党章第四十三条规定：“党的中央纪律检查委员会在党的中央委员会领导下进行工作。党的地方各级纪律检查委员会和基层纪律检查委员会在同级党的委员会和上级纪律检查委员会双重领导下进行工作。”这一规定确立了党的纪律检查双重领导体制，即各级纪检机关在同级党委领导下开展工作，又同时受到上级纪检机关领导。
从总体上讲，这种双重领导体制自党的十二大确立以来发挥了积极作用，是基本符合党情国情的。同时，双重领导体制的要求还不够具体、程序还不够完善、制度还不够健全，导致实践中也出现了一些不适应、不协调问题，特别是查办腐败案件时受到的牵制比较多。有的地方担心查办案件会损害形象、影响发展，有时存在压案不办、瞒案不报的情况。大家在一口锅里吃饭，很难监督别人。对地方纪委来说，同级监督忌讳也不少，这些年发生的一把手腐败问题，很少有同级纪委主动报告的。有的地方纪委领导甚至对反映同级党委领导干部问题的同志说，“你不要讲了，我什么也没有听见”。
要增强权力制约和监督效果，就要保证各级纪委监督权的相对独立性和权威性。党的十八届三中全会提出，推动党的纪律检查工作双重领导体制具体化、程序化、制度化，强化上级纪委对下级纪委的领导；查办腐败案件以上级纪委领导为主，线索处置和案件查办在向同级党委报告的同时必须向上级纪委报告。各级纪委书记、副书记的提名和考察以上级纪委会同组织部门为主。这既坚持了党对反腐败工作的领导，坚持了党管干部原则，又保证了纪委监督权的行使，有利于加大反腐败工作力度。
当前，纪律检查领导体制改革正在稳步推进，正逐步建立健全下级纪委向上级纪委报告工作、定期述职、约谈汇报等制度，进一步规范向上级纪委报告线索处置和执纪审查工作。中央已经制定实施中央纪委派驻纪检组组长、副组长和省区市、中管企业纪委书记、副书记提名考察办法，各地也陆续相应地出台相应的制度规定。
此外，党的十四大以后，根据党中央和国务院决定，党的纪律检查机关和政府行政监察机关实行合署办公。合署后的中央纪委履行党的纪律检查和政府行政监察两种职能，对党中央全面负责；监察部按照宪法规定，仍属于国务院序列，接受国务院领导。