在大生产运动中起到了表率作用，除种菜、纺纱外，还搞运输：利用机关的骡马、车辆组织运输合作社，中央领导同志也把自己骑的马让出来搞运输。中直机关生产搞得好，收入也不少，伙食有很大改善，大灶每餐三个菜，小灶每餐八个菜。每人还发了一条毛毯和一件毛衣。
经过两、三年的艰苦奋斗，边区各部门的经费自给率已达到一半以上，取之于己的部分已超过取之于民的部分，边区的财政难关终于渡过。对此，毛泽东说：“这是中国历史上从来未有的奇迹，这是我们不可征服的物质基础。”
善抓典型，宣传刘胡兰英勇献身光辉形象
任弼时观察问题敏锐，处事果断，善于抓典型。
1947年初，王震部队和陈赓的部队接连打了好几个胜仗。为了更进一步激励前线战士英勇杀敌，彻底粉碎蒋介石对解放区的大举进攻，延安各界组织慰劳团。其中，张仲实副团长就带队来到了山西省文水县慰问。在县委会议上，有个同志汇报了这个县云周西村15岁的中共候补党员刘胡兰大义凛然、壮烈牺牲的英雄事迹。张仲实听了很受感动，认为“刘胡兰同志的事迹，是我们进行政治思想教育的好材料”，并作了详细的调查。慰劳团返回陕北后，张仲实立即向任弼时作了汇报。此时，任弼时担任转战陕北的中央支队的司令，他不仅要同毛泽东、周恩来一起研究部署我军的战略行动，指挥全国各个战场作战，还直接负责党中央机关的居住、安全警戒、物资供应、敌情侦察等一些具体事情，可谓曰理万机。但是，他仍然在百忙之中抽出时间，仔细听取了张仲实关于慰劳团工作的汇报和刘胡兰牺牲的情况介绍。任弼时发现刘胡兰是个好典型。在解放战争最严峻的时刻，大力宣传刘胡兰，宣传她忠于党、忠于人民、忠于革命，勇于献身的英雄事迹，对坚定广大群众的必胜信念，激励我军将士和解放区人民发扬革命的英雄主义精神，具有重大的现实意义。任弼时当即说：“刘胡兰同志英勇就义的事迹，对全党、全军，对全体人民群众特别是青年，都是一个很好的政治思想教育材料，我要向毛主席报告，要大力宣传。”第二天，任弼时就向毛泽东作了汇报。毛泽东听罢，深为感动，当即挥笔写下“生的伟大，死的光荣”。随即，新华社广播了刘胡兰烈士的英勇事迹和毛泽东的题词。一股学习英雄刘胡兰的热潮迅速在各个解放区兴起。
调查研究，纠正土改“左”倾错误
回到延安工作后，任弼时接受的一个最重要的工作就是筹备党的“七大”。在选择会址时，任弼时亲自实地勘察，提出多种方案，并且将各种方案进行比较分析，最后作出决定。“七大”最先考虑的会址是在安塞的真武洞，但是又放弃了；后来又考虑在枣园后沟，并在那里打了窑洞，盖了礼堂。后沟的保密条件好，但是地方较小，条件较差，也容不下那么多代表，而且只有一口水井。经过反复考察，任弼时等人最终决定将会议召开地点定在各方面条件都相对合适的中央所在地——杨家岭。实践证明，“七大”会址的选择是完全正确的。
在人民解放军转入战略反攻时，作为中央秘书长的任弼时就将注意力逐渐转移到支持长期战争的土地改革等新的问题上来。1947年9月，中央召开了全国土地会议，制定了《中国土地法大纲》。其后，各根据地的土地改革运动更加深入地开展起来。但在土地改革的高潮中，有些地区也发生了“左”的错误倾向。因此，毛泽东委托任弼时进行实地调查，并研究土地改革的方针政策。
从1945年11月起，任弼时的血压就开始升高。艰苦的转战和紧张的工作，使他的身体状况越来越差。中央决定让他在杨家沟附近暂时休养_段时间。任弼时住下来后，每天都到杨家沟周围的村子做调查，一共调查了30多个村子。他访问农民，询问生产、生活情况，征求他们对土改工作的意见，甚至还亲自参加一些村子斗地主的大会，实际感受土改运动。在调查中任弼时发现“左”倾错误十分严重。一个有552户人家的村子，竟划了120多户地主富农，严重地扩大了打击面。任弼时坚决反对这种“左”的作法，明确指出：“错误地扩大打击面，打乱革命阵营，帮助敌人，孤立自己。这是一个极端重大的问题，必须引起全党同志的注意。”他还提出，要坚决地公开地纠正错误，“哪怕只是划错一个人，也必须改正”。
经过充分调查研究，在著名的1947年十二月会议上，任弼时就土改和整党问题作了重要发言。他明确指出当前土地改革中“左”的错误的具体表现。他特别强调在“区别”上建立我们的政策，指出：地主要分大中小，恶与不恶；富农在经济上要与地主有区别；知识分子应区别革命的、中立的和反革命的三类。他还特别注意政策的可操作性。比如，他不但提出要将地主与开明绅士加以区别，而且明确地提出了区别的政策界限；开明的条件是：过去拥护抗日，现在拥护反蒋和土改，愿意把土地财产拿出来分配。任弼时的发言得到了党中央和毛泽东的支持和肯定。
1948年1月，任弼时又在西北野战军前线委员会扩大会议上作了《土地改革中的几个问题》的报告，进一步阐明了中央的政策。毛泽东对这篇讲演十分重视，亲自修改补充定稿，确定为中共中央的土改政策文件，并批示新华社：“由新华社转播全国各地，立即在一切报刊上公开发表，并印小册子。”“争取两天或三天发完。”3月17日，毛泽东又电告刘少奇：“我们决定发表弼时同志一篇讲演，不发表一月决议，因为弼时同志的讲演比一月决定充实得多。”3月28日，中央晋冀鲁豫分局机关报《人民日报》全文发表这篇文章。
文件下发各解放区后，中农情绪逐渐稳定，生产积极性增高；破坏工商业的行为得到制止，解放区经济的正常发展得到保证；乱打乱杀现象得到遏止，农村过度紧张的阶级关系有所缓和，社会秩序渐趋稳定。任弼时的这篇讲演与毛泽东、周恩来等为中央起草的若干党内指示，成为了纠正解放区土改“左”倾错误的具有实际操作意义的行动指南。
工作认真，处理事务周密细致
任弼时头脑冷静、思维缜密。“成功的秘诀在于专注。”这是任弼时很喜欢讲的一句话。
对于各项制度的制定，任弼时都非常重视，非常用心。比如供应制度，就是他和李富春一起制定的。开始，有的同志只着眼于中央领导同志生活的改善，任弼时说：“这不行，中央领导同志的生活要改善，广大干部群众的生活也要改善，这就需要一套制度来保证。”经过反复研究，最后确定建立小灶、中灶和大灶的制度。不仅如此，任弼时还对谁吃什么灶（尤其是谁吃小灶），进行认真的研究、测算。由于制定供应制度时就考虑得周密细致，符合实际，因而在物资供应极端紧张的情况下，供应制度还是得以实施。
还有一件小事，给野战军卫生部负责人黄树则留下极为深刻的印象。在西北战场开始反攻之前，一个后方医院的通讯员给黄树则送来一封信。因为那个后方医院和野战军的卫生部失掉了联系，他们不知道应该什么时候过河来执行任务，也不知道应该把医院设在什么位置。黄拿了信去请示任弼时。“叫他先住下来，你拟一个电报给西北野战军卫生部。”任弼时说。两天后，任弼时将黄树则叫去，把回电拿给他看，并要他马上通知医院。黄写好了信，交给通讯员，让他马上送走。这时，任弼时忽然叫住他说：“路上是不大好走的，想一想看。”思考之后，任弼时果断地说：“我们这里也派一个人，和通讯员一起去。第一，路上保险些；第二，信送没送到，我们可以知道。”黄树则后来曾深有体会地说，无论对于大事小事都用尽全力去做，这是一个伟大人物所具有的作风。从弼时同志的日常（工作）中，我更深深地体会到这一点。